Na obou stranách války bojovalo mnoho indiánských kmenů: Delaware, Catawba, Cherokee, Chickasaw, Choctaw, Creek, Huron, Irokézská konfederace, Kickapoo, Lumbee, Odawa, Ojibwe (Chippewa), Osage, Pamunkey, Pequot, Powhatan, Potawatomi, Seminole a Shawnee. Stejně jako ostatní americké komunity měly některé kmeny příslušníky bojující na obou stranách války.
V průběhu listopadu 1861 svedli indiáni kmene Creek, Black Creek a White Creek pod vedením náčelníka kmene Creek Opothleyahola tři líté bitvy (bitva u Round Mountain) a bitvu u Chusto-Talasah a bitvu u Chustenahlah proti vojskům Konfederace a dalším indiánům, kteří se přidali ke Konfederaci, aby dosáhli linií Unie v Kansasu a nabídli své služby.
Některé bitvy občanské války se odehrály v indiánském teritoriu. První bitva u Cabin Creeku se odehrála 1.-2. července 1863 podél řeky Grand River v dnešním okrese Mayes v Oklahomě, které se zúčastnila 1. kansaská barevná pěchota. Konfederačním silám velel generál Stand Watie. Druhá bitva se odehrála poblíž stejného místa 19. září 1864. Tentokrát byly síly Unie pod vedením majora Henryho M. Hopkinse poraženy konfederačními silami pod vedením brigádních generálů Richarda Gana a Standa Watieho. Jednalo se o poslední velkou bitvu občanské války v indiánském teritoriu.
Delawarové prokázali svou „věrnost, odvahu a tvrdost“ při útoku na agenturu Wichita neboli masakru v Tonkawě v říjnu 1862. Při menší potyčce zaútočili indiáni Unie na indiány Konfederace a také zabili pět agentů Konfederace, ukořistili povstaleckou vlajku a 1200 dolarů v konfederační měně, 100 poníků a spálili korespondenci spolu s budovami agentury.
Vnitřní občanskou válku vedl národ Čerokíjů. Národ se rozdělil, přičemž jednu stranu vedl hlavní náčelník John Ross a druhou odpadlík Stand Watie. Náčelník John Ross chtěl po celou dobu války zůstat neutrální, ale vítězství Konfederace u Prvního Manassasu a Wilsonova potoka donutila Čerokíje přehodnotit svůj postoj.
Stand Watie se spolu s mnoha Čerokíji postavil na stranu konfederační armády, v níž byl jmenován plukovníkem a velel praporu Čerokíjů. Neochotně 7. října 1861 náčelník Ross podepsal smlouvu, kterou se všechny závazky vůči Čerokíjům převádějí z americké vlády na Konfederaci. Ve smlouvě byla Čerokíjům zaručena ochrana, příděly potravin, dobytka, nářadí a dalšího zboží a také delegát do Kongresu Konfederace v Richmondu. Výměnou za to měli Čerokíjové poskytnout deset rot jízdních mužů a umožnit výstavbu vojenských stanovišť a silnic na území národa Čerokíjů. Žádný indiánský pluk však neměl být povolán do boje mimo indiánské území. Na základě smlouvy byla zformována 2. čerokíjská jízdní pěchota pod vedením plukovníka Johna Drewa. Po bitvě u Pea Ridge v Arkansasu 7.-8. března 1862 Drewovy jízdní pušky přeběhly k jednotkám Unie v Kansasu, kde se připojily k indiánské domobraně. V létě 1862 zajala federální vojska náčelníka Rosse, který byl podmínečně propuštěn a zbytek války strávil ve Washingtonu a Filadelfii hlásáním loajality Čerokíjů armádě Unie.
