Jan Baptista van Helmont werd in januari 1579 in Brussel geboren uit een adellijke familie. Hij studeerde klassieke talen aan de universiteit van Leuven tot 1594, maar hij aanvaardde geen graad omdat hij academische eer louter ijdelheid vond. Hij bestudeerde ook aspecten van magie en mystieke filosofie in cursussen gegeven door Jezuïtische leraren aan hun pas opgerichte Leuvense school, en daarna wendde hij zich tot de studie van mystieke spirituele schrijvers als Thomas à Kempis. Ontevreden over al deze studies wendde hij zich tot de geneeskunde. In zijn nieuwe onderneming werd hij geïnspireerd door religieuze ijver en door de wens de maatschappij van dienst te zijn.
Nadat hij zijn praktijklicentie had verkregen, werd Van Helmont uitgenodigd om aan de universiteit van Leuven college te geven over chirurgie. Hij kreeg echter schurft en vond de orthodoxe behandeling met agressieve purgatieven slopend en ondoeltreffend. Hij genas uiteindelijk met behulp van Paracelsiaanse minerale middelen, maar ondertussen, gedesillusioneerd over de medische wetenschap van die tijd, gaf Van Helmont zijn medische carrière op en reisde 10 jaar lang door Europa. Hij trouwde in 1609 met een rijke edelvrouw, Margaretha van Ranst, en vestigde zich op een landgoed in Vilvoorde bij Brussel om zich te wijden aan de chemische filosofie.
Na de publicatie van zijn verhandeling over de magnetische genezing van wonden, die gericht was tegen een jezuïet, kwam Van Helmont onder de aandacht van de Inquisitie. Er werd een aanklacht tegen hem ingediend, en deze zaak wierp een schaduw over de rest van zijn leven, dat eindigde op 30 dec. 1644; hij werd pas twee jaar na zijn dood vrijgesproken. Deze omstandigheid heeft hem mogelijk terughoudend gemaakt om tijdens zijn leven veel te publiceren. Zijn zoon Franciscus Mercurius publiceerde zijn geschriften postuum in 1648 onder de titel Ortus medicinae (Oorsprong van de geneeskunde).
Van Helmont leefde precies in die tijd van de 17e eeuw waarin de moderne wetenschappelijke methode, gebaseerd op observatie en experiment, werd gesmeed, maar tot op dat moment werd de wetenschap nog niet uniek of uitsluitend met deze benadering vereenzelvigd. Voor Van Helmont was kennis een goddelijke gave van God: er was niet één manier om de schepping te begrijpen; de mens moest alle middelen gebruiken die God hem had gegeven, waaronder studie van de Schrift, gebed, meditatie, mystieke verlichting, en directe observatie van de natuur. Zoals de meeste Paracelsianen wantrouwde Van Helmont de dialectische manier van redeneren die de scholastieke filosofen van de Middeleeuwen gebruikten en de natuurfilosofie van de Grieken. Ervaring, zowel mystiek als empirisch, was de weg naar kennis, niet verbaal redeneren.