Svamp XIII dyker upp i Final Mix-versionen av spelet när den värld som de bor i har rensats helt och hållet (detta inkluderar alla besök samt att besegra Xemnas i The World That Never Was). Istället för att bara slåss mot dem måste man tillfredsställa dem genom att uppfylla vissa villkor. Om du lyckas göra tillräckligt bra ifrån dig kommer de att släppa Tranquility-material samt några sällsynta vapen innan de försvinner; gör du ännu bättre ifrån dig för att lyckas tillfredsställa dem kommer de att släppa ännu mer material samt skjuta av fyrverkerier, vilket indikerar att du har uppfyllt det sista kravet i Jiminy’s Journal. Att uppfylla dem alla är ett av tre krav för Guldkronan, tillsammans med Data Organization XIII och Lingering Will boss fights.
No. 1
Mushroom No. 1 finns i Memory’s Skyscraper i The World That Never Was, och representerar organisationens egen No. 1, Xemnas. Syftet med det här uppdraget verkar enkelt, då Sora måste landa 70 träffar på svampen inom 30 sekunder. Precis som Xemnas kan svampen dock inte attackeras direkt, eftersom den bara attackerar tillbaka och slösar tid. För att klara uppdraget får du inte låta svampen träffa dig en enda gång. Om den gör det ska du gå ut och återvända för att börja om på nytt. Att utföra kommandot Reversal reaction verkar vara den självklara lösningen, men det är faktiskt otillräckligt, eftersom svampen bara kommer att utföra sin egen Reversal och utlösa en cykel om Sora inte stoppar den. Istället måste du vänta en halv sekund efter att Reversal-kommandot dyker upp, eftersom det kommer att ersättas av Quick Slide; Quick Slide är effektivt för att förvirra svampen, vilket gör att Sora kan landa några träffar på den. Återigen kan detta tyckas enkelt nog, men timingen är avgörande.
Gå in i Wisdom Form, eftersom dess normala combo med nio träffar räcker för varje gång du lyckas ta svampen på sängen; attackerar du den mer än så kommer den att attackera tillbaka, vilket gör att du förlorar tid. Starta duellen och den kommer att börja med en Reversal. Istället för att titta på att reaktionskommandot dyker upp ska du titta på svampens rörelser. Omedelbart efter att den avslutar sin Reversal trycker du på 
för Quick Slide. Slå den med en combo med nio träffar och den kommer att utföra Reversal en gång till. Upprepa mönstret tills du får 70 träffar. Den här kan kräva en hel del övning, eftersom det egentligen bara handlar om att få in rytmen i svampens rörelser och justera din timing därefter.
Nr 2
Svamp nr 2 finns på Christmas Tree Plaza i Christmas Town och representerar organisationens nr 2 och Xemnas högra hand, Xigbar. Syftet med det här uppdraget är att undvika svampens projektiler genom att antingen blockera eller undvika tills poängen når 80. Du kan visserligen utföra den här utmaningen med vanliga medel, till exempel med Guard eller Aerial Dodge, men den här uppgiften blir mycket enklare med hjälp av Final Form, eftersom många av Final Forms handlingar (inklusive hoppning) blockerar Sora från inkommande attacker. Börja med att låsa fast dig vid svampen efter att ha startat duellen och förbered dig för en attack genom att hoppa och gå in i en stationär Glide (
+ 
utan att röra den analoga pinnen). Sora kommer att sväva på plats, utan att röra marken så länge hålls intryckt, och blockerar konsekvent alla inkommande attacker utan någon ansträngning från din sida – det vill säga så länge du är vänd mot attackerna. Svampen tenderar att röra sig mer på fältet med tiden, så ta dig tid att justera din position innan du tar dig an nästa uppsättning projektiler.
En alternativ strategi är att använda Guard/Reflega och kalla på Stitch. Om svampen landar en attack mot Sora kommer Stitch att bedöva den med sina vapen innan den kan landa en andra, vilket gör att Sora kan återfå sin ställning och återgå till att vakta eller spamma reflexmagi. Båda strategierna gör det mycket lättare att besegra den här svampen än vad det borde vara.
Nr 3
Svamp nr 3 kan hittas vid bron framför Beast’s Castle och representerar Xaldin. Syftet med det här uppdraget är att samla alla klot som svampen släpper när den flyter över området. Den rör sig vanligtvis långsamt och släpper några klot i taget, men ibland kommer den att skynda på och släppa en stor grupp klot. Se till att få en ordentlig bit av var och en av dessa stora grupper, eftersom de är de viktigaste att samla in för att nå den erforderliga poängen på 450.
