In de Verenigde Staten werd O’Mahony’s presidentschap over de Fenian Brotherhood steeds meer aangevochten door William R. Roberts. Beide Feniaanse facties zamelden geld in door de uitgifte van obligaties in naam van de “Ierse Republiek”, die door de gelovigen werden gekocht in de verwachting dat ze zouden worden gehonoreerd wanneer Ierland weer “een natie” zou zijn. Deze obligaties moesten worden terugbetaald “zes maanden na de erkenning van de onafhankelijkheid van Ierland”. Honderdduizenden Ierse immigranten schreven in.
Er werden grote hoeveelheden wapens aangeschaft en er werden door de Roberts-factie openlijk voorbereidingen getroffen voor een gecoördineerde reeks invallen in Canada, die door de regering van de Verenigde Staten niet noemenswaardig werden verhinderd. Velen in de Amerikaanse regering stonden niet onwelwillend tegenover de beweging omdat Groot-Brittannië had nagelaten de Unie tijdens de burgeroorlog te steunen. De “Secretary for War” van Roberts was generaal T. W. Sweeny, die van januari 1866 tot november 1866 van de Amerikaanse legerlijst was geschrapt om hem in staat te stellen de raids te organiseren. Het doel van deze invallen was het in beslag nemen van het transportnetwerk van Canada, met de gedachte dat dit de Britten zou dwingen de vrijheid van Ierland te ruilen voor het bezit van hun provincie Canada. Vóór de invasie hadden de Fenians enige inlichtingen gekregen van gelijkgezinde aanhangers binnen Canada, maar ze kregen geen steun van alle Ierse katholieken aldaar, die de invallen zagen als een bedreiging van de opkomende Canadese soevereiniteit.
In april 1866 arriveerde, onder bevel van John O’Mahony, een bende van meer dan 700 leden van de Fenian Brotherhood aan de kust van Maine tegenover het eiland, met de bedoeling Campobello in te nemen van de Britten. Britse oorlogsschepen uit Halifax, Nova Scotia, waren snel ter plaatse en een militaire troepenmacht verjoeg de Fenians. Deze actie versterkte het idee om New Brunswick te beschermen door samen met de Britse Noord-Amerikaanse kolonies Nova Scotia, Canada East, en Canada West de Dominion Canada te vormen.
Het bevel over de expeditie in Buffalo, New York, werd door Roberts toevertrouwd aan kolonel John O’Neill, die in de nacht en ochtend van 31 mei/1 juni 1866 de rivier de Niagara overstak (de Niagara is de internationale grens) aan het hoofd van ten minste 800 (O’Neill’s cijfer; in Canadese bronnen wordt gewoonlijk tot 1.500 gerekend) mannen, en Fort Erie kortstondig veroverde, waarbij hij een Canadese troepenmacht bij Ridgeway versloeg. Veel van deze mannen, onder wie O’Neill, waren geharde veteranen uit de Amerikaanse burgeroorlog. Uiteindelijk werd de invasie afgebroken doordat de Amerikaanse autoriteiten vervolgens de aanvoerlijnen van de Fenians over de Niagara-rivier onderbraken en de Feniaanse versterkingen arresteerden die probeerden de rivier over te steken naar Canada. Het is onwaarschijnlijk dat ze met zo’n kleine strijdmacht ooit hun doel zouden hebben bereikt.
Andere pogingen van de Fenians om binnen te vallen deden zich de volgende week voor in de St. Lawrence Vallei. Omdat veel van de wapens intussen door het Amerikaanse leger in beslag waren genomen, raakten betrekkelijk weinig van deze mannen daadwerkelijk bij de gevechten betrokken. Er was zelfs een kleine Feniaanse overval op een opslaggebouw waarbij met succes enkele wapens werden teruggehaald die door het Amerikaanse leger in beslag waren genomen. Vele werden uiteindelijk toch teruggegeven door sympathiserende officieren.
Om de Fenians uit het gebied te krijgen, zowel in de St. Lawrence als in Buffalo, kocht de Amerikaanse regering treinkaartjes voor de Fenians om naar hun huizen terug te keren, als de betrokken personen zouden beloven vanuit de Verenigde Staten geen landen meer binnen te vallen. Veel van de wapens werden later teruggegeven als de persoon die ze opeiste kon beloven dat ze niet zouden worden gebruikt om Canada opnieuw binnen te vallen, hoewel sommige mogelijk werden gebruikt bij de invallen die volgden.
In december 1867 werd O’Neill voorzitter van de Roberts factie van de Fenian Brotherhood, die het jaar daarop een grote conventie hield in Philadelphia, bijgewoond door meer dan 400 behoorlijk geaccrediteerde afgevaardigden, terwijl 6.000 Fenian soldaten, gewapend en in uniform, door de straten paradeerden. Op deze conventie werd de tweede invasie van Canada bedacht. Het nieuws van de Clerkenwell-explosie was een sterke stimulans voor een krachtdadig beleid. Henri Le Caron, die als geheim agent van de Britse regering de functie van “Inspecteur-generaal van het Ierse Republikeinse Leger” bekleedde, beweert dat hij, ter voorbereiding van de voorgenomen inval, vijftienduizend standen wapens en bijna drie miljoen patronen verdeelde onder de hoede van de vele vertrouwelingen die tussen Ogdensburg, New York en St. Albans, Vermont, waren gestationeerd. Die vond plaats in april 1870 en bleek een even snelle en complete mislukking als de poging van 1866. De Fenians onder O’Neill’s commando staken de Canadese grens over nabij Franklin, Vermont, maar werden uiteengeslagen door een enkel volley van Canadese vrijwilligers. O’Neill zelf werd prompt gearresteerd door de autoriteiten van de Verenigde Staten op bevel van president Ulysses S. Grant.
Nadat hij ontslag had genomen als president van de Fenian Brotherhood, probeerde John O’Neill zonder succes een onbestrafte overval in 1871, waarbij hij de krachten van zijn overgebleven Fenian aanhangers bundelde met verbannen leden van de Red River Rebellion. De overvallers staken de grens over naar Manitoba bij Pembina, Dakota Territory, en namen bezit van de handelspost van de Hudson’s Bay Company aan de Canadese kant. Amerikaanse soldaten van het fort in Pembina, met toestemming van de Canadese ambtenaar Gilbert McMicken, staken de grens over naar Canada en arresteerden de Feniaanse overvallers zonder tegenstand.
De Feniaanse dreiging leidde tot de roep om Canadese confederatie. Confederatie was al jaren in de maak, maar werd pas in 1867 doorgevoerd, het jaar na de eerste razzia’s. In 1868 vermoordde een Feniaanse sympathisant de Iers-Canadese politicus Thomas D’Arcy McGee in Ottawa, omdat hij de razzia’s had veroordeeld.
Vrees voor een Feniaanse aanval teisterde het Lower Mainland van British Columbia in de jaren 1880, toen de Fenian Brotherhood zich actief organiseerde in Washington en Oregon, maar tot razzia’s kwam het in werkelijkheid nooit. Bij de inhuldiging van de hoofdspoorlijn van de Canadian Pacific Railway in 1885 zijn op foto’s van die gelegenheid drie grote Britse oorlogsschepen te zien die in de haven vlak bij het spoorweghoofd en de dokken liggen. Hun aanwezigheid was uitdrukkelijk ingegeven door de dreiging van een Feniaanse aanval of terrorisme, net als de grote aantallen manschappen op de eerste trein.