De locatie is opgenomen in het National Register of Historic Places als de eerste fabriek van Amerika. De vroegste gebouwen op het terrein zijn aangewezen als National Historic Landmark. Hoewel er vóór de Boston Manufacturing Company al veel fabrieken bestonden, was de fabriek van Francis Cabot Lowell de eerste die alle stappen van de productie van katoenen stoffen onder één dak combineerde.
Waltham ontving een subsidie van 10 miljoen dollar voor stadsvernieuwing, waardoor de site kon worden gerenoveerd en behouden. Als onderdeel van de renovatie creëerde een groep culturele, burgerlijke en zakelijke leiders onder leiding van Michael Folsom, een MIT-professor, het Charles River Museum of Industry & Innovation in wat de enorme door stoom aangedreven machine- en ketelruimten van de fabriek waren geweest. Na een monumentale campagne van fondsenwerving, schoonmaak, bouw, planning en installatie, begon het museum in 1980.
Het museum is een non-profit organisatie, bestuurd door een Raad van Toezicht, en wordt gefinancierd door particuliere donaties.
De missie van het Charles River Museum of Industry & Innovation is om toekomstige innovatie in Amerika aan te moedigen en te inspireren. Het museum bereikt dit door middel van zijn collecties en programma’s, door het verkennen van de historische impact van de industrie op de Amerikaanse cultuur, door het onderzoeken van het dynamische proces van innovatie, door het promoten van zijn locatie in Waltham als een fundament van de Amerikaanse industriële revolutie, door het verbinden van de expertise van oudere generaties met de leergierigheid van jongeren, en door het publiek van alle leeftijden een boeiende museumervaring te bieden.