De Mushroom XIII verschijnen in de Final Mix-versie van het spel als de wereld waarin ze zich bevinden volledig is opgeruimd (dit omvat alle bezoeken, maar ook het verslaan van Xemnas in The World That Never Was). In plaats van gewoon tegen ze te vechten, moet je ze tevreden stellen door aan bepaalde voorwaarden te voldoen. Als je het goed genoeg doet, laten ze Tranquility-materialen vallen en enkele zeldzame wapens voordat ze verdwijnen; doe je het nog beter, dan laten ze nog meer materialen vallen en schieten ze vuurwerk af, wat aangeeft dat je aan de laatste voorwaarde in Jiminy’s Journal hebt voldaan. Voldoen aan al deze eisen is een van de drie eisen voor de Gold Crown, naast de Data Organization XIII en Lingering Will boss fights.
No. 1
Mushroom No. 1 is te vinden in Memory’s Skyscraper in The World That Never Was, en vertegenwoordigt de eigen No. 1 van de Organisatie, Xemnas. Het doel van deze missie lijkt eenvoudig, Sora moet 70 treffers op de paddestoel landen binnen 30 seconden. Maar net als Xemnas kan je de paddestoel niet rechtstreeks aanvallen, want hij zal alleen maar terugslaan en tijd verliezen. Om de missie te voltooien, mag de paddenstoel je niet één keer raken. Als dat wel gebeurt, verlaat je het spel en keer je terug om opnieuw te beginnen. Hoewel het uitvoeren van het Reversal reactie commando de meest voor de hand liggende oplossing lijkt, is het eigenlijk onvoldoende, omdat de paddestoel alleen zijn eigen Reversal zal uitvoeren, waardoor een cyclus ontketend wordt als Sora hem niet stopt. In plaats daarvan moet je een halve seconde wachten nadat het Reversal commando opkomt, want dan wordt het vervangen door Quick Slide; Quick Slide is effectief in het verwarren van de paddenstoel, waardoor Sora een aantal klappen op hem kan uitdelen. Nogmaals, dit lijkt eenvoudig genoeg, maar timing is cruciaal.
Ga in de Wijsheid Vorm, zijn normale negen hits combo is voldoende voor elke keer dat je de paddestoel van zijn stuk brengt; als je hem meer aanvalt dan dit zal hij terug aanvallen en tijd verliezen. Start het duel en het zal beginnen met een Reversal. In plaats van te wachten tot het reactiecommando verschijnt, kijk je naar de bewegingen van de paddenstoel. Onmiddellijk nadat hij klaar is met zijn Reversal, druk op 
voor Quick Slide. Raak hem met een negen hits combo en hij zal Reversal nogmaals uitvoeren. Herhaal dit patroon tot je 70 keer raak hebt geschoten. Dit kan een flinke dosis oefening vergen, omdat het er eigenlijk op neerkomt dat je het ritme van de bewegingen van de paddestoel onder de knie krijgt en je timing daarop aanpast.
Nr. 2
Paddenstoel Nr. 2 is te vinden op het Christmas Tree Plaza in Christmas Town en vertegenwoordigt de Nr. 2 van de Organisatie en de rechterhand van Xemnas, Xigbar. Het doel van deze missie is om de projectielen van de paddenstoelen te ontwijken door ze te blokkeren of te ontwijken totdat de score 80 bereikt. Hoewel je deze uitdaging kunt uitvoeren met standaard middelen, zoals met Guard of Aerial Dodge, maar deze taak wordt veel gemakkelijker gemaakt met het gebruik van Final Form, aangezien veel van Final Form’s acties (inclusief springen) Sora blokkeren van inkomende aanvallen. Begin met het vastzetten op de paddestoel na het starten van het duel, en bereid je voor op een aanval door te springen en in een stationaire Glide te gaan (
+ 
zonder de analoge stick te bewegen). Sora zweeft op zijn plaats, raakt de grond niet zolang wordt vastgehouden, en blokkeert consequent alle inkomende aanvallen zonder enige inspanning van jouw kant – dat wil zeggen, zolang je de aanvallen onder ogen ziet. De paddestoel heeft de neiging om meer over het veld te bewegen naarmate de tijd vordert, dus neem de tijd om je positie aan te passen voordat je de volgende set projectielen aanvalt.
