Lyon County’s Fort Churchill werd gesticht in juli 1860 tijdens de kritieke periode van conflict tussen inheemse Amerikanen en pas aangekomen kolonisten. Kapitein Joseph Stewart, onlangs nog van Fort Alcatraz, had troepen uit Californië geleid om te vechten in de tweede fase van de Pyramid Lake War. Hij kreeg toen opdracht een fort op te richten om de transcontinentale handels- en transportroutes te beschermen die zich door het westelijke Great Basin uitstrekten. Stewart stichtte vervolgens Fort Churchill op de noordoever van de Carson River, om een van de belangrijkste communicatielijnen te beschermen. De plaats lag binnen het bereik van Carson City, Dayton, en het nieuw ontwikkelde Comstock Mining District. Hoewel het garnizoen weinig actie zag, zorgde het voor een federale aanwezigheid tijdens een kritieke periode die de Burgeroorlog omvatte.
De faciliteit werd genoemd naar generaal Sylvester Churchill, inspecteur-generaal van het Amerikaanse leger. Fort Churchill was de eerste federale militaire installatie in het gebied dat later Nevada zou worden, en het was de meest uitgebreide van zijn soort in de staat gedurende de negentiende eeuw. Het aantal soldaten schommelde in de loop van de jaren 1860, maar meestal waren het er niet meer dan tweehonderd. Het complex bestond uit meer dan twintig gebouwen. De Afro-Amerikaanse kunstenaar Grafton Brown publiceerde een van de enige vroege afbeeldingen van het fort, een vogelvluchtfoto uit 1863. Het Amerikaanse leger verliet het fort in 1869.
Omdat de gebouwen van Fort Churchill van adobe waren gemaakt, waren ze na de ontmanteling kwetsbaar voor erosie. Tegen het begin van de twintigste eeuw was het complex in verval geraakt. Het Sagebrush Chapter van de Dochters van de Amerikaanse Revolutie verkreeg het fort in 1925 en begon met een beperkte restauratie. Het Civilian Conservation Corps, een New Deal programma tijdens de Grote Depressie, voltooide een groot restauratieprogramma van 1935 tot 1936.
Sinds 1957 doet Fort Churchill dienst als staatspark. Voortdurende reparaties zijn nodig om de ruïnes in stand te houden. De National Park Service erkent de site als een National Historic Landmark.