James II werd bezorgd over de toenemende onafhankelijkheid van de koloniën in New England; hij en andere Britse functionarissen waren vooral ontstemd over het openlijk negeren van de Navigation Acts. De voortdurende militaire dreiging van de Fransen en hun Indiaanse bondgenoten in Noord-Amerika was een extra reden om de controle over de koloniën te verscherpen. In 1686 werd geheel New England samengevoegd in een bestuurlijke fusie, het Dominion of New England; twee jaar later werden New York en de beide New Jerseys toegevoegd. De oprichting van dit bureau werd in Groot-Brittannië beschouwd als een doordachte zet en niet als een strafmaatregel. Het verenigen van de noordelijke kolonies met het oog op defensie en administratieve controle werd in Amerika anders bekeken. Joseph Dudley diende kort als de eerste president van de Dominion, maar werd vervangen door Sir Edmund Andros. Andros was een ervaren soldaat en een toegewijd ambtenaar, maar het ontbrak hem aan gezond verstand en persoonlijke vaardigheden om in zijn nieuwe functie succesvol te zijn. Hij volgde zijn orders nauwgezet op door plaatselijke vergaderingen te ontbinden, de kolonisten zonder toestemming van hun vertegenwoordigers belasting te laten betalen en door middel van een strikte handhaving van de Navigation Acts een einde te maken aan de smokkel.Massachusetts was niet de enige kolonie waar de Dominion furore maakte. In 1687 was Andros zo woedend omdat Connecticut niet met het nieuwe regime wilde meewerken, dat hij en gewapende aanhangers probeerden het handvest van de kolonie in handen te krijgen. Volgens de legende verstopten de kolonisten van Connecticut het document in een spleet van een oude eik.* 
De Dominion kende weinig succes, grotendeels te wijten aan de koloniale onverzettelijkheid. De kooplieden in New England hadden smokkelen lange tijd tot een manier van leven gemaakt en verzetten zich hevig tegen veranderingen die hun inkomstenbronnen zouden kunnen aantasten. Andros’ pogingen om de koloniale militaire reacties te verenigen waren een mislukking omdat hij er niet in slaagde veel geld en wapens ter beschikking te stellen. De Dominion kwam abrupt tot stilstand in 1689, toen de kolonies vernamen dat James II tijdens de Glorieuze Revolutie van de troon was gestoten. De mislukking van de Dominion of New England veranderde tijdelijk de houding van veel Britse ambtenaren ten opzichte van de Amerikaanse kolonies. Aan het eind van de 17e en het begin van de 18e eeuw heerste een periode van “weldadige verwaarlozing”. Sommige gezagdragers meenden dat het verstandiger was om te proberen de handelsbetrekkingen met de koloniën te bevorderen dan zich te mengen in hun regeringszaken. Die weldadige veronachtzaming heeft veel bijgedragen tot de groei van het zelfbestuur in Amerika. De kolonisten zouden de kwestie van verenigd optreden opnieuw aan de orde stellen tijdens het Eerste Continentale Congres (1774) – maar die integratie was een Amerikaanse beslissing, niet een die door het moederland werd opgelegd.
*De “Charter Oak” stond op het landgoed van Wyllys in Hartford tot hij in 1856 door een windstorm werd geveld.