In de Nieuwe Gedachte-beweging zijn talrijke kerken en groepen ontstaan. Emma Curtis Hopkins wordt de “Leraar der Leraren” genoemd vanwege het aantal mensen dat zij onderwees en die vervolgens groepen binnen de Nieuw Gedachte-beweging oprichtten. Annie Rix Militz leerde van Hopkins en stichtte daarna het Huis van de Waarheid. Een andere leerlinge, Malinda E. Cramer, werd medeoprichtster van Divine Science, samen met mevrouw Bingham, die later Nona L. Brooks onderwees, die samen met Cramer Divine Science oprichtte. Charles en Myrtle Fillmore, die samen naar Hopkins gingen, richtten later de Unity School of Christianity op. Auteurs leerden ook van Hopkins, waaronder Dr. H. Emilie Cady, schrijfster van het Eenheidsleerboek Lessen in Waarheid; Ella Wheeler Wilcox, Nieuwe Gedachte dichteres; en Elizabeth Towne. Nog veel later kwam Ernest Holmes, die de Religious Science oprichtte en de United Centers for Spiritual Living oprichtte.
De Unity Church is tegenwoordig de grootste New Thought kerk, met duizenden leden over de hele wereld. Zij werd in 1891 door de Fillmores opgericht. Divine Science werd ook eind 19e eeuw gesticht door Melinda Cramer en Nona Brooks. De United Centers for Spiritual Living werd in 1927 opgericht door Ernest Holmes. Een soortgelijke organisatie, de Society for Jewish Science, oorspronkelijk bedacht door Rabbi Alfred G. Moses begin 1900, werd de beweging in 1922 geïnstitutionaliseerd met Rabbi Morris Lichtenstein’s. De New Thought beweging strekt zich uit over de hele wereld. De grootste denominatie buiten de V.S., Seicho-no-Ie, werd in 1930 door Masaharu Taniguchi in Japan gesticht. Kleinere kerken, waaronder het in 1899 in Alameda (Californië) gestichte Home of Truth, blijven met succes bestaan, evenals het Agape International Spiritual Center, een megakerk geleid door Rev. Dr. Michael Beckwith in de omgeving van Los Angeles.
Er zijn verschillende overkoepelende New Thought organisaties geweest, waaronder de International New Thought Alliance, die in enigerlei vorm al in 1899 bestond. Het Affiliated New Thought Network werd in 1992 opgericht om een overkoepelende New Thought organisatie te vormen. Sinds 1974 is de Universal Foundation for Better Living een bijeenkomst van christelijke New Thought gemeenten over de hele wereld. In New York richtten de leiders van New Thought een overkoepelende organisatie op, de League for the Larger Life. Deze bestond van 1916 tot in de jaren 1950.
Er zijn vele New Thought scholen geweest. De bekendste is wellicht de Unity School of Christianity in Missouri, opgericht in het begin van de 20e eeuw. Het Emerson Theologisch Instituut bestaat sinds 1992. Rond de eeuwwisseling van de 20e eeuw leidde Horatio Dresser een organisatie die de School voor Toegepaste Metafysica heette.
Psychiana was een postorder denominatie die werd geleid door Frank B. Robinson en die onderwees en het woord verspreidde over de Nieuwe Gedachte via de U.S. Postal Service.