Administrace direktoria
Státní finance byly v naprostém chaosu. Vláda mohla pokrýt své výdaje pouze z drancování a poplatků cizích zemí. Direktorium neustále válčilo se zahraničními koalicemi, k nimž v různých obdobích patřily Británie, Rakousko, Prusko, Neapolské království, Rusko a Osmanská říše. Anektovalo Belgii a levý břeh Rýna, zatímco Napoleon Bonaparte dobyl velkou část Itálie. Direktorium založilo šest krátkodobých sesterských republik po vzoru Francie v Itálii, Švýcarsku a Nizozemsku. Dobytá města a státy musely do Francie posílat obrovské množství peněz a také umělecké poklady, které byly použity k naplnění nového muzea Louvre v Paříži. Armáda vedená Bonapartem dobyla Egypt a pochodovala až k Saint-Jean-d’Acre v Sýrii. Direktorium porazilo obnovenou válku ve Vendée, roajalisty vedenou občanskou válku v regionu Vendée, ale neuspělo se svým podnikem na podporu irského povstání v roce 1798 a vytvoření Irské republiky. Války vyčerpávaly státní rozpočet, ale pokud by byl uzavřen mír, armády by se vrátily domů a direktoria by musela čelit podráždění řadových občanů, kteří přišli o živobytí, a ambicím generálů, kteří je mohli kdykoli smést ze stolu.
Direktorium odsoudilo svévolné popravy za vlády teroru, ale také se zapojilo do rozsáhlých nezákonných represí a dokonce masakrů civilistů (Válka ve Vendée). Úpadek hospodářství a vysoké ceny potravin poškodily zejména chudé. Ačkoli se Direktorium hlásilo k republikánství, nedůvěřovalo stávající, byť omezené demokracii. Když volby v letech 1798 a 1799 vyhrála opozice, využilo armádu k uvěznění a vyhnání opozičních vůdců a k uzavření opozičních novin. Na armádě také stále více záviselo v zahraničních i domácích záležitostech, včetně financí. Barras a Rewbell byli notoricky známí svou zkorumpovaností a prověřovali korupci u ostatních. Patronát direktoria byl špatně propůjčován a všeobecná špatná správa zvyšovala jejich nepopularitu.
Veřejné neshody
Po nastolení direktoria se současní pozorovatelé mohli domnívat, že revoluce skončila. Občané válkou unaveného národa si přáli stabilitu, mír a ukončení poměrů, které občas hraničily s chaosem. Pravičáci, kteří si přáli obnovit monarchii dosazením Ludvíka XVIII. na trůn, i levičáci, kteří by obnovili vládu teroru, se pokoušeli svrhnout direktorium, ale neuspěli. Dřívější zvěrstva znemožnila důvěru nebo dobrou vůli mezi stranami.
Nový režim se setkal s odporem jakobínů na levici a roajalistů (tajně dotovaných britskou vládou) na pravici. Armáda potlačila nepokoje a kontrarevoluční aktivity, ale povstání a zejména Napoleon získali obrovskou moc. Ve volbách v roce 1797 na třetinu křesel získali velkou většinu roajalisté, kteří byli připraveni v příštích volbách převzít kontrolu nad direktoriem. Direktorium reagovalo čistkou všech vítězů v převratu z 18. fructidoru, vypovězením 57 vůdců na jistou smrt v Guyaně a uzavřením 42 novin. Ze stejného důvodu odmítlo demokratické volby a ponechalo u moci své staré vůdce.
Pierre Augereau vyslaný Napoleonem z Itálie se svými vojáky vtrhl do Tuilerií a zajal generály Charlese Pichegrua a Willota. Státní převrat 18. fructidoru, rok V (4. září 1797). Rytina od Berthaulta podle Girardetovy kresby.
Dne 4. září 1797 se s nastoupenou armádou dal do pohybu státní převrat z roku 18 Fructidor, rok V.
. Vojáci generála Augereaua zatkli Pichegrua, Barthélemyho a přední roajalistické poslance rad. Následujícího dne direktorium zrušilo volby asi dvou set poslanců v 53 departementech. Do Guyany bylo deportováno 65 poslanců, 42 roajalistických novin bylo uzavřeno a 65 novinářů a redaktorů bylo deportováno.
Dne 9. listopadu 1799 (18. brumaire roku VIII) provedl Napoleon Bonaparte převrat 18. brumaire, kterým byl nastolen konzulát. To fakticky vedlo k Bonapartově diktatuře a v roce 1804 k jeho prohlášení císařem. Tím skončila specificky republikánská fáze Francouzské revoluce.
Historici hodnotí Direktorium spíše jako vládu vlastních zájmů než ctností, která ztratila jakýkoli nárok na idealismus. Nikdy nemělo silnou základnu lidové podpory. Když se konaly volby, většina jejích kandidátů byla poražena. Její úspěchy byly zanedbatelné a její postup odrážel další obrat k diktatuře a selhání liberální demokracie. Násilí, svévolné a pochybné formy soudnictví a tvrdá represe byly metody, které direktorium běžně používalo.