Een alternatieve strategie is om Guard/Reflega te gebruiken en Stitch op te roepen. Als de paddestoel een aanval op Sora uitvoert, zal Stitch hem verdoven met zijn wapens voordat hij een tweede aanval kan uitvoeren, waardoor Sora zijn positie weer kan innemen en terug kan keren naar bewaking of Spam Reflect magic. Beide strategieën maken het verslaan van deze paddenstoel veel makkelijker dan het zou moeten zijn.
No. 3
Paddenstoel No. 3 is te vinden op de Brug voor Beast’s Castle en vertegenwoordigt Xaldin. Het doel van deze missie is om alle orbs te verzamelen die de paddestoel laat vallen als hij door het gebied zweeft. Meestal beweegt de paddestoel langzaam en laat hij een paar orbs tegelijk vallen, maar af en toe zal hij versnellen en een grote groep orbs laten vallen. Zorg ervoor dat je een behoorlijk stuk van elk van deze grote groepen te pakken krijgt, omdat ze het meest belangrijk zijn om te verzamelen om de vereiste score van 450 te halen.
Equip Sora met de Follow the Wind Keyblade, ontvangen van Port Royal, de Draw ability (zoveel als er voor hem beschikbaar zijn), en Draw Rings (die te vinden zijn in het 100 Acre Wood bij Rabbit’s House en een beloning is voor het voltooien van de Duality puzzel in de vorm van het Rare Document recept, dat moet worden gesynthetiseerd). Je kunt nu ofwel Glide, Quick Run, of een combinatie van de twee gebruiken om zo snel mogelijk achter de paddestoel aan te gaan; dit is absoluut noodzakelijk aangezien de orbs na korte tijd verdwijnen. Het kan nodig zijn om in Wisdom of Final Form te gaan om het maximum level Quick Run en Glide te gebruiken, ten koste van het niet kunnen gebruiken van de andere vaardigheid. In dit geval is Glide sneller, maar wordt Quick Run aangeraden, omdat Sora dan alle bollen kan bereiken die op de grond vallen (met Glide moet je de paddenstoel beter volgen, omdat Sora de bollen moet bereiken voordat ze de grond raken).
No. 4
Paddestoel No. 4 is te vinden bij de Paleispoorten in Het Land der Draken en vertegenwoordigt Vexen. Het doel van deze missie is om 85 van de klonen van de paddenstoel (die in één klap vernietigd kunnen worden) te verslaan zonder zelf geraakt te worden. De paddestoelen zullen continu en in batches over het hele gebied verschijnen, waardoor deze missie intimiderend kan lijken. Met de juiste strategie is No. 4 echter een van de makkelijkere paddestoelen om te verslaan.
Zoals bij veel van de andere paddestoelen, is de Wijsheidsvorm een belangrijke sleutel om deze paddestoel zonder problemen te verslaan. Ga in de Wijsheidsvorm en begin dan het duel. Beweeg rond de arena in een cirkelvormige beweging terwijl je non-stop schiet. Omdat Sora vanop een afstand kan schieten terwijl hij met een behoorlijke snelheid over de grond glijdt, is het niet nodig te stoppen om de paddestoelen aan te vallen (en hen zo de kans te geven terug te vallen). Blijf gewoon langs de randen van de arena bewegen terwijl je schiet en houd je afstand tot je 85 bereikt.
No. 5
Mushroom No. 5 is te vinden in de Treasure Room of the Cave Wonders in Agrabah en vertegenwoordigt Lexaeus. Het doel van deze missie is om de paddestoel zijn gezondheid te ontnemen, die continu zal worden hersteld, binnen 10 seconden. De snelheid van de aanvallen die je gebruikt om hem te verslaan moet de snelheid waarmee de paddenstoel zichzelf geneest verslaan, evenals het verslaan van de klok. Nogmaals, dit lijkt een moeilijke taak, maar er is eigenlijk een heel gemakkelijke strategie om hem te verslaan.
