Zwartewaterkoorts, ook wel malaria hemoglobinurie genoemd, is een van de minder vaak voorkomende maar gevaarlijkste complicaties van malaria. Het komt bijna uitsluitend voor bij infectie met de parasiet Plasmodium falciparum. Zwartewaterkoorts heeft een hoog sterftecijfer. Tot de symptomen behoren een snelle polsslag, hoge koorts en koude rillingen, extreme uitputting, een zich snel ontwikkelende bloedarmoede en de afscheiding van urine die zwart of donkerrood van kleur is (vandaar de naam van de ziekte). De kenmerkende kleur van de urine is te wijten aan de aanwezigheid van grote hoeveelheden hemoglobine, die vrijkomen tijdens de uitgebreide vernietiging van de rode bloedcellen van de patiënt door malariaparasieten. Patiënten ontwikkelen vaak bloedarmoede als gevolg van de lage aantallen rode bloedcellen. De aanwezigheid van bloedpigmenten in het bloedserum veroorzaakt gewoonlijk geelzucht vroeg in het verloop van de ziekte.
Zwartewaterkoorts komt het meest voor in Afrika en Zuidoost-Azië. Personen met een verhoogde vatbaarheid, zoals niet-immune immigranten of personen die chronisch worden blootgesteld aan malaria, zijn klassieke lijders aan de complicatie. Zwartwaterkoorts treedt zelden op totdat een persoon ten minste vier aanvallen van malaria heeft gehad en zes maanden in een endemisch gebied is geweest. De behandeling van zwartwaterkoorts omvat antimalaria-medicijnen, transfusies van volbloed en volledige bedrust, maar zelfs met deze maatregelen blijft het sterftecijfer ongeveer 25 tot 50 procent.