I Mushroom XIII appaiono nella versione Final Mix del gioco una volta che il mondo in cui risiedono viene ripulito completamente (questo include tutte le visite, così come battere Xemnas in The World That Never Was). Invece di combatterli semplicemente, bisogna soddisfarli soddisfacendo certe condizioni. Se riesci a fare abbastanza bene, lasceranno cadere materiali della Tranquillità e alcune armi rare prima di scomparire; fai ancora meglio per soddisfarli, e lasceranno cadere ancora più materiali, oltre a sparare fuochi d’artificio, indicando il completamento del requisito finale nel Diario di Jiminy. Soddisfarli tutti è uno dei tre requisiti per la Corona d’Oro, insieme alle boss fight Data Organization XIII e Lingering Will.
No. 1
Il Fungo n°1 si trova al Grattacielo della Memoria nel Mondo che non c’era e rappresenta il n°1 dell’Organizzazione, Xemnas. Lo scopo di questa missione sembra semplice: Sora deve colpire il fungo con 70 colpi entro 30 secondi. Tuttavia, proprio come Xemnas, il fungo non può essere attaccato direttamente, in quanto risponderà solo all’attacco e sprecherà tempo. Per portare a termine la missione, non puoi lasciare che il fungo ti colpisca una volta. Se lo fa, esci e torna per ricominciare. Anche se eseguire il comando di reazione Reversal sembra la soluzione più ovvia, in realtà è insufficiente, perché il fungo eseguirà solo la propria Reversal, scatenando un ciclo se Sora non lo ferma. Invece, bisogna aspettare mezzo secondo dopo che il comando Reversal appare, perché sarà sostituito da Quick Slide; Quick Slide è efficace nel confondere il fungo, permettendo a Sora di sferrare alcuni colpi su di esso. Di nuovo, questo può sembrare abbastanza semplice, ma il tempismo è cruciale.
Passa alla Wisdom Form, poiché la sua normale combo di nove colpi sarà sufficiente per ogni volta che riuscirai a prendere il fungo alla sprovvista; attaccarlo più di così lo porterà a contrattaccare, perdendo tempo. Inizia il duello e inizierà con un Reversal. Invece di aspettare che il comando di reazione appaia, osserva i movimenti del fungo. Immediatamente dopo che ha finito la sua Inversione, premi 
per lo Scivolo Rapido. Colpiscilo con una combo di nove colpi e lui eseguirà l’Inversione ancora una volta. Ripeti lo schema finché non ottieni 70 colpi. Questo può richiedere una buona quantità di pratica, poiché si tratta solo di prendere il ritmo dei movimenti del fungo e regolare il tuo tempismo di conseguenza.
No. 2
Il fungo No. 2 si trova nella Piazza dell’Albero di Natale nella Città di Natale e rappresenta il No. 2 dell’Organizzazione e braccio destro di Xemnas, Xigbar. Lo scopo di questa missione è quello di evitare i proiettili del fungo bloccando o schivando fino a quando il punteggio raggiunge 80. Mentre è possibile eseguire questa sfida con mezzi standard, come con Guard o Aerial Dodge, ma questo compito è reso molto più facile con l’uso di Final Form, in quanto molte delle azioni di Final Form (compreso il salto) bloccano Sora dagli attacchi in arrivo. Comincia bloccando il fungo dopo aver iniziato il duello, e preparati per un attacco saltando e andando in un Glide stazionario (
+ 
senza muovere lo stick analogico). Sora fluttuerà sul posto, senza mai toccare il terreno finché si tiene premuto , e bloccando costantemente tutti gli attacchi in arrivo senza alcuno sforzo da parte vostra – cioè, finché siete di fronte agli attacchi. Il fungo tende a muoversi di più sul campo con il passare del tempo, quindi prenditi del tempo per riadattare la tua posizione prima di affrontare la prossima serie di proiettili.
Una strategia alternativa è quella di usare Guard/Reflega ed evocare Stitch. Se il fungo sferra un attacco a Sora, Stitch lo stordirà con le sue armi prima che possa sferrarne un secondo, permettendo a Sora di riguadagnare la sua posizione e tornare a fare la guardia o a spruzzare la magia Reflect. Entrambe le strategie renderanno la sconfitta di questo fungo molto più facile di quanto dovrebbe essere.
No. 3
Il fungo No. 3 può essere trovato al Ponte di fronte al Castello della Bestia e rappresenta Xaldin. Lo scopo di questa missione è di raccogliere tutte le sfere che il fungo lascia cadere mentre fluttua nell’area. Di solito si muoverà lentamente, lasciando cadere poche sfere alla volta, ma occasionalmente accelererà e lascerà cadere un grande gruppo di sfere. Assicurati di ottenere una parte decente di ognuno di questi grandi gruppi, poiché sono i più importanti da raccogliere per raggiungere il punteggio richiesto di 450.
