De presidents- en parlementsverkiezingen van 1999 werden door internationale waarnemers beschouwd als vrij en eerlijk. De deelname van vrouwen en inheemse kiezers was hoger dan in het recente verleden, hoewel er bezorgdheid bleef bestaan over de toegankelijkheid van de stembureaus op het platteland.
De verpletterende overwinning van Alfonso Portillo in combinatie met een meerderheid van het Republikeinse Front van Guatemala (FRG) in het Congres deed vermoeden dat er snel wetgevende maatregelen zouden kunnen worden genomen. Volgens de Guatemalteekse grondwet van 1985 is voor de goedkeuring van veel soorten wetgeving echter een tweederde meerderheid vereist. Dergelijke wetgeving kan dus niet worden aangenomen met de stemmen van de FRG alleen.
Het politieke evenwicht werd in 2000 verstoord toen de beschuldigingen aan het licht kwamen dat de FRG illegaal wetgeving had gewijzigd. Na een onderzoek ontnam het Hooggerechtshof de betrokkenen, waaronder de voorzitter van het Congres en hoofd van de FRG Ríos Montt, hun wetgevende immuniteit om in de zaak te worden aangeklaagd. Ongeveer tegelijkertijd kwam de oppositie van de PAN tot een interne scheuring en een splitsing in facties; hetzelfde gebeurde bij de ANN. Als gevolg hiervan wachten de hervormingen die van essentieel belang zijn voor de tenuitvoerlegging van de vrede op wetgevende maatregelen.
Nieuwe gevallen van schending van de mensenrechten bleven afnemen, hoewel de gewelddadige intimidatie van mensenrechtenactivisten een ernstige uitdaging vormde voor het gezag van de regering. Gemene criminaliteit, nog verergerd door een erfenis van geweld en burgerwachten, vormt een andere ernstige uitdaging. Straffeloosheid blijft een groot probleem, vooral omdat de democratische instellingen, met inbegrip van die welke verantwoordelijk zijn voor de rechtsbedeling, slechts een beperkte capaciteit hebben ontwikkeld om met deze erfenis om te gaan. De regering heeft verklaard dat zij tot 2002 nodig zal hebben om de doelstelling te halen van het verhogen van de belastingdruk (met ongeveer 10% van het BBP, momenteel de laagste in de regio) tot 12% van het BBP.
Tijdens de presidentiële race organiseerde de FRG wat later bekend zou worden als Zwarte Donderdag (Jueves negro). De FRG organiseerde haar partizanen van het platteland en bracht ze naar de stad. De FRG gaf hen vervoer, voedsel, een onderkomen voor de nacht, en meterslange stokken. Met deze stokken renden de deelnemers door de straten en richtten vernielingen aan in de openbare infrastructuur. Tijdens deze dag werd een journalist van Prensa Libre (een belangrijke krant) gedood.
De media, die een traditie van onafhankelijkheid en vrijheid hebben, vatten dit zeer persoonlijk op en de volgende maand ging elke krantenkop over deze gebeurtenissen en de deelname van de regeringspartij aan deze dag van terreur. De FRG protesteerde tegen de uitspraak van de TSE (hoogste verkiezingstribunaal) om de FRG-kandidaat Efrain Rios Mont uit de race te bannen. De TSE voerde aan dat hij als formele putschist door de grondwet verboden was om ooit president te worden. De FRG betoogde dat de gebeurtenissen waaraan de voormalige generaal heeft deelgenomen dateren van voor de grondwet en dat hij daarom wel in aanmerking kwam voor het presidentschap. Volgens het gezond verstand zou een dergelijke clausule geen zin hebben indien zij geen terugwerkende kracht zou hebben.
Sinds 2004 won Óscar Berger van de GANA (een coalitie van politieke partijen in plaats van één partij) de verkiezingen, waarbij moet worden opgemerkt dat dit de eerste regering in de geschiedenis van democratisch Guatemala was die geen overweldigende meerderheid in het Congres had. Na zijn aantreden in januari 2004 werd bekend dat de FRG de regering op wilde wijze had geplunderd en zelfs computerapparatuur en voorwerpen van historisch belang had gestolen. Alfonso Portillo vluchtte naar Mexico met een indrukwekkend bedrag aan gestolen geld uit militaire fondsen, het nationale ziekenhuis en de belastingdienst. Guatemala diende een formeel verzoek in om Portillo uit te zetten om beschuldigd te worden van verduistering, maar Mexico heeft nooit diplomatiek asiel ingetrokken als het eenmaal aan een persoon is verleend.
Hoewel de grondwet er niets over zegt, leidt de vice-president de regering als een premier terwijl de president zich bezighoudt met buitenlandse zaken, dit is regelmatig te zien als de VP de president vervangt bij veel evenementen die traditioneel worden voorgezeten door de president van de Republiek.