Utrusta Sora med Follow the Wind Keyblade, som du fått från Port Royal, förmågan Draw (så många som finns tillgängliga för honom) och Draw Rings (som finns i 100 Acre Wood vid Rabbit’s House och är en belöning för att slutföra pusslet Duality i form av receptet Rare Document, som måste syntetiseras). Du kan nu antingen använda Glide, Quick Run eller en kombination av de två för att följa efter svampen så snabbt som möjligt; detta är helt nödvändigt eftersom klot försvinner efter en kort tid. Att gå in i Wisdom eller Final Form kan vara nödvändigt för att använda Quick Run och Glide på maxnivå, till priset av att inte kunna använda den andra förmågan. I det här fallet rekommenderas Quick Run, även om Glide är snabbare, eftersom Sora kan nå alla klot som faller till marken (med Glide är det nödvändigt att följa svampen närmare, eftersom Sora måste nå kloten innan de träffar marken).
Nr 4
Svamp nr 4 finns vid palatsets portar i The Land of Dragons och representerar Vexen. Målet med det här uppdraget är att besegra 85 av svampens kloner (som kan förstöras med en träff) utan att själv bli träffad. Svamparna kommer att dyka upp kontinuerligt och i omgångar runt om i området, vilket kan få det här uppdraget att verka skrämmande. Men med rätt strategi är nr 4 faktiskt en av de enklare svamparna att besegra.
Som med många av de andra svamparna är Wisdom Form en viktig nyckel för att besegra den här svampen utan problem. Gå in i Wisdom Form och påbörja sedan duellen. Rör dig runt på arenan i en cirkulär rörelse samtidigt som du skjuter nonstop. Eftersom Sora kan skjuta på avstånd samtidigt som han glider över marken med hyfsad hastighet är det inte nödvändigt att stanna för att attackera någon av svamparna (vilket i sin tur ger dem möjlighet att attackera tillbaka). Fortsätt bara att röra dig längs arenans kanter medan du skjuter och håll avståndet tills du når 85.
Nr 5
Svamp nr 5 finns i skattkammaren i Cave Wonders i Agrabah och representerar Lexaeus. Målet med det här uppdraget är att tömma svampens hälsa, som kommer att återställas kontinuerligt, inom 10 sekunder. Hastigheten på de attacker du använder för att besegra den måste slå hastigheten med vilken svampen läker sig själv, samt slå klockan. Återigen kan detta verka som en svår uppgift, men det finns faktiskt en mycket enkel strategi för att besegra den.
Börja med att utrusta dina starkaste Keyblades, en till Sora och en till Final Forms andra Keybladeplats. Fyll sedan Soras föremålsfack med alla möjliga billiga föremål som du inte har något emot att använda, till exempel Potions eller Ethers (vid den här tidpunkten i spelet bör Elixirs visa sig vara mycket mer användbara). Se till att ställa in dem på en genväg för att spara tid. Gå in i Final Form och starta duellen. Håll dig nära svampen och använd det föremål som du har ställt in på dina föremålsplatser och genvägen. Skadan som delas ut när du använder föremål i Final Form är förvånansvärt enorm och bör klara målet mycket snabbare än vad en normal combo i Final Form skulle göra.
Nr 6
Svamp nr 6 kan hittas i Atriumet i Underworld Caverns på Olympus Coliseum och representerar Zexion. Liksom Zexion i Chain of Memories skapar den här svampen svagare kloner av sig själv som dyker upp runt hela arenan. Dessa kloner dyker upp i grupper och måste alla besegras inom 45 sekunder. Liksom nr 4 och nr 5 verkar det bara vara en svår uppgift att besegra den här svampen. Genom att använda rätt strategi blir även denna svamp lätt att besegra.
Användning av magi är det mest effektiva sättet att förstöra alla kloner från vilken position som helst, men inte ens Soras starkaste trollformler räcker till för att nå alla i tid. Botemedlet mot detta är Final Form, då Soras hela magi får en betydande ökning av räckvidd och styrka. Gå in i Final Form och börja sedan duellen. Lås dig för att upptäcka svamparna, var de än befinner sig, och använd Thundaga när du rör dig mot dem. Med Thundaga behöver Sora inte vara tillräckligt nära sina fiender för att trollformeln ska träffa dem (som med Firaga) och han behöver inte sikta (som med Blizzaga), vilket gör det till ditt bästa alternativ. När dessa är förstörda kan du låsa igen för att hitta nästa grupp, och återigen använda Thundaga. Upprepa tills alla svampar är besegrade, vilket bör kunna göras inom tidsgränsen utan problem.