Dotate Sora del Keyblade Follow the Wind, ricevuto da Port Royal, dell’abilità Draw (come molte che sono disponibili per lui), e dei Draw Rings (che possono essere trovati nel 100 Acre Wood alla Rabbit’s House e sono una ricompensa per il completamento del puzzle Duality sotto forma della ricetta Rare Document, che deve essere sintetizzata). Ora è possibile utilizzare Glide, Quick Run, o una combinazione dei due per seguire il fungo il più velocemente possibile; questo è completamente necessario in quanto le sfere scompaiono dopo un breve periodo di tempo. Entrare in Wisdom o Final Form può essere necessario per utilizzare Quick Run e Glide al massimo livello, al costo di non poter usare l’altra abilità. In questo caso, mentre Glide è più veloce, Quick Run è consigliato, in quanto Sora può raggiungere tutte le sfere che cadono a terra (con Glide, seguire il fungo più da vicino è necessario, in quanto Sora deve raggiungere le sfere prima che cadano a terra).
No. 4
Il fungo No. 4 si trova al Palace Gates nella Terra dei Draghi e rappresenta Vexen. L’obiettivo di questa missione è quello di sconfiggere 85 dei cloni del fungo (che possono essere distrutti con un solo colpo) senza essere colpito lui stesso. I funghi si riproducono continuamente e in lotti in tutta l’area, il che può far sembrare questa missione intimidatoria. Tuttavia, con la corretta strategia, No. 4 è in realtà uno dei funghi più facili da sconfiggere.
Come per molti altri funghi, la Forma di Saggezza è una chiave vitale per sconfiggere questo fungo senza problemi. Entra in Wisdom Form, poi inizia il duello. Muoviti intorno all’arena con un movimento circolare mentre spari senza sosta. Poiché Sora è in grado di sparare da lontano mentre scivola sul terreno con una velocità decente, non è necessario fermarsi per attaccare uno dei funghi (dando loro l’opportunità di rispondere all’attacco). Basta continuare a muoversi lungo i bordi dell’arena mentre si spara e mantenere la distanza fino a raggiungere 85.
No. 5
Il fungo No. 5 può essere trovato nella stanza del tesoro delle Cave Wonders ad Agrabah e rappresenta Lexaeus. L’obiettivo di questa missione è quello di prosciugare la salute del fungo, che verrà ripristinata continuamente, entro 10 secondi. La velocità degli attacchi che usi per sconfiggerlo deve battere la velocità con cui il fungo si cura da solo, oltre a battere il tempo. Di nuovo, questo può sembrare un compito difficile, ma in realtà c’è una strategia molto semplice per sconfiggerlo.
Inizia equipaggiando i tuoi Keyblade più forti, uno a Sora e uno al secondo slot Keyblade di Final Form. Poi, riempi gli slot degli oggetti di Sora con tutti i tipi di oggetti economici che non ti dispiace usare, come pozioni o etere (a questo punto del gioco, gli elisir dovrebbero rivelarsi molto più utili). Assicurati di impostarli su una scorciatoia per risparmiare tempo. Vai nella Forma Finale e inizia il duello. Resta vicino al fungo e usa l’oggetto che hai impostato negli slot degli oggetti e nella scorciatoia. Il danno inflitto mentre usi gli oggetti in Final Form è sorprendentemente enorme e dovrebbe eliminare l’obiettivo molto più velocemente di quanto farebbe una normale combo in Final Form.
No. 6
Il fungo No. 6 si trova nell’Atrio delle Caverne degli Inferi all’Olympus Coliseum e rappresenta Zexion. Come Zexion in Chain of Memories, questo fungo crea cloni più deboli di se stesso che appaiono intorno all’arena. Questi cloni appaiono in gruppi e devono essere sconfitti tutti entro 45 secondi. Come il n. 4 e il n. 5, sconfiggere questo fungo sembra solo un compito difficile. Usando la giusta strategia, questo è un altro fungo facile da soddisfare.
Utilizzare la magia è il modo più efficiente per distruggere tutti i cloni da qualsiasi posizione, ma anche gli incantesimi più forti di Sora non sono sufficienti per raggiungerli tutti in tempo. Il rimedio a questo è la Forma Finale, in quanto tutte le magie di Sora ricevono una notevole spinta in termini di portata e forza. Entra in Final Form, poi inizia il duello. Bloccati per individuare i funghi, ovunque essi siano, e usa Thundaga mentre ti avvicini a loro; con Thundaga, Sora non deve essere abbastanza vicino ai suoi nemici perché l’incantesimo li colpisca (come con Firaga) e non deve mirare (come con Blizzaga), il che lo rende la tua migliore opzione. Quando questi vengono distrutti, bloccati di nuovo per trovare il gruppo successivo e, di nuovo, usa Thundaga. Ripeti fino a quando tutti i funghi sono sconfitti, il che dovrebbe essere fatto entro il tempo limite senza problemi.