V době jeho nepřítomnosti byl hlavním náčelníkem národa Čerokíjů zvolen plukovník Stand Watie. Ten okamžitě povolal všechny čerokíjské muže ve věku 18-50 let do vojenské služby Konfederace. Watie byl odvážný jezdec kavalerie, který byl zkušený v taktice „udeř a uteč“. Byl považován za génia partyzánské války a nejúspěšnějšího polního velitele na západě Trans-Mississippi. V květnu 1864 byl Watie povýšen na brigádního generála a dostal na starost Indiánskou jezdeckou brigádu, která se skládala z 1. a 2. čerokézské kavalerie a praporů Creeků, Osageů a Seminolů. Jeden z jeho nejvýznamnějších nájezdů se mu podařil, když 10. června 1864 přepadl v Pleasant Bluff na řece Arkansas poblíž dnešního města Tamaha v Oklahomě parník J. R. Williams, který směřoval do pevnosti Gibson, a zajal jej i se zásobami v hodnotě 120 000 dolarů. V druhé bitvě u Cabin Creeku (Indiánské teritorium) ukořistila Watieho jezdecká brigáda 129 zásobovacích vozů a 740 mul, vzala 120 zajatců a zanechala 200 obětí.
Čerokíjové, kteří nebyli odsunuti, se také ocitli uprostřed občanské války. Někteří se rozhodli postavit na stranu konfederační armády, protože se nacházeli v jižních státech. Thomasova legie, východní skupina konfederačních Čerokíjů, vedená plukovníkem Williamem Hollandem Thomasem, bojovala v horách Tennessee a Severní Karolíny. Dalších 200 Čerokíjů vytvořilo Junaluské zouaves. Téměř všichni dospělí muži z kmene Catawba sloužili na jihu v 5., 12. a 17. dobrovolnické pěchotě Jižní Karolíny v armádě Severní Virginie. Vyznamenali se v kampani na poloostrově, u Druhého Manassasu a Antietamu a v zákopech u Petersburgu. Památník v Columbii v Jižní Karolíně připomíná službu Catawbů v občanské válce. V důsledku vysokého počtu mrtvých a raněných v plucích byla ohrožena další existence národa Catawba.
Ve Virginii a Severní Karolíně se Pamunkeyové a Lumbeeové rozhodli sloužit Unii. Pamunkeyové sloužili jako civilní a námořní piloti válečných lodí a transportů Unie, zatímco Lumbeeové působili jako partyzáni. Příslušníci irokézské konfederace vstoupili do roty K 5. pensylvánské dobrovolnické pěchoty, zatímco Powhatanové sloužili jako pozemní průvodci, říční lodivodi a špioni pro Potomackou armádu.
V průběhu občanské války se nerozlišovalo, kdy se domorodý Američan přidal k barevným jednotkám USA. Dlouho do dvacátého století slovo „barevný“ zahrnovalo nejen Afroameričany, ale i původní Američany. Z jednotlivých svědectví vyplynulo, že mnoho Pequotů z Nové Anglie sloužilo v 31. americké barevné pěchotě Potomacké armády i v dalších plucích U.S.C.T.
Nejznámější indiánskou jednotkou v armádě Unie na východě byla rota K 1. michiganské ostrostřelecké roty. Většinu této jednotky tvořili Ottawové, Delawarové, Huronové, Oneidové, Potawamové a Odžibvejové. Byli přiděleni k Potomacké armádě právě v době, kdy se velení ujal generál Ulysses S. Grant. Rota K se zúčastnila bitvy u Wilderness a Spotsylvánie a zajala 600 konfederačních vojáků u Shand House východně od Petersburgu. Ve svém posledním vojenském střetnutí v bitvě u Kráteru u Petersburgu ve Virginii 30. července 1864 se ostrostřelci ocitli v obklíčení a měli málo munice. Poručík 13. pluku barevné pěchoty Spojených států jejich počínání citoval takto:
skvělá práce. Někteří z nich byli smrtelně zraněni, přetáhli si blůzy přes obličej, zazpívali píseň smrti a zemřeli – čtyři z nich ve skupině.