Begin met het inzetten van je sterkste Keyblades, een voor Sora en een voor Final Forms tweede Keyblade slot. Vul vervolgens Sora’s item slots met allerlei goedkope items die je niet erg vindt om te gebruiken, zoals Potions of Ethers (op dit punt in het spel, zouden Elixirs veel nuttiger moeten blijken). Zorg ervoor dat je ze op een snelkoppeling zet om tijd te besparen. Ga in Final Form en start het duel. Blijf dicht bij de paddenstoel en gebruik het item dat je hebt ingesteld op je item slots en de snelkoppeling. De schade die je uitdeelt met de items in Final Form is verrassend groot, en zou het doel veel sneller moeten raken dan een normale combo in Final Form zou doen.
No. 6
Mushroom No. 6 is te vinden in het Atrium van de Underworld Caverns in Olympus Coliseum en vertegenwoordigt Zexion. Net als Zexion in Chain of Memories maakt deze paddenstoel zwakkere klonen van zichzelf die overal in de arena verschijnen. Deze klonen verschijnen in groepen en moeten allemaal binnen 45 seconden verslagen worden. Net als bij Nr. 4 en Nr. 5 lijkt het verslaan van deze paddenstoel slechts een moeilijke opgave. Met behulp van de juiste strategie is ook deze paddestoel gemakkelijk te verslaan.
Toverij gebruiken is de meest efficiënte manier om alle klonen vanuit elke positie te vernietigen, maar zelfs Sora’s sterkste spreuken zijn niet genoeg om ze allemaal op tijd te bereiken. De remedie hiervoor is Final Form, waarin alle magie van Sora een aanzienlijke boost krijgt in bereik en kracht. Ga in Final Form en begin dan het duel. Lock on om de paddestoelen te spotten, waar ze ook staan, en gebruik Thundaga als je naar ze toe gaat; met Thundaga hoeft Sora niet dicht genoeg bij zijn vijanden te zijn om de spreuk te raken (zoals met Firaga) en hij hoeft niet te mikken (zoals met Blizzaga), waardoor het je beste optie is. Als die vernietigd zijn, lock je opnieuw om de volgende groep te vinden, en gebruik je opnieuw Thundaga. Herhaal dit tot alle paddestoelen zijn verslagen, wat binnen de tijdslimiet zonder problemen moet lukken.
No. 7
Paddestoel No. 7 is te vinden in de Tunnelgangen van Twilight Town, die alleen open gaan tijdens het derde bezoek, en vertegenwoordigt Saïx. Net als Saïx is deze paddenstoel in staat om door het lint te gaan en Sora pijn te doen als hij ermee in aanraking komt. Het doel is om binnen 10 seconden alle HP van de paddenstoel kwijt te raken, zodat je hem verslaat en aan de vereisten voldoet. De paddestoelen zijn niet alleen sterk, maar slaan Sora ook terug, waardoor tijd verloren gaat. Daarom is afstand houden cruciaal, waardoor het gebruik van de schietaanval in de Wijsheidsvorm of de Thundaga in de Eindvorm haalbare strategieën zijn. De gemakkelijkste strategie kan er echter voor zorgen dat Sora een keer of wat door de vijand geraakt wordt. Hoe dan ook, het blijven gebruiken van de strategie ondanks eventuele aanvallen die Sora terug kunnen brengen is een relatief makkelijke manier om No. 7 snel te verslaan.
Ga in Final Form, en begin dan het duel. Zodra het begint, richt Reflega. Blijf dit doen, want de paddestoel zal blijven aanvallen. Als Sora’s Reflega combo klaar is, zal hij blootgesteld worden aan de aanvallen van de paddestoel, waarbij hij onvermijdelijk minstens één keer geraakt zal worden door de paddestoel. Negeer de aanvallen en ga terug naar het spammen van Reflega. Door dit de rest van het gevecht te doen, zal je net genoeg schade oplopen om de paddenstoel op tijd te verslaan, waardoor de eis in Jiminy’s Journal verdwijnt en je een stap dichter bij de kroon komt.
