Guyots vertonen het bewijs dat ze ooit boven de oppervlakte hebben gelegen, met een geleidelijke verzakking in fasen van omzoomde rifberg, koraalatol en ten slotte een onder water gelegen berg met een vlakke top. Verzamelbergen ontstaan door de extrusie van lavastromen die in fasen omhoog worden geblazen vanuit bronnen in de aardmantel, meestal hotspots, naar openingen op de zeebodem. Na verloop van tijd houdt het vulkanisme op en overheersen andere processen. Wanneer een onderzeese vulkaan hoog genoeg wordt om zich dicht bij het oceaanoppervlak te bevinden of dit te doorbreken, ontstaat er door golfslag en/of koraalrifgroei meestal een vlak bouwwerk. Alle oceaankorst en oceaanrotsen worden echter gevormd uit heet magma en/of gesteente, dat na verloop van tijd afkoelt. Naarmate de lithosfeer waarop de toekomstige janboemets zich bevinden langzaam afkoelt, wordt hij dichter en zakt hij lager in de aardmantel, door het proces van isostasie. Bovendien zijn de eroderende effecten van golven en stromingen meestal aan de oppervlakte te vinden: de toppen van de scheuren liggen over het algemeen onder deze hoger-erosiezone.
Dit is hetzelfde proces dat leidt tot een hogere topografie van de zeebodem bij oceaanruggen, zoals de Mid-Atlantische Rug in de Atlantische Oceaan, en tot diepere oceanen bij abessale vlakten en oceaangeulen, zoals de Mariana-Trench. Het eiland of de ondiepte die uiteindelijk een guyot zal worden, zakt dus in de loop van miljoenen jaren langzaam weg. In de juiste klimaatgebieden kan de groei van koraal soms gelijke tred houden met de verzakking, wat resulteert in de vorming van een koraalatol, maar uiteindelijk wordt het koraal te diep om nog te groeien en wordt het eiland een guyot. Hoe langer de tijd verstrijkt, hoe dieper de guyots worden.
Zeebergen verschaffen gegevens over de bewegingen van de tektonische platen waarop zij drijven, en over de reologie van de onderliggende lithosfeer. De trend van een keten van onderzeese bergen volgt de bewegingsrichting van de lithosferische plaat over een min of meer vaste warmtebron in de onderliggende asthenosfeer, het gedeelte van de aardmantel onder de lithosfeer. Naar schatting zijn er tot 50.000 onderzeese bergen in het bekken van de Stille Oceaan. De Hawaiian-Emperor onderzeese keten is een uitstekend voorbeeld van een hele vulkanische keten die dit proces ondergaat, van actief vulkanisme, tot groei van koraalriffen, tot atolvorming, tot verzakking van de eilanden en het worden van guyots.