No. 7
Il fungo No. 7 si trova nei Tunnelways di Twilight Town, che si aprono solo durante la terza visita, e rappresenta Saïx. Come Saïx, il fungo è capace di impazzire, ferendo Sora ogni volta che entra in contatto con lui. L’obiettivo è quello di prosciugare tutti i suoi HP entro 10 secondi, essenzialmente sconfiggendolo e cancellando il requisito. I funghi non solo sono forti, ma fanno indietreggiare Sora, perdendo tempo. A causa di questo, mantenere una distanza da esso è fondamentale, rendendo l’uso dell’attacco di tiro di Wisdom Form o di Thundaga di Final Form strategie possibili. Tuttavia, la strategia più semplice potrebbe far colpire Sora dal nemico una o più volte. Indipendentemente da ciò, continuare a usare la strategia nonostante gli attacchi che possono far indietreggiare Sora è un modo relativamente facile di sconfiggere No. 7 velocemente.
Passa alla Forma Finale, poi inizia il duello. Non appena inizia, lancia Reflega. Continua a farlo, poiché il fungo continuerà ad attaccare. Quando la combo Reflega di Sora si conclude, egli sarà esposto agli attacchi del fungo, venendo inevitabilmente colpito dal fungo almeno una volta. Ignora gli attacchi e torna a spammare Reflega. Facendo così per il resto della battaglia, otterrai abbastanza danni da sconfiggere il fungo in tempo, eliminando il requisito nel Jiminy’s Journal e portandoti un passo più vicino alla corona.
No. 8
Il fungo No. 8 si trova di fronte alla Torre, accessibile in treno dalla Stazione Centrale di Twilight Town (disponibile solo dopo la terza visita), e rappresenta Axel. Per soddisfare questo fungo, bisogna destreggiarsi senza toccare il suolo, facendolo infine rimbalzare in aria per un minimo di 85 volte. Ci sono alcune strategie per ottenere questo risultato, come l’uso di Wisdom Form per continuare a spararlo in aria o le combo aeree con Horizontal Slash, ma poiché queste strategie hanno un margine di errore così piccolo, il modo più semplice prevede l’uso di Master Form e del Keyblade Fatal Crest. Fatal Crest si sblocca eliminando la Goddess of Fate Cup nel Underworld of Olympus Coliseum.
Equipaggia Fatal Crest come Keyblade di Sora, poiché dà a Sora la possibilità di concatenare combo illimitate e Berserk Charge, che aumenta la forza di Sora mentre i suoi MP si ricaricano. Per facilitare questo, usa Curaga (poiché consuma tutti gli MP) dopo essere andato in Master Form. Ora inizia il duello e aggancia il fungo mentre vola in aria, attaccandolo nello stesso momento per iniziare una combo aerea. Con l’uso di Fatal Crest, questa combo aerea non finirà finché l’obiettivo non sarà raggiunto, quindi assicurati di seguirla fino all’85 o cadrà e dovrai ricominciare da capo. Assicurati di uscire alla mappa del mondo dal punto di salvataggio nella Torre prima di perdere la Master Form per ripristinare il tuo Drive Gauge e passare al prossimo fungo.
No. 9
Il fungo n. 9 si trova alla Porta del Castello di Hollow Bastion, dove Demyx ha combattuto. Opportunamente, il n. 9 rappresenta Demyx. L’obiettivo di questa missione è quello di far girare il fungo con un totale di 75 colpi. Questo si ottiene colpendolo senza pausa, cosa che può essere fatta con un paio di strategie. Una di queste strategie è l’uso del Fatal Crest Keyblade e della sua abilità Berserk Charge. Come con No. 8, è possibile concatenare una forte combo senza fine usando Curaga per consumare tutti gli MP di Sora prima di iniziare il duello, per poi iniziare con un attacco di Cresta Fatale. Anche la Carica Orizzontale torna utile con l’uso di questa strategia.
Un’altra strategia prevede l’uso di Wisdom Form, ed è un po’ più semplice in quanto non richiede di cambiare alcun equipaggiamento o abilità di Sora. Basta entrare in Wisdom Form e iniziare il duello. Comincia lanciando Thundaga fino a quando l’MP di Sora è prosciugato, poi spara per farlo girare. Questo dovrebbe essere sufficiente per raggiungere 75 colpi.
