In 1614 begonnen de commissarissen met de nieuwe fortificatie met de toewijzing van percelen in het gebied gelegen tussen de Keizersgracht en de Prinsengracht en Reestraat. Een aantal grachtenpanden in dit gebied werd gebouwd door de Technische Unie. De tuinhuizen aan de Prinsengracht en leegstaande pakhuizen werden gebruikt als opslagplaats voor de Technische Unie.
In 1970 werden panden gekocht door hotelbedrijf Howard Johnson’s, waaronder negen panden aan de Prinsengracht (nummers 315-331), het paviljoen van het Saxen Pennsylvaniahuis en de twee huizen aan de Keizersgracht met 176 kamers. De keuken en het restaurant bevinden zich in de drie huizen aan de Reestraat. Op 1 juni 1970 werd het Howard Johnson Hotel officieel geopend. Na enkele jaren werd het hotel vernoemd naar Herbert Pulitzer, de toenmalige eigenaar van het hotel en de kleinzoon van Joseph Pulitzer.
Eind 1975 was het Pulitzer Hotel uitgebreid met twee panden, met twintig nieuwe kamers en appartementen. Zes jaar later werd een pand aan de Reestraat toegevoegd en later weer uitgebreid met acht panden aan de Keizersgracht. In het midden van de jaren 1990 verkocht Herbert Pulitzer het hotel aan de Italiaanse hotelketen CIGA. Eind 1996 werd CIGA overgenomen door ITT Sheraton. In 1997 verkocht Sheraton een 75 procent aan Hospitality Europe Holding BV, een bedrijf dat gespecialiseerd is in de exploitatie van internationale hotels in Europa. Het Hotel Pulitzer werd tot 2015 beheerd door Starwood.
Tussen 1998 en 2000 was er een complete renovatie van het hotel. In 2016 was er opnieuw een renovatie, waarbij het aantal kamers werd teruggebracht tot 225.