Generál Ely S. Parker, příslušník kmene Seneků, vytvořil články kapitulace, které generál Robert E. Lee podepsal v Appomattox Court House 9. dubna 1865. Generál Parker, který sloužil jako vojenský tajemník generála Ulyssese S. Granta a byl vystudovaným právníkem, byl kdysi odmítnut pro vojenskou službu v Unii kvůli své rase. U Appomattoxu prý Lee Parkerovi poznamenal: „Jsem rád, že tu vidím jednoho opravdového Američana.“ Na to Parker odpověděl: „Všichni jsme Američané.“
Národ Čerokíjů byl během občanské války postižen ze všech indiánských kmenů nejhůře, jeho populace se do roku 1865 snížila z 21 000 na 15 000 osob. Navzdory slibu federální vlády, že omilostní všechny Čerokíje zapojené do Konfederace, byl celý národ považován za neloajální a jeho práva byla zrušena. Na konci války byl generál Stand Watie posledním generálem Konfederace, který se vzdal, když složil zbraně dva měsíce po generálu Robertu E. Leemu a měsíc po generálu E. Kirby Smithovi, veliteli všech vojsk na západ od Mississippi.
Problémy na středozápadě a západěEdit
Západ byl během války převážně klidný díky nedostatku amerických okupačních jednotek. Federální vláda stále přebírala kontrolu nad domorodým územím a docházelo k neustálým bojům. Od ledna do května 1863 probíhaly na území Nového Mexika téměř nepřetržité boje, které byly součástí koordinovaného úsilí federální vlády o zadržení a kontrolu Apačů; uprostřed toho všeho se prezident Abraham Lincoln setkal se zástupci několika hlavních kmenů a sdělil jim, že se obává, že nikdy nedosáhnou prosperity bílé rasy, pokud se nepřeorientují na zemědělství jako způsob života. Boje vedly k masakru u Sand Creeku, který způsobil plukovník J. M. Chivington z coloradské teritoriální milice, jehož osadníci požádali, aby se domorodcům pomstil. Chivington s 900 dobrovolnými milicionáři zaútočil na mírumilovnou vesnici, v níž žilo asi 500 nebo více domorodých Arabů a Šajenů, a zabil ženy a děti i bojovníky. Masakr přežilo jen málo lidí.
V červenci 1862 bojovali osadníci proti Santee Siouxům v Minnesotě. Protože válka pohltila mnoho vládních prostředků, nebyly v létě 1862 včas vyplaceny renty dlužné Santee Siouxům v Minnesotě. Navíc Long Trader Sibley odmítl Santee Siouxům přístup k potravinám, dokud nebudou finanční prostředky dodány. Ve frustraci Santee Siouxové pod vedením Malé vrány (Ta-oya-te-duta) zaútočili na osadníky, aby získali zásoby. Siouxové zabili 450-800 civilistů. Poté, co Siouxové prohráli, byli souzeni (bez obhájců) a mnozí z nich byli odsouzeni k smrti.
Když se o incidentu dozvěděl prezident Lincoln, okamžitě si vyžádal úplné informace o odsouzených. Pověřil dva právníky, aby případy prozkoumali a rozlišili mezi těmi, kteří se provinili vraždou, a těmi, kteří se pouze zapojili do boje. Generál Pope i obchodník Long Trader Sibley, jehož odmítnutí umožnit Siouxům přístup k potravinám bylo do značné míry příčinou války, byli Lincolnovým neschopností okamžitě schválit popravy rozzlobeni. Pohrozili, že místní osadníci proti Siouxům zakročí, pokud prezident popravy nepovolí, a rychle se je snažili prosadit. Kromě toho zatkli zbytek Santee Siouxů, 1 700 osob, z nichž většinu tvořily ženy a děti, ačkoli nebyli obviněni z žádného trestného činu.
6. prosince 1861 Lincoln na základě informací, které mu byly poskytnuty, povolil popravu 39 Siouxů a nařídil, aby ostatní byli zadrženi až do dalších rozkazů, „přičemž je třeba dbát na to, aby neutekli a nebyli vystaveni žádnému nezákonnému násilí“. Dne 26. prosince bylo 39 mužů zajato. Na poslední chvíli dostal jeden z nich milost. Teprve po letech se na veřejnost dostala informace, že byli popraveni dva muži, jejichž potrestání prezident Lincoln neschválil. Jeden z těchto dvou mužů totiž během bojů zachránil život bílé ženě. Little Crow byl pak zavražděn v červenci 1863, tedy v roce, kdy byli Santeové převezeni do rezervace v dakotském teritoriu.