Classificatie In de ruimste omtrek van de lycofyten omvat de groep zowel de uitgestorven zosterophylen als de nog levende lycofyten en hun meest uitgestorven verwanten. De namen en rangen die voor deze groep worden gebruikt, lopen sterk uiteen. Sommige bronnen gebruiken de namen “Lycopodiophyta” of het kortere “Lycophyta” om zowel de zosterofylen als de nog levende lycofyten en hun meest uitgestorven verwanten te omvatten, terwijl andere deze namen gebruiken om de zosterofylen uit te sluiten. De naam “Lycopodiophytina” is ook gebruikt in de inclusieve betekenis. Engelse namen zoals “lycophyte”, “lycopodiophyte” of “lycopod” zijn eveneens dubbelzinnig en kunnen verwijzen naar de breed gedefinieerde groep of alleen naar de nog levende lycophyten en hun meest uitgestorven verwanten. De consensusclassificatie die in 2016 door de Pteridophyte Phylogeny Group classificatie (PPG I) is opgesteld, plaatst alle extante (levende) lycofyten in de klasse Lycopodiopsida. Er zijn ongeveer 1.290 tot 1.340 van dergelijke soorten. Voor meer informatie over de classificatie van de overblijvende lycofyten, zie .
Phylogenie Een belangrijke cladistische studie van landplanten werd in 1997 gepubliceerd door Kenrick en Crane. In 2004 publiceerden Crane et al. een aantal vereenvoudigde cladogrammen, gebaseerd op een aantal figuren in Kenrick en Crane (1997). Hun cladogram voor de lycofyten is hieronder weergegeven (met enkele takken samengevouwen tot “basale groepen” om de grootte van het diagram te beperken). In deze visie vormen de “zosterophyllen” een parafyletische groep, variërend van vormen als Hicklingia, die kale stengels hebben, tot vormen als Sawdonia en Nothia, waarvan de stengels bedekt zijn met niet-gevasculariseerde stekels of enaties. Het geslacht Renalia illustreert de problemen bij het indelen van vroege landplanten. Het heeft kenmerken van zowel de niet-lycofytische rhyniofyten – eindstandige in plaats van laterale sporangia – als van de zosterophyllen – niervormige sporangia die openen langs de distale rand. Een heel ander beeld wordt geschetst in een analyse uit 2013 door Hao en Xue. Hun geprefereerde cladogram toont de zosterophyllen en bijbehorende genera basaal aan zowel de lycopodiopsiden als de euphyllophyten, zodat er geen clade is die overeenkomt met de breed gedefinieerde groep lycofyten die door andere auteurs wordt gebruikt.
Enkele uitgestorven orden van lycofyten vallen in dezelfde groep als de nog bestaande orden. Verschillende bronnen gebruiken verschillende nummers en namen van de uitgestorven ordes. Het volgende fylogram toont een waarschijnlijke relatie tussen enkele van de voorgestelde Lycopodiopsida ordes.
