Os efeitos diretos e indiretos (mediados por fatores biológicos) da consanguinidade na mortalidade pré-produtiva (morte antes dos 20 anos de idade) foram investigados em um estudo de caso-controle conduzido no Condado de Lancaster, Pennsylvania, Old Order Amish. Um total de 211 casos de morte prereprodutiva entre 1969 e 1980 e 213 controles vivos foram comparados para diferenças nos coeficientes de consanguinidade, malformações congênitas, peso ao nascer, idade gestacional, complicações no nascimento, e outros fatores demográficos, obtidos através da ligação de casos e controles a registros vitais e ao registro genealógico Amish datado dos anos 1700. Os coeficientes de consanguinidade (F) para casos e controles foram calculados usando o método do traçado de ancestrais comuns nos pedigrees multigeneracionais. A consanguinidade próxima (F maior ou igual a 1/64) foi um fator de risco significativo para mortalidade pré-produtiva; odds ratio = 1,55. Usando o modelo log-linear, o efeito da consanguinidade próxima sobre a mortalidade foi encontrado mediado por três mecanismos casuais indiretos: Independentemente do estado de controle de casos, a consanguinidade consanguínea foi significativamente relacionada a malformações congênitas (registradas ao nascimento), retardo no crescimento intra-uterino (peso ao nascer inferior ao 10º percentil para a idade gestacional), e a ocorrência de outros óbitos na consanguinidade. Por sua vez, cada um desses fatores foi independentemente relacionado à mortalidade, independentemente da consanguinidade. Nenhum efeito direto significativo da consanguinidade consanguínea permaneceu após o ajuste para esses fatores. Não houve efeitos da consanguinidade sobre a pré-maturidade (menos de 37 semanas), ou complicações no nascimento. Este estudo sugere que a consanguinidade aumenta o risco de mortalidade pré-produtiva aumentando o risco de retardo do crescimento intra-uterino e malformações congênitas, mas não da pré-maturidade. O modelo log-linear fornece uma abordagem útil para a análise dos fatores de risco diretos e indiretos usando mecanismos biológicos.