Met een unieke survey-benadering waarbij gebruik wordt gemaakt van de meest geavanceerde technische apparatuur, zijn Franck Goddio en zijn team er in samenwerking met de Egyptische Hoge Raad voor Oudheden in geslaagd delen van de stad Thonis-Heracleion, die 6,5 kilometer uit de huidige kustlijn ligt, te lokaliseren, in kaart te brengen en op te graven. De stad bevindt zich in een onderzoeksgebied van 11 bij 15 kilometer in het westelijke deel van de Aboukir-baai op een diepte van ongeveer 10 meter. Het onderzoek begon in 1996. Het heeft jaren geduurd om het hele gebied in kaart te brengen. De eerste ontdekkingen konden in 2000 worden gedaan. Franck Goddio heeft belangrijke informatie gevonden over de antieke bezienswaardigheden van Thonis-Heracleion, zoals de grote tempel van Amon en zijn zoon Khonsou (Herakles voor de Grieken), de havens die eens alle handel naar Egypte beheersten, en het dagelijkse leven van de bewoners. Hij heeft ook een historisch enigma opgelost dat Egyptologen in de loop der jaren voor een raadsel heeft gesteld: uit het archeologisch materiaal is gebleken dat Heracleion en Thonis in feite één en dezelfde stad waren met twee namen; Heracleion was de naam van de stad voor de Grieken en Thonis voor de Egyptenaren.
Hoe zag de stad eruit
De bij de opgravingen teruggevonden voorwerpen illustreren de schoonheid en de glorie van de steden, de grootsheid van hun grote tempels en de overvloed aan historische bewijzen: kolossale beelden, inscripties en architectonische elementen, juwelen en munten, rituele voorwerpen en keramiek – een beschaving bevroren in de tijd.
De kwantiteit en de kwaliteit van het archeologisch materiaal dat werd opgegraven op de site van Thonis-Heracleion tonen aan dat deze stad een tijd van weelde heeft gekend en een hoogtepunt in haar bewoning kende van de 6de tot de 4de eeuw v. Chr. Dit blijkt duidelijk uit de grote hoeveelheid munten en keramiek die uit deze periode dateert. De haven van Thonis-Heracleion had talrijke grote bekkens en fungeerde als knooppunt van de internationale handel. De intense bedrijvigheid in de haven bevorderde de welvaart van de stad. Meer dan zevenhonderd antieke ankers van verschillende vorm en meer dan 70 wrakken uit de 6e tot de 2e eeuw v. Chr. zijn eveneens een welsprekend getuigenis van de intensiteit van de maritieme activiteit hier.
De stad strekte zich uit rondom de tempel en een netwerk van kanalen in en om de stad moet haar een meerachtig aanzien hebben gegeven. Op de eilanden en eilandjes bevonden zich woningen en secundaire heiligdommen. Bij opgravingen hier is prachtig archeologisch materiaal gevonden, zoals bronzen beeldjes. Aan de noordzijde van de tempel voor Herakles stroomde een groot kanaal van oost naar west door de stad, dat de havenbekkens verbond met een meer in het westen.
Het onderwater-archeologisch onderzoek in Thonis-Heracleion is tot op heden aan de gang. Franck Goddio schat dat nog maar 5 procent van de stad is ontdekt.