Gedurende het grootste deel van de 20e eeuw was Panama een constitutionele democratie. Een staatsgreep in 1968 bracht echter het leger aan de macht. In de jaren tachtig kreeg de Panamese generaal Manuel Noriega de regering in handen. Nadat diplomatieke en economische druk er niet in waren geslaagd Noriega te verwijderen, zette de Amerikaanse president George Bush in 1991 Amerikaanse troepen in om de dictator uit de macht te ontzetten en de democratie te herstellen in een militaire operatie die bekend staat als “Just Cause”.
Panama is nu een constitutionele representatieve democratie. De regering is verdeeld in 3 takken: de uitvoerende, de wetgevende en de rechterlijke macht. De uitvoerende macht wordt geleid door een gekozen president die zowel staatshoofd als regeringsleider is. De president wordt verkozen voor een termijn van 5 jaar en benoemt het nationale kabinet. Er zijn ook 2 verkozen vice-presidenten, die ook een ambtstermijn van 5 jaar hebben. De wetgevende macht bestaat uit een wetgevende macht met één kamer. Deze telt 71 leden, die verkozen zijn voor een termijn van 5 jaar. De rechterlijke macht bestaat uit een nationaal hooggerechtshof, 5 hogere rechtbanken en 3 hoven van beroep. Het rechtssysteem wordt geplaagd door corruptie en inefficiëntie.
De grootste politieke partij in Panama is de Democratische Revolutionaire Partij (PRD). De PRD is conservatief op economisch gebied en spreekt vooral de jonge en arme stedelingen aan. De Arnulfista Partij (PA) is de partij van de huidige president van het land en haar basis is te vinden onder de plattelandsbevolking van Panama. Het Volksblok is een coalitie van voormalige christen-democraten en pro-business groeperingen, evenals de Nationale Liberale Republikeinse Beweging en de Democratische Verandering. Deze partijen spreken de midden- en hogere klasse aan en hebben doorgaans sterke banden met het bedrijfsleven.
In 1997 bedroeg de begroting van de regering 2,4 miljard dollar en waren de inkomsten 2,4 miljard dollar. De overheidsuitgaven zijn goed voor ongeveer 30% van het BBP van het land. In 1999 bedroeg de officiële buitenlandse schuld van Panama meer dan 7 miljard dollar. Momenteel zijn er meer dan 50 verschillende vormen van belastingen, maar er zijn plannen voor hervormingen om dat aantal terug te brengen tot 10. Deze hervormingen zijn bedoeld om de belastingwetgeving te vereenvoudigen teneinde de efficiëntie te verhogen en het belastingstelsel vriendelijker te maken voor het bedrijfsleven, met verlagingen van sommige vormen van vennootschapsbelasting. De inkomstenbelasting bedraagt maximaal 33 procent en de vennootschapsbelasting maximaal 30 procent. Het systeem van belastinginning door de overheid is zeer inefficiënt en de inningspercentages van sommige vormen van belasting liggen onder de 50 procent.
Vanwege de geschiedenis van militaire inmenging in de regering heeft de natie in 1994 een grondwetswijziging aangenomen waarbij het leger werd afgeschaft. De veiligheid is nu in handen van de nationale politie, de kustwacht en een nationale luchtmacht. In 1997 besteedde de regering 1,9% van het BBP aan veiligheid of ongeveer 132 miljoen dollar. Ongeveer 150.000 mensen werken in een of andere hoedanigheid voor de regering.
In de jaren negentig was de regering bezig met een aantal programma’s om de economie te liberaliseren. Zij voerde hervormingen door in het bankwezen, de arbeidswetgeving en de belastingen. In 1996 nam de regering de eerste anti-monopoliewetten aan. Deze wetgeving richtte 4 speciale handelsrechtbanken op om zaken in verband met octrooien, handelsmerken en antitrustzaken te behandelen. Ook werd een bureau voor consumentenbescherming opgericht, de Commissie voor vrije concurrentie en consumentenzaken. Nieuwe wetten leggen boetes op aan bedrijven die zich schuldig maken aan praktijken die schadelijk zijn voor de consument, zoals de verkoop van vervallen producten en prijsafspraken. Er blijven echter een aantal problemen bestaan in het Panamese vennootschapsrecht. Zo is er bijvoorbeeld geen faillissementswet die bedrijven de mogelijkheid biedt zich te herstructureren in plaats van failliet te gaan.
Een aantal bedrijven die vroeger in handen van de overheid waren, werd geprivatiseerd. Daartoe behoren de havens van Cristobal en Balboa; INTEL, het telecommunicatiebedrijf van de natie; elektriciteitscentrales; en een cementbedrijf. Bovendien heeft de regering de 17 casino’s en speelautomatenbedrijven van het land geprivatiseerd. Plannen om de elektriciteits- en waterbedrijven te privatiseren werden door een nieuwe regering in 1999 stopgezet. Omdat het land de Amerikaanse dollar gebruikt, heeft het geen controle over zijn monetaire beleid.