Nr 7
Svamp nr 7 kan hittas i tunnellederna i Twilight Town, som endast öppnas under det tredje besöket, och representerar Saïx. Liksom Saïx kan svampen gå berserk och skada Sora så fort han kommer i kontakt med den. Målet är att tömma alla dess HP inom 10 sekunder, vilket i princip besegrar den och rensar kravet. Svamparna är inte bara starka utan slår också tillbaka Sora, vilket gör att han förlorar tid. På grund av detta är det viktigt att hålla sig på avstånd från den, vilket gör att användningen av Wisdom Forms skjutattack eller Final Forms Thundaga är genomförbara strategier. Den enklaste strategin kan dock få Sora träffad av fienden en eller flera gånger. Oavsett detta är det ett relativt enkelt sätt att snabbt besegra nr 7. Att fortsätta använda strategin trots attacker som kan sätta Sora tillbaka är ett relativt enkelt sätt att besegra nr 7.
Gå in i Final Form och påbörja sedan duellen. Så snart den börjar kastar du Reflega. Fortsätt att göra det eftersom svampen kommer att fortsätta attackera. När Soras Reflega-kombination avslutas kommer han att utsättas för svampens attacker och oundvikligen bli träffad av svampen minst en gång. Ignorera attackerna och återgå till att spamma Reflega. Om du gör detta under resten av striden kommer du att ge precis tillräckligt med skada för att besegra svampen i tid och därmed klara kravet i Jiminys Journal och ta dig ett steg närmare kronan.
Nej. 8
Svamp nr 8 finns framför tornet, som du kan nå med tåg från Twilight Towns centralstation (tillgänglig först efter det tredje besöket), och representerar Axel. För att tillfredsställa denna svamp måste den jongleras utan att röra marken och slutligen studsas upp i luften minst 85 gånger. Det finns några strategier för att åstadkomma detta, som att använda Wisdom Form för att fortsätta skjuta upp den i luften eller luftkombinationer med Horizontal Slash, men eftersom dessa strategier har en så liten felmarginal innebär det enklaste sättet att använda Master Form och Fatal Crest Keyblade. Fatal Crest låses upp genom att klara Goddess of Fate Cup i Underworld of Olympus Coliseum.
Utrusta Fatal Crest som Soras Keyblade, eftersom den ger Sora förmågan att kedja obegränsade combos samt Berserk Charge, som ökar Soras styrka medan hans MP laddas upp. För att underlätta detta använder du Curaga (eftersom det förbrukar all MP) efter att ha gått in i Master Form. Börja nu duellen och lås på svampen när den flyger upp i luften och attackera den i samma ögonblick för att påbörja en luftkombination. Med användandet av Fatal Crest kommer denna luftkombo inte att avslutas förrän målet är uppfyllt, så se till att följa den till 85, annars kommer den att falla och du måste börja om från början. Se till att avsluta till världskartan från sparpunkten i tornet innan du förlorar Master Form för att återställa din Drive Gauge och gå vidare till nästa svamp.
Nej. 9
Svamp nr 9 finns vid slottsporten i Hollow Bastion, där Demyx bekämpades. Passande nog representerar nr 9 Demyx. Målet med det här uppdraget är att få svampen att fortsätta snurra med totalt 75 träffar. Detta uppnås genom att träffa den utan avbrott, något som kan göras med ett par strategier. En sådan strategi är användningen av Fatal Crest Keyblade och dess förmåga Berserk Charge. Precis som med nr 8 är det möjligt att kedja en stark kombo utan slut genom att använda Curaga för att äta upp alla Moras MP innan duellen startar, och sedan börja med en attack av Fatal Crest. Horizontal Charge kommer också väl till pass vid användning av den här strategin.
En annan strategi innebär användning av Wisdom Form, och är lite enklare eftersom den inte kräver att du ändrar på någon av Soras utrustning eller förmågor. Du går helt enkelt in i Wisdom Form och börjar sedan duellen. Börja med att kasta Thundaga tills Soras MP är tömd och skjut sedan för att hålla den i gång. Detta bör räcka för att nå 75 träffar.
