Over de oorsprong van worteltaart wordt getwist. Er bestaat een Engels recept uit 1591 voor “pudding in een wortel” dat in wezen een gevulde wortel met vlees is, maar het bevat veel elementen die ook in het moderne dessert voorkomen: verkorting, room, eieren, rozijnen, zoetstof (dadels en suiker), specerijen (kruidnagel en foelie), geschaafde wortel, en paneermeel (in plaats van meel). Veel voedselhistorici geloven dat worteltaart is ontstaan uit dergelijke wortelpuddingen die door Europeanen in de Middeleeuwen werden gegeten, toen suiker en zoetstoffen duur waren en veel mensen wortelen gebruikten als vervanger voor suiker. De wortelpudding werd steeds vaker met een korst gebakken (zoals pompoentaart), gestoomd met een saus, of in een vorm gegoten (zoals pruimenpudding) met glazuur.
In deel twee van L’art du cuisinier (1814) nam Antoine Beauvilliers, voormalig chef-kok van Lodewijk XVI, een recept op voor een “Gâteau de Carottes”, dat zo populair was dat het letterlijk werd overgenomen in de kookboeken van de concurrentie. In 1824 had Beauvilliers in Londen een Engelse versie van zijn kookboek gepubliceerd, waarin een recept voor “Carrot Cakes” was opgenomen in een letterlijke vertaling van zijn eerdere recept.
Een ander 19e-eeuws recept is afkomstig van de huishoudschool van Kaiseraugst (kanton Aargau, Zwitserland). Volgens het Culinary Heritage of Switzerland is het een van de populairste taarten in Zwitserland, vooral voor de verjaardagen van kinderen.
De populariteit van worteltaart leefde in het Verenigd Koninkrijk weer op vanwege de rantsoenering tijdens de Tweede Wereldoorlog.