No. 8
Mushroom No. 8 is te vinden voor de Tower, bereikbaar met de trein vanaf het Centraal Station van Twilight Town (alleen beschikbaar na het derde bezoek), en vertegenwoordigt Axel. Om deze paddestoel te bevredigen, moet hij worden gejongleerd zonder de grond te raken, en uiteindelijk minimaal 85 keer de lucht in worden gestuiterd. Er zijn een paar strategieën om dit te bereiken, zoals het gebruik van Wisdom Form om hem steeds de lucht in te schieten of luchtcombo’s met Horizontal Slash, maar omdat die strategieën zo’n kleine foutmarge hebben, is de makkelijkste manier het gebruik van Master Form en de Fatal Crest Keyblade. Fatal Crest wordt vrijgespeeld door het clearen van de Goddess of Fate Cup in de Underworld of Olympus Coliseum.
Equip Fatal Crest als Sora’s Keyblade, want het geeft Sora de mogelijkheid om onbeperkte combo’s te chainen, evenals Berserk Charge, die Sora’s kracht verhoogt terwijl zijn MP herlaadt. Om dit te vergemakkelijken, gebruik je Curaga (omdat het alle MP verbruikt) nadat je in Meestervorm bent gegaan. Begin nu het duel en lock op de paddestoel als die de lucht in vliegt, en val hem op hetzelfde moment aan om een luchtcombo te beginnen. Met het gebruik van Fatal Crest zal deze luchtcombo niet eindigen totdat het doel is bereikt, dus zorg ervoor dat je hem volgt tot 85 of hij zal vallen en je zult opnieuw moeten beginnen. Zorg ervoor dat je de wereldkaart verlaat vanaf het save punt in de Toren voordat je de Master Form verliest om je Drive Gauge te herstellen en verder te gaan naar de volgende paddestoel.
No. 9
Paddestoel nr. 9 is te vinden bij de kasteelpoort van Hollow Bastion, waar Demyx werd bevochten. Het is toepasselijk dat paddenstoel nr. 9 Demyx vertegenwoordigt. Het doel van deze missie is om de paddestoel draaiende te houden met een totaal van 75 slagen. Dit wordt bereikt door hem zonder onderbreking te raken, iets wat kan worden gedaan met een paar strategieën. Eén zo’n strategie is het gebruik van de Fatal Crest Keyblade en zijn Berserk Charge ability. Net als bij No. 8 is het mogelijk om een sterke combo zonder einde te maken door Curaga te gebruiken om alle MP van Sora op te eten voor je het duel begint, en dan te beginnen met een aanval van Fatal Crest. De Horizontal Charge komt ook van pas bij het gebruik van deze strategie.
Een andere strategie betreft het gebruik van Wisdom Form, en is een beetje eenvoudiger omdat het niet vereist dat je Sora’s uitrusting of abilities verandert. Ga gewoon naar de Wijsheidsvorm en begin dan het duel. Begin met Thundaga te gebruiken tot Sora’s MP op is, en schiet dan om het draaiende te houden. Dit zou genoeg moeten zijn om 75 treffers te halen.
No. 10
Mushroom No. 10 is te vinden in de Moonlight Nook van Isla de Muerta in Port Royal en vertegenwoordigt Luxord. Net als Luxord schudt hij zichzelf in klonen en moet Sora hem daarna zien te vinden. Dit is een van de meer irritante paddestoelen om te bevredigen, want er zijn geen sluiproutes om hem te verslaan, alleen tips. Om hem te verslaan moet je zijn gezondheid binnen 55 seconden uitputten, al krijg je pas de kans om hem aan te vallen nadat hij zich heeft geschud.
Begin door in Final Form te gaan, omdat dit Sora in staat stelt om zoveel mogelijk klappen uit te delen in de tijd dat hij kan aanvallen. Er verschijnen klonen van de paddestoel die allemaal over het scherm vliegen, in een poging Sora te verwarren zodat hij het origineel verliest. Als je moeite hebt om de paddestoel met je ogen te volgen, wat heel goed mogelijk is, blijf dan dicht bij het scherm en pauzeer voortdurend. Als je elke seconde pauzeert, kun je de paddenstoel tot op de centimeter nauwkeurig volgen. Bovendien, of je nu pauzeert of niet, zorg ervoor dat je afstand houdt wanneer de paddenstoelen beginnen te schuiven, want ze kunnen in hoekjes komen die buiten je zicht vallen als Sora dichtbij genoeg is. Gelukkig is het zo dat hoe vaker je de paddenstoel correct (en opeenvolgend) aanvalt, hoe meer tijd je hebt om aan te vallen. Met het gebruik van Final Form, zou het slechts drie juiste gokjes moeten kosten om hem te verslaan.
