Exemplaartheorie staat vaak in contrast met de prototypetheorie, die een andere methode van categoriseren voorstelt. We gebruiken zowel de exemplar- als de prototypemethode bij het maken van categorie-oordelen, en ze werken vaak samen om tot de meest nauwkeurige conclusie te komen. Onlangs is de toepassing van zowel prototypen als voorbeeldvoorstellingen en categorisatie geïmplementeerd in een cognitief geïnspireerd kunstmatig systeem, DUAL PECCS genaamd (Dual Prototypes and Exemplars based Conceptual Categorization System), dat door deze integratie de categorisatiemogelijkheden van klassieke categorisatiemodellen heeft uitgebreid. De twee theorieën lijken op elkaar in die zin dat zij het belang van gelijkenis bij categorisatie benadrukken: alleen door gelijkenis met een prototype of voorbeeld kan een nieuwe stimulus in een categorie worden ondergebracht. Ze berusten ook allebei op hetzelfde algemene cognitieve proces: we ervaren een nieuwe stimulus, een concept in het geheugen wordt getriggerd, we maken een oordeel over de gelijkenis, en trekken een categorisatieconclusie. De specifieke kenmerken van de twee theorieën zijn echter verschillend. Volgens de prototypetheorie wordt een nieuwe stimulus vergeleken met een enkel prototype in een categorie, terwijl volgens de exemplaartheorie een nieuwe stimulus wordt vergeleken met meerdere bekende exemplarische exemplaren in een categorie. Terwijl een prototype een abstract gemiddelde is van de leden van een categorie, is een voorbeeld een echt lid van een categorie, uit het geheugen gehaald. Terwijl prototypes zuinig zijn – wat betekent dat ze sneller oordelen – zijn voorbeeldmodellen dat minder. Anderzijds zijn prototypes minder flexibel dan voorbeeldmodellen: voorbeeldmodellen kunnen gemakkelijker atypische categorieleden verklaren, zoals een pinguïn die deel uitmaakt van de categorie “vogels”, omdat een voorbeeldmodel de kenmerken van een categorie niet uitmiddelt zoals een prototype dat doet. Exemplaren kunnen variabele categorieën – zoals “spelletjes” – veel beter begrijpen dan prototypen, die zich baseren op typische kenmerken om het lidmaatschap van een categorie te bepalen. Een ander verschil, gesuggereerd door onderzoek, is dat voorbeeldfiguren eerder worden gebruikt dan prototypen na lange ervaring met een concept.
Het categorisatieproces om te bepalen welk type dier een hond is, kan worden gebruikt om een voorbeeld te geven voor het gebruik van de voorbeeldtheorie. Alle eigenschappen van de hond worden in overweging genomen en afzonderlijk vergeleken met andere dieren die het individu eerder is tegengekomen. Het individu zou uiteindelijk tot de conclusie komen dat het dier een hond is, omdat het alle eigenschappen heeft die eerder werden geassocieerd met een voorbeeld van een hond. Het individu zou tot deze conclusie kunnen komen met behulp van de prototypetheorie als de hond er doorsnee uitzag, maar wat gebeurt er als de hond slechts drie poten heeft en niet blaft? Hier zou de prototypetheorie het individu misschien niet toestaan te concluderen dat het dier een hond is omdat het geen prototypische kenmerken heeft, maar de exemplaartheorie zou rekening houden met eerdere voorbeelden van honden die niet blaffen of honden die verwondingen hebben en daarom ledematen missen. Op voorbeeld gebaseerde categorisatiebenaderingen gaan zorgvuldig door alle tegengekomen voorbeelden in een bepaalde categorie heen om nauwkeurige categorisatie mogelijk te maken.
Over de nauwkeurigheid van de voorbeeldtheorie voor categorisatie zijn tegenstrijdige uitspraken gedaan wanneer deze wordt vergeleken met de prototypentheorie. Een studie aan de Arizona State University concludeerde bijvoorbeeld dat de exemplaartheorie het nauwkeurigst is bij minimale categorie-ervaring en dat naarmate ervaring wordt ontwikkeld de prototypetheorie nauwkeuriger is. Een andere studie toont echter aan dat de op voorbeelden gebaseerde benadering nauwkeuriger is naarmate men meer vertrouwd raakt met een categorie, omdat de kennis van de leden groter is dan die welke door een enkel prototype kan worden weergegeven. Het is duidelijk dat er situaties zijn waarin de op voorbeelden gebaseerde benadering het meest accuraat is en andere waarin dat niet het geval is. Dit gezegd zijnde, is het duidelijk dat de hersenen in het dagelijks leven van nature een combinatie van categorisatiebenaderingen gebruiken.
Een studie aan de Universiteit van Oregon heeft uitgewezen dat prototypische gemiddelden eerder worden vergeten dan vele specifieke voorbeelden. Door alleen op prototypen te vertrouwen kan er niet goed worden nagedacht, terwijl het vertrouwen op alleen voorbeelden inefficiënt kan zijn. De voorbeeldtheorie is flexibeler dan de prototypentheorie maar minder economisch, een combinatie van de twee brengt de flexibiliteit in evenwicht met de efficiëntie. Ervaring met verschillende voorbeelden resulteert gemiddeld in een steeds veranderend, nauwkeuriger prototype – het is niet zo dat de voorbeeldtheorie en de prototypetheorie elkaar beconcurreren, maar dat zij samenwerken, in tandem.