学位取得後、モスカティはすぐにインクラビリ病院（Ospedale degli Incurabili）のスタッフになり、最終的には管理者になった。 この間も勉強を続け、病院での仕事がないときは医学の研究を行った。 1906年4月8日のヴェスヴィオ山噴火の際にも、その献身的な行動が評価された。 モスカティが担当した病院の一つ、トッレ・デル・グレコは、火口から数キロメートルのところにあった。 患者の多くは高齢者であり、麻痺患者も多かった。 モスカティは、火山灰で屋根が崩れる寸前まで避難を指揮し、全員を避難させた。 1911年、ナポリでコレラが発生すると、モスカティは市民政府から公衆衛生検査と、病気の発生と撲滅のための研究を任された。 モスカーティは、すぐにその調査を行い、市役所の職員に提案した。 そして、彼が亡くなるまでに、そのほとんどが実現された。
モスカティは研究者、医師としての仕事のほかに、地元の解剖学病理学研究所の指導を統括する責任も負っていた。 同研究所の解剖室には、ホセア書第13章14節「Ero mors tua, o mors（死よ、私はあなたの死となろう）」と刻まれた十字架が置かれていた。 モスカティの母親は1914年に糖尿病で死亡した。そのため、モスカティはナポリの医師として初めてインスリンを使った治療を試みた。
第一次世界大戦中、モスカティは軍隊に入隊しようとしたが、軍当局は、負傷者を治療したほうが国に貢献できると考え、拒否した。 彼の病院は軍に引き継がれ、彼自身は3,000人近い兵士を見舞った。 1919年、彼は地元の男子校の校長となり、教師も続けた。 1922年、モスカティは臨床医学のリベラ・ドセンツァを授与され、高等教育機関で教えることができるようになった
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