Hugh werd geboren op het kasteel van Avalon, op de grens van de Dauphiné met Savoye, als zoon van Guillaume, seigneur van Avalon. Zijn moeder Anne de Theys stierf toen hij acht jaar oud was, en omdat zijn vader soldaat was, ging hij voor zijn opvoeding naar een kostschool. Guillaume trok zich terug uit de wereld in het Augustijner klooster van Villard-Benoît, bij Grenoble, en nam zijn zoon Hugh met zich mee.
Op vijftienjarige leeftijd werd Hugh novice religieus en op negentienjarige leeftijd werd hij diaken gewijd. Rond 1159 werd hij naar het nabijgelegen klooster van Saint-Maximin gestuurd, waar hij vermoedelijk al priester was. Vanuit die gemeenschap verliet hij de Benedictijner orde en trad in de Grande Chartreuse, toen op het hoogtepunt van haar reputatie vanwege de strenge soberheid van haar regels en de oprechte vroomheid van haar leden. Daar klom hij op tot procurator van zijn nieuwe orde, welk ambt hij bekleedde totdat hij in 1179 werd uitgezonden om prior te worden van het Witham Charterhouse in Somerset, het eerste kartuizerhuis in Engeland.
Henry II van Engeland had, als onderdeel van zijn boetedoening voor de moord op Thomas Becket, in plaats van op kruistocht te gaan zoals hij in zijn eerste berouw had beloofd, enige tijd daarvoor een kartuizerhuis gesticht, dat werd bewoond door monniken afkomstig uit het Grande Chartreuse. Er waren echter moeilijkheden bij het vorderen van de bouwwerken, en de eerste prior werd gepensioneerd en een tweede overleed spoedig. Op speciaal verzoek van de Engelse koning werd de heilige Hugh, wiens faam hem had bereikt via een van de edelen van Maurienne, tot prior benoemd.
Hugh trof de monniken in grote nood aan, wonend in blokhutten en nog zonder vergevorderde plannen voor een meer permanent kloostergebouw. Hugh vroeg de koning om koninklijke steun en uiteindelijk, waarschijnlijk op 6 januari 1182, vaardigde Henry een oorkonde uit voor de stichting van Witham Charterhouse. Zijn eerste aandacht ging uit naar de bouw van het Charterhouse. Hij bereidde zijn plannen voor en legde ze ter koninklijke goedkeuring voor, waarbij hij van de koning volledige schadeloosstelling eiste voor alle pachters op het koninklijk landgoed die zouden moeten worden uitgezet om plaats te maken voor het gebouw. Hugh leidde het nieuwe huis tot 1186 en trok velen naar de gemeenschap. Onder de regelmatige bezoekers was koning Hendrik, want het charterhuis lag dicht bij de grenzen van de jachtvelden van de koning in Selwood Forest, een geliefd jachtgebied. Hugh vermaande Henry voor het onbezet houden van bisdommen om hun inkomsten voor de koninklijke kanselarij te behouden.
In mei 1186 riep Henry een raad van bisschoppen en baronnen bijeen in Eynsham Abbey om te beraadslagen over de toestand van de Kerk en het opvullen van vacante bisdommen, waaronder Lincoln. Op 25 mei 1186 werd het kathedrale kapittel van Lincoln opgedragen een nieuwe bisschop te kiezen en Hugh werd gekozen. Hugh drong aan op een tweede, besloten verkiezing door de kanunniken, veilig in hun kapittelzaal te Lincoln in plaats van in de kapel van de koning. Zijn verkiezing werd door de uitslag bevestigd.
Hugh werd op 21 september 1186 in Westminster tot bisschop van Lincoln gewijd. Vrijwel onmiddellijk stelde hij zijn onafhankelijkheid van de koning vast, door een koninklijke boswachter te excommuniceren en te weigeren een van Henry’s hoofse benoemingen tot prebendaris van Lincoln te bekleden; hij verzachtte de woede van de koning door zijn diplomatieke aanpak en tactvolle charme. Na de excommunicaties kwam hij bij de koning op jacht en werd begroet met een verbitterde stilte. Hij wachtte enkele minuten en de koning riep om een naald om een leren verband om zijn vinger te naaien. Uiteindelijk zei Hugh met zachte spot: “Wat doet u me denken aan uw neven en nichten uit Falaise” (waar Willem I’s moeder Herleva, een leerlooiersdochter, vandaan kwam). Hierop barstte Hendrik in lachen uit en verzoende zich. Als bisschop was hij voorbeeldig, voortdurend in residentie of op reis in zijn diocees, gul met zijn liefdadigheid, nauwgezet in de benoemingen die hij deed. Hij verhoogde de kwaliteit van het onderwijs op de kathedraal school. Hugh was ook prominent in het beschermen van de Joden, van wie er grote aantallen in Lincoln woonden, tegen de vervolging die zij te verduren kregen aan het begin van de regering van Richard I, en hij onderdrukte het geweld van de bevolking tegen hen – zoals later gebeurde na de dood van de kleine heilige Hugh van Lincoln – op verschillende plaatsen.
De kathedraal van Lincoln was in 1185 zwaar beschadigd door een aardbeving, en Hugh begon met de wederopbouw en de grote uitbreiding ervan in de nieuwe gotische stijl; hij zag echter pas dat het koor goed en wel begonnen was. In 1194 breidde hij de St Mary Magdalen’s Church in Oxford uit. Samen met bisschop Herbert van Salisbury verzette Hugh zich tegen de eis van de koning voor 300 ridders voor een jaar dienst in zijn Franse oorlogen; de gehele opbrengst van de ambten van beide mannen werd toen in beslag genomen door koninklijke agenten.
Als een van de belangrijkste bisschoppen van het Koninkrijk Engeland aanvaardde Hugh meer dan eens de rol van diplomaat naar Frankrijk voor Richard en vervolgens voor koning John in 1199, een reis die zijn gezondheid ruïneerde. Hij wijdde St Giles’ kerk in Oxford in 1200. In de westelijke zuil van de toren is een kruis van in elkaar gevlochten cirkels uitgehouwen, dat dit zou herdenken. Ook werd ter herdenking van de wijding de St Giles’ Fair opgericht, die tot op de dag van vandaag in september wordt gehouden. Terwijl hij een paar maanden later een nationale raad in Londen bijwoonde, werd hij getroffen door een niet nader genoemde kwaal en stierf twee maanden later op 16 november 1200. Hij werd begraven in Lincoln Cathedral.
Bisschop Hugh was verantwoordelijk voor de bouw van het eerste (houten) Bisschoppelijk Paleis te Buckden in Cambridgeshire, halverwege tussen Lincoln en Londen. Latere toevoegingen aan het paleis waren omvangrijker en in 1475 werd een hoge bakstenen toren toegevoegd, beschermd door muren en een gracht, en omgeven door een buitenburcht. De toren werd tot 1842 door de bisschoppen gebruikt. Het paleis, dat nu bekend staat als Buckden Towers, is eigendom van de Claretians en wordt gebruikt als retraite- en conferentiecentrum. Een katholieke kerk, gewijd aan St Hugh, staat op het terrein.