Een deel van de huidige wijngaarden van het bedrijf is terug te voeren op de wijnmakerij Eschcol, een bijbels woord voor “weelderige druiventros”. De oorspronkelijke Eschol wijnmakerij werd in opdracht van James en George Goodman gebouwd in 1886 door een Schotse zeekapitein genaamd Hamden McIntyre. Het oorspronkelijke landgoed was 280 hectare groot, waarvan 40 hectare was beplant met wijngaarden. McIntyre ontwierp het als een zwaartekracht-systeem: een door paarden getrokken lier bracht de druiven naar de derde verdieping van het drie verdiepingen tellende gebouw om ze te persen; de zwaartekracht bracht het sap naar de tweede verdieping om te fermenteren; en uiteindelijk daalde de wijn af naar de eerste verdieping om te rijpen. De wijngaarden overleefden de Drooglegging in de Verenigde Staten door druiven te produceren voor de productie van sacramentele wijn. Rond 1940 raakten de wijngaarden en het wijnmakerijgebouw in onbruik. Het Eschol-gebouw liep grote structurele schade op door de aardbeving in South Napa in 2014. Het wijnmakerijgebouw werd hersteld van aardbevingsschade na meer dan twee jaar van reparaties en verbeteringen.
Na pensionering van een succesvolle carrière bij Kaiser Industries, kocht Eugene Trefethen samen met zijn vrouw Katie Eshcol in 1968 samen met zes aangrenzende eigendommen om Trefethen Vineyards te creëren. Op dat moment werd begonnen met de herbeplanting van de wijngaarden en de restauratie van het historische wijnmakerijgebouw. De restauratie-inspanningen van de Trefethens werden in 1988 erkend door het Ministerie van Binnenlandse Zaken, dat de wijnmakerij in het National Register of Historic Places plaatste als de enige 19e-eeuwse, houten, zwaartekracht-doorstromende wijnmakerij die in Napa County bewaard is gebleven. De wijnmakerij staat ook bekend om een uitgebreide tuin die door Katie is aangelegd. De tuin heeft in vele publicaties gestaan en is sinds de aanleg een bestemming geweest voor vele tuinliefhebbers.
Eugene Trefethen overleed in 1996 en Katie Trefethen in 2007.