De criminaliteit heeft duizelingwekkende proporties aangenomen: ongeveer 200 moorden per maand en het begint de economie aan te tasten, aangezien veel bedrijven het land liever verlaten dan de groeiende corruptie en onveiligheid het hoofd te bieden. Een belangrijk probleem is de voortdurende bendeoorlog tussen de M18 (Mara Dieciocho) en de MS (Mara Salvatrucha). Dit zijn twee rivaliserende straatbendes die bestaan uit losjes met elkaar verbonden internationale franchise-organisaties, die een macht uitoefenen die enigszins lijkt op die van de Amerikaanse maffia in de jaren dertig en die voor het ogenblik boven en buiten het bereik van de wet staan. Zij houden grondgebied onder hun controle en persen er “belastingen” (la renta) van af.
Zij zijn nog niet betrokken bij de georganiseerde handel op hoog niveau. Die sector behoort tot een andere klasse van de georganiseerde misdaad in Guatemala, met Mexicaanse smokkelaars en topambtenaren van de Guatemalteekse politie die regelmatig de krantenkoppen halen als ze worden betrapt met honderden kilo’s cocaïne.
Het mara-fenomeen ontstond in de jaren tachtig in de Verenigde Staten, met name in Los Angeles, onder vluchtelingen die de burgeroorlogen in El Salvador en Guatemala ontvluchtten. Later werden veel leden van de mara’s uit de Verenigde Staten gedeporteerd naar hun land van herkomst, en in de jaren negentig heeft dit bijgedragen tot de verspreiding van de twee bendes over de Verenigde Staten, Mexico, El Salvador, Guatemala, Honduras, en zelfs Italië en Spanje. Er is een zone van Guatemala City, “El Gallito”, die erkend is als buiten de controle van de regering vallend, en die toebehoort aan de drugsbaronnen die er wonen. Barrio “El Gallito” is gelegen in Zone 3, op 2 mijl afstand van het Nationaal Paleis waar de kantoren van de regering zich bevinden.
De drugshandel heeft duizelingwekkende proporties aangenomen in Guatemala, met corruptie die zich uitstrekt tot de topposities van vele takken van de regering. Verschillende narco-maffia’s wedijveren om de controle over de afgelegen noordelijke junglegebieden van Petén, waar drugs, wapens en mensen de grens naar Mexico oversteken, meestal met bestemming de Verenigde Staten. De drugshandel vormt momenteel ongetwijfeld de grootste bedreiging voor de politieke vrijheid in Guatemala.
Guatemala wordt geteisterd door lynchpartijen die een ernstige smet werpen op de reputatie van het land op het gebied van de mensenrechten als een schending van de eerlijke rechtsgang.
De regering Berger is in sommige kringen geprezen voor haar werk op het gebied van devolutie. Guatemala is altijd een sterk gecentraliseerde staat geweest en de regering heeft getracht een halt toe te roepen aan de toenemende predominentie van de hoofdstad. De regering is bijvoorbeeld begonnen met mobiele kabinetten, waarbij de president en al zijn ministers het land in trekken en om de zoveel tijd van machtszetel veranderen, om “dichter bij de mensen te staan”.
De regering heeft te kampen met groeiende financiële moeilijkheden, die mogelijk gedeeltelijk te wijten zijn aan het feit dat 60% van de bevolking als “arm” wordt beschouwd en daarom niet in aanmerking komt voor belastingen. De SAT (superintendence of tributary administration), de belastingdienst, is daarom verplicht belasting te heffen op de middenklasse, die onder de last begint te lijden. De SAT is streng geworden in de toepassing van de wet en streeft naar volledige opsluiting voor belastingontduiking.
In september 2006 heeft de PNC (civiele nationale politie), in een gezamenlijke actie met het nationale leger, het Pavon detentiecentrum bestormd, een gevangenis met 1.500 gevangenen die tot dan toe 10 jaar niet was opgeëist en die een centrum van criminele activiteit was. Enkele gevangenen, de bewaker van het hoofd van de maffioso die de gevangenis leidde en de leider zelf, verzetten zich met AK-47’s en handvuurwapens tegen de aanval van de ordestrijdkrachten, zij werden afgeslacht. Ongeveer 3.000 infanteristen en 4 tanks namen deel aan de actie. Dit was een mijlpaal in de geschiedenis van Guatemala en haalde de nationale krantenkoppen.
2006 viel de GANA uit elkaar met het oog op de verkiezingen van 2007. Bij de tweede ronde van de presidentsverkiezingen in november 2007 werd Álvaro Colom van de UNE tot president gekozen en versloeg daarmee de voormalige generaal Otto Perez Molina van de PP. En in 2011 won de gepensioneerde generaal Otto Pérez Molina van de Patriottische Partij de presidentsverkiezingen in een run-off tegen de populist Manuel Baldizón van de LIDER-partij. Pérez Molina trad aan op 14 januari 2012, en zijn vicepresident is Roxana Baldetti.