Bonsai verwijst niet naar een specifieke boomsoort, maar eerder naar de kunst van het kweken van bomen in ondiepe potten en het manipuleren van hun ledematen tot esthetisch aangename vormen met draden en andere gereedschappen. Het is een Japanse term die letterlijk vertaald “boom in een bak” betekent, en de kunstvorm is lang met dat land geassocieerd geweest. Volgens Bonsai Boy of New York zijn deskundigen het er echter over eens dat de kunst in China is begonnen. Het werd aanvankelijk beoefend door Boeddhistische monniken, en oude manuscripten en schilderijen bevestigen dat het zo ver teruggaat als 600 AD, maar er zijn veel geleerden die geloven dat de wortels van de kunst teruggaan tot 500 of zelfs 1.000 BC. Later verhuisde de kunst naar het oosten, samen met het Zen Boeddhisme, en verscheen voor het eerst in Japan in de 12e eeuw.
Volgens Bonsai Outlet stond de wieg van de bonsaikweek in Japan in de Kanto-regio, maar een verschrikkelijke aardbeving met een kracht van 8,3 verwoestte de regio in 1923, en de bonsai-industrie verplaatste haar activiteiten naar de Omiya-regio, net buiten Tokio. De industrie schoot hier wortel en de kunst bloeit er tot op de dag van vandaag. Hoewel, zoals Bonsai Empire meldt, de kunst populair is geworden en zich heeft ontwikkeld in andere landen, zoals Italië, Nederland, en de Verenigde Staten, is bonsai nog steeds nauwer verbonden met Japan, en velen beschouwen Japanse bonsais nog steeds als van de beste kwaliteit.