Salmonellainfektion diagnosoimiseksi on tutkittava näyte, kuten uloste tai veri. Testauksen avulla voidaan ohjata hoitopäätöksiä.
Laboratoriotestauksen vaiheet ja salmonellainfektiosta ilmoittaminen
- Tartunta diagnosoidaan, kun laboratoriotestillä havaitaan salmonellabakteereita ulosteessa, kehon kudoksissa tai nesteissä. Testi voi olla viljelmä, joka eristää bakteerit, tai viljelmästä riippumaton diagnostinen testi (CIDT), joka havaitsee bakteerien geneettisen materiaalin.
- CDC kannustaa laboratorioita viljelemään näytteet, joiden CIDT-tulos on positiivinen. Tätä prosessia kutsutaan ”refleksiviljelyksi.”
- Kliiniset diagnostiset laboratoriot ilmoittavat testitulokset lääkärille ja toimittavat salmonellan isolaatit osavaltioiden kansanterveyslaboratorioihin serotyypin määrittämistä ja DNA-sormenjälkien ottamista varten.
- Julkisen terveydenhuollon laboratoriot ilmoittavat tulokset CDC:n laboratoriopohjaiseen suolistotautien seurantaan ja PulseNetiin.
- Julkisen terveydenhuollon laboratoriot toimittavat epätavalliset serotyypit CDC:n kansalliseen salmonellan vertailulaboratorioon tarkempaa karakterisointia tai vahvistusta varten.
Salmonellan serotyypit
Salmonellat jaetaan serotyyppeihin niiden pinnalla olevien rakenteiden mukaan.
Joitakin serotyyppejä esiintyy vain tietynlaisissa eläimissä tai yhdessä paikassa. Toisia taas esiintyy monissa eri eläimissä ja kaikkialla maailmassa. Muutamat serotyypit voivat aiheuttaa erityisen vakavia sairauksia; useimmat aiheuttavat tyypillisesti lievempiä sairauksia.
Serotyypityksellä on ollut vuosikymmenien ajan tärkeä rooli salmonellan epidemiologisen ja molekyylisen karakterisoinnin ymmärtämisessä. Nykyään nykyaikaiset geneettiset alatyypitysmenetelmät tarjoavat tutkijoille lisätietoa, jota käytetään serotyyppien määrittämiseen ja tautipesäkkeiden tunnistamiseen, tutkimiseen ja jäljittämiseen.
PulseNet
Valtion kansanterveyslaboratoriot alatyypittävät rutiininomaisesti salmonellan isolaatteja serotyypittämällä ja koko perimän sekvensointiin (whole genome sequencing, WGS) perustuvalla alatyypityksen avulla. Laboratoriot toimittavat koko genomin sekvensoinnin tulokset dynaamiseen tietokantaan, jota ylläpitää PulseNet, CDC:n koordinoima kansanterveys- ja elintarvikevirastojen laboratorioiden kansallinen verkosto.
PulseNetiin kuuluu osavaltioiden terveysvirastoja, paikallisia terveysvirastoja, maatalouslaboratorioita ja liittovaltion virastoja (CDC:tä, Yhdysvaltain maatalousministeriön elintarviketurvallisuus- ja tarkastuspalvelua (Food Safety and Inspection Service) sekä Yhdysvaltain elintarvike- ja lääkevirastoa (Food and Drug Administration).