No. 10
Il fungo No. 10 si trova nell’Angolo di Luna di Isla de Muerta a Port Royal e rappresenta Luxord. Come Luxord, si mescola tra i cloni e richiede che Sora lo individui in seguito. Questo è uno dei funghi più irritanti da soddisfare, poiché non ci sono scorciatoie per sconfiggerlo, ma solo consigli. Per sconfiggerlo, devi prosciugare la sua salute entro 55 secondi, anche se avrai l’opportunità di attaccarlo solo dopo che si sarà rimescolato.
Inizia entrando nella Forma Finale, in quanto permette a Sora di sferrare più colpi possibili nel tempo in cui può attaccare. I cloni del fungo appariranno per poi volare attraverso lo schermo, nel tentativo di confondere Sora e fargli perdere l’originale. Se hai problemi a seguire il fungo con gli occhi, come è del tutto possibile, resta vicino allo schermo e metti continuamente in pausa. Mettere in pausa ogni secondo vi permetterà di seguire i suoi movimenti fino all’inquadratura. Inoltre, che tu metta in pausa o meno, assicurati di mantenere la distanza quando i funghi iniziano a mescolarsi, poiché possono viaggiare in angoli fuori dalla tua visuale se Sora è abbastanza vicino. Fortunatamente, più volte selezioni correttamente (e consecutivamente) il fungo attaccandolo, più tempo avrai per attaccare. Con l’uso di Final Form, dovrebbero bastare solo tre indovinelli corretti per sconfiggerlo.
No. 11
Il Fungo No. 11 si trova al Waterway of Timeless River, accessibile attraverso la porta nella Hall of the Cornerstone al Castello Disney, e rappresenta Marluxia. Come Marluxia e il contatore di colpi che mette sopra Sora, questo fungo ha un contatore di colpi sopra la sua testa. Tuttavia, a differenza della battaglia con Marluxia, questo contatore deve essere portato a zero, e per rendere le cose più impegnative, nel breve lasso di tempo di diciannove secondi. Fortunatamente, questa sfida non è così difficile come sembra.
Tutte le abilità Finishing Plus e il Rumbling Rose Keyblade (che ha la sua abilità Finishing Plus). Entra in Wisdom Form e inizia il duello, assicurandoti di sparare al fungo per tutto il tempo. Questa strategia sfrutta la finisher di Wisdom Form, che infligge un gran numero di colpi con i suoi numerosi colpi. Ci sono altre strategie per sconfiggere questo fungo, ma questa è la più semplice, che infligge un numero più che sufficiente di colpi entro il tempo limite.
No. 12
Il fungo No. 12 si trova di fronte all’Old Mansion fuori da Twilight Town e rappresenta Larxene. Questo, come il n. 1 e il n. 10, è uno dei funghi più difficili da soddisfare a causa della mancanza di scorciatoie. L’obiettivo di questa missione è quello di sconfiggere tutti i cloni che il fungo genera nell’area, per un totale di 40 cloni, entro il tempo limite. Questo si rivela impegnativo a causa dei molti nascondigli in giro per il campo dietro le colonne. Assicurati di controllare entrambi i lati del campo, così come le porte anteriori del palazzo e il cancello dall’altra parte, per i funghi. Per colpire ogni fungo nel minor tempo possibile, Wisdom Form funziona meglio.
Passa alla Wisdom Form, poi inizia il duello. Usa 
per girare la telecamera verso qualsiasi fungo vicino e spara. Muoviti intorno al campo mentre lo fai, in modo da non mancare nessun fungo su entrambi i lati del campo. Alla fine, i funghi cominceranno a fluttuare più in alto nell’aria; questi possono essere sparati solo da lontano. Ignorateli per cercare altri funghi se questi vi causano troppi problemi, poiché tornare indietro per ognuno di questi può rivelarsi una perdita di tempo. Questa è una missione che può richiedere numerose prove per essere perfezionata, ma dato che questo è l’ultimo fungo da soddisfare prima del numero 13, la pratica dovrebbe valerne la pena.
N. 13
Il fungo n. 13 si trova nella Grande Fossa di Hollow Bastion, dove ha avuto luogo la battaglia dei 1000 Heartless, e rappresenta Roxas. Se vedete tutti e dodici i funghi che vi incitano nell’area, un comando di reazione Look Up apparirà una volta che vi sarete messi sotto i riflettori. Usalo per guardare No. 13 scendere. Usa un altro comando di reazione (lo stesso comando di reazione Ready, Go! che appare per tutti gli altri duelli con i funghi) e N. 13 ti ricompenserà con il Keyblade della Prova del Vincitore e la Prova della Pace, portandoti un passo più vicino alla Corona d’Oro se non l’hai già ricevuta.