Nr 10
Svamp nr 10 kan hittas i månljuskällan i Isla de Muerta vid Port Royal och representerar Luxord. Liksom Luxord blandar den sig själv inom kloner och kräver att Sora upptäcker honom efteråt. Detta är en av de mer irriterande av svamparna att tillfredsställa, eftersom det inte finns några genvägar för att besegra den, bara tips. För att besegra den måste du tömma dess hälsa inom 55 sekunder, även om du bara får möjlighet att attackera den efter att den blandas.
Börja med att gå in i Final Form, eftersom det gör det möjligt för Sora att landa så många träffar som möjligt under den tid som han kan attackera. Kloner av svampen kommer att dyka upp bara för att alla flyga över skärmen och försöka förvirra Sora så att han tappar bort originalet. Om du har svårt att följa svampen med ögonen, vilket är fullt möjligt, håll dig nära skärmen och pausa kontinuerligt. Om du pausar varje sekund kan du följa dess rörelser in i minsta detalj. Oavsett om du pausar eller inte ska du dessutom se till att hålla dig på avstånd när svamparna börjar röra sig, eftersom de kan ta sig in i skrymslen som du inte kan se om Sora är tillräckligt nära. Lyckligtvis gäller att ju fler gånger du väljer svampen rätt (och i följd) genom att attackera den, desto mer tid har du att attackera. Med hjälp av Final Form bör det bara krävas tre korrekta gissningar för att besegra den.
Nr 11
Mushroom No. 11 kan hittas vid Waterway of Timeless River, tillgänglig genom dörren i Hall of the Cornerstone på Disney Castle, och representerar Marluxia. Precis som Marluxia och den träffräknare han placerar över Sora har den här svampen en träffräknare över sitt huvud. Men till skillnad från striden med Marluxia måste denna träffräknare tas ner till noll, och för att göra saken ännu mer utmanande, inom den korta tidsperioden på nitton sekunder. Lyckligtvis är denna utmaning inte alls lika svår som den verkar.
Utrusta alla Finishing Plus-förmågor och Rumbling Rose Keyblade (som har sin egen Finishing Plus-förmåga knuten till sig). Gå in i Wisdom Form och börja duellen, se till att skjuta svampen hela tiden. Denna strategi utnyttjar Wisdom Forms finisher, som ger ett stort antal träffar med sina många skott. Det finns andra strategier för att besegra den här svampen, men den här är den enklaste och ger mer än tillräckligt många träffar inom tidsgränsen.
Nr 12
Svamp nr 12 kan hittas framför den gamla herrgården utanför Twilight Town och representerar Larxene. Denna, liksom nr 1 och nr 10, är en av de svårare svamparna att tillfredsställa på grund av bristen på genvägar. Målet med det här uppdraget är att besegra alla kloner som svampen spawnar inom området, totalt 40 kloner, inom tidsgränsen. Detta visar sig vara en utmaning på grund av de många gömställena runt om på fältet bakom pelare. Se till att kontrollera båda sidorna av fältet, samt herrgårdens ytterdörrar och porten på andra sidan, efter svampar. För att träffa varje svamp på kortast möjliga tid fungerar Wisdom Form bäst.
Gå in i Wisdom Form och starta sedan duellen. Använd 
för att vända kameran mot alla svampar i närheten och skjut. Rör dig runt fältet när du gör det, så att du inte missar några svampar på vardera sidan av fältet. Så småningom kommer svamparna att börja sväva högre upp i luften; dessa kan endast skjutas på avstånd. Ignorera dem för att leta efter andra svampar om dessa orsakar dig för mycket problem, eftersom det kan visa sig vara slöseri med tid att gå tillbaka för varenda en av dessa. Detta är ett uppdrag som kan ta många försök att fullända, men eftersom detta är den sista svampen att tillfredsställa innan nr 13, bör övningen vara värd det.
Nr 13
Svamp nr 13 finns i det stora gapet i Hollow Bastion, där slaget med 1000 hjärtlösa ägde rum, och representerar Roxas. Om du ser alla tolv svampar som hejar på dig i området kommer ett Look Up-reaktionskommando att visas när du kliver in i rampljuset. Använd det för att se nr 13 stiga ner. Använd ett annat reaktionskommando (samma reaktionskommando Ready, Go! som visas för alla andra svampdueller) och No. 13 kommer att belöna dig med Winner’s Proof Keyblade och Proof of Peace, vilket tar dig ett steg närmare Gold Crown om du inte redan har fått den.