No. 11
Mushroom No. 11 is te vinden in de Waterweg van de Tijdloze Rivier, te bereiken via de deur in de Hal van de Hoeksteen in Disney Castle, en vertegenwoordigt Marluxia. Net als Marluxia en de hit counter die hij over Sora plaatst, heeft deze paddenstoel een hit counter boven zijn hoofd. Maar in tegenstelling tot het gevecht met Marluxia, moet deze teller binnen de korte tijd van negentien seconden tot nul worden teruggebracht, en om het nog uitdagender te maken. Gelukkig is deze uitdaging lang niet zo moeilijk als hij lijkt.
Equip alle Finishing Plus vaardigheden en de Rumbling Rose Keyblade (die zijn eigen Finishing Plus vaardigheid eraan verbonden heeft). Ga in de Wijsheidsvorm en begin het duel, waarbij je ervoor zorgt dat je de hele tijd op de paddestoel schiet. Deze strategie maakt gebruik van de finisher van de Wisdom Form, die met zijn vele schoten een groot aantal klappen uitdeelt. Er zijn andere strategieën om deze paddenstoel te verslaan, maar dit is de eenvoudigste, die meer dan genoeg klappen uitdeelt binnen de tijdslimiet.
No. 12
Mushroom No. 12 is te vinden voor het Old Mansion buiten Twilight Town en vertegenwoordigt Larxene. Dit is, net als paddenstoel nr. 1 en nr. 10, een van de moeilijkere paddenstoelen om te bevredigen vanwege een gebrek aan sluiproutes. Het doel van deze missie is om alle klonen die de paddestoel voortbrengt in het gebied, voor een totaal van 40 klonen, binnen de tijdslimiet te verslaan. Dit blijkt een uitdaging te zijn vanwege de vele schuilplaatsen rond het veld achter kolommen. Zorg ervoor dat je beide kanten van het veld controleert, evenals de voordeuren van het landhuis en de poort aan de andere kant, voor paddestoelen. Om elke paddestoel in zo weinig mogelijk tijd te raken, werkt Wisdom Form het best.
Ga in Wijsheid Vorm, en start dan het duel. Gebruik 
om de camera te draaien naar een paddestoel in de buurt en schiet. Beweeg rond het veld terwijl je dit doet, om geen paddestoelen te missen aan beide kanten van het veld. Uiteindelijk zullen de paddestoelen hoger in de lucht beginnen te zweven; deze kunnen alleen van een afstand worden neergeschoten. Negeer ze en ga op zoek naar andere paddenstoelen als ze je te veel problemen geven, want als je voor elke paddenstoel teruggaat, kun je je tijd wel eens verspillen. Dit is een missie die veel beproevingen kan vergen om te perfectioneren, maar aangezien dit de laatste paddestoel is die je moet bevredigen voor nr. 13, zou de oefening de moeite waard moeten zijn.
No. 13
Mushroom No. 13 is te vinden in de Great Maw of Hollow Bastion, waar de slag van 1000 Heartless plaatsvond, en vertegenwoordigt Roxas. Als je alle twaalf paddenstoelen je ziet toejuichen in het gebied, zal een Look Up reactiecommando verschijnen zodra je in de schijnwerpers stapt. Gebruik het om No. 13 te zien neerdalen. Gebruik een ander reactiecommando (hetzelfde Ready, Go! reactiecommando dat verschijnt voor alle andere paddenstoelduels) en No. 13 zal je belonen met de Winner’s Proof Keyblade en het Proof of Peace, waarmee je een stap dichter bij de Gouden Kroon komt als je die nog niet hebt ontvangen.