A háborúban számos indián törzs harcolt bármelyik oldalon, többek között a következők: Delaware, Catawba, Cherokee, Chickasaw, Choctaw, Creek, Huron, Irokéz Szövetség, Kickapoo, Lumbee, Odawa, Ojibwe (Chippewa), Osage, Pamunkey, Pequot, Powhatan, Potawatomi, Seminole és Shawnee. Más amerikai közösségekhez hasonlóan egyes törzsek tagjai a háború mindkét oldalán harcoltak.
1861 novemberében a törzsükhöz tartozó Creek, Black Creek indiánok és White Creek indiánok Opothleyahola Creek törzsfőnök vezetésével három nyílt csatát (Round Mountain-i csata), valamint a Chusto-Talasah-i és a Chustenahlah-i csatát vívták a konföderációs csapatok és más indiánok ellen, akik csatlakoztak a konföderációsokhoz, hogy elérjék az Unió kansasi vonalait, és felajánlják szolgálataikat.
A polgárháború néhány csatája az indián területen zajlott. Az első Cabin Creek-i csata 1863. július 1-2. között zajlott a Grand folyó mentén, a mai Mayes megyében, Oklahoma államban, amelyben az 1. kansasi színesbőrű gyalogság vett részt. A konföderációs erőket Stand Watie tábornok vezette. A második csatát ugyanezen a helyen vívták 1864. szeptember 19-én. Ezúttal a Henry M. Hopkins őrnagy vezette uniós erők vereséget szenvedtek a Richard Gano és Stand Watie dandártábornokok vezette konföderációs erőkkel szemben. Ez volt a polgárháború utolsó nagyobb csatája az indián területen.
A delaware-ek “hűségüket, bátorságukat és szívósságukat” bizonyították a Wichita Agency, vagyis a Tonkawa mészárlás elleni támadás során 1862 októberében. Egy kisebb csetepaté során az uniós őslakosok megtámadták a konföderációs őslakosokat, és öt konföderációs ügynököt is megöltek, elvették a lázadó zászlót és 1200 dollár konföderációs valutát, 100 pónit, és felgyújtották a levelezést az ügynökség épületeivel együtt.
A Cherokee Nemzetnél belső polgárháború dúlt. A nemzet megosztott, az egyik oldalt John Ross főfőnök, a másikat a renegát Stand Watie vezette. John Ross főnök a háború alatt semleges akart maradni, de a konföderációs győzelmek az Első Manassasnál és Wilson’s Creekben arra kényszerítették a cserokiakat, hogy átértékeljék álláspontjukat.
Stand Watie sok cseroki mellett a konföderációs hadsereg oldalára állt, amelyben ezredes lett, és egy cseroki zászlóaljat irányított. Vonakodva, 1861. október 7-én Ross törzsfőnök aláírta a szerződést, amely minden, a cserokiakat megillető kötelezettséget átruházott az amerikai kormánytól a Konföderációs Államokra. A szerződésben a cserokiaknak védelmet, élelmiszer-, állat-, szerszám- és egyéb fejadagokat, valamint egy küldöttet biztosítottak a richmondi konföderációs kongresszusba. Cserébe a cserokiak tíz lovas századot bocsátottak rendelkezésre, és engedélyezték katonai állások és utak építését a cseroki nemzet területén. Egyetlen indián ezredet sem hívhattak be azonban az indiánterületen kívülre harcolni. A szerződés eredményeként megalakult a 2. Cherokee Lovas Lövészezred, amelyet John Drew ezredes vezetett. Az 1862. március 7-8-i, arkansasi Pea Ridge-i csatát követően Drew lovas lövészcsapata átállt az uniós erőkhöz Kansasban, ahol csatlakozott az indián honvédséghez. 1862 nyarán a szövetségi csapatok elfogták Ross törzsfőnököt, akit feltételesen szabadlábra helyeztek, és a háború hátralévő részét Washingtonban és Philadelphiában töltötte, ahol a cseroki hűséget hirdette az uniós hadseregnek.
Távollétében Stand Watie ezredest választották a cseroki nemzet főnökévé. Azonnal besorozott minden 18-50 év közötti cseroki férfit konföderációs katonai szolgálatra. Watie vakmerő lovas volt, aki értett a gázolásos taktikákhoz. A gerilla-hadviselés zsenijének tartották, és a Trans-Mississippi nyugati részének legsikeresebb tábori parancsnoka volt. Az 1864 májusában dandártábornokká előléptetett Watie-t az indián lovasdandár élére helyezték, amely az 1. és 2. cseroki lovasságból, valamint a Creek, Osage és Seminole zászlóaljakból állt. Egyik nevezetesebb portyáját a Gibson erődbe tartó J. R. Williams gőzhajó rajtaütésével érte el. 1864. június 10-én Pleasant Bluffnál az Arkansas folyónál, az oklahomai Tamaha mai városának közelében rajtaütött a gőzhajón, és elfoglalta a gőzhajót és annak 120 000 dollár értékű készleteit. A második Cabin Creek-i csatában (Indián Terület) Watie lovasdandárja 129 utánpótlásszekeret és 740 öszvért zsákmányolt, 120 foglyot ejtett, és 200 sebesültet hagyott maga után.
A nem kitelepített cserokiak is a polgárháború kellős közepébe kerültek. Néhányan úgy döntöttek, hogy a konföderációs hadsereg oldalára állnak, mivel a déli államokban helyezkedtek el. A Thomas Légió, a konföderációs cserokiak keleti bandája, amelyet William Holland Thomas ezredes vezetett, Tennessee és Észak-Karolina hegyeiben harcolt. További 200 cseroki megalakította a Junaluska Zouaves nevű szervezetet. Szinte az összes catawba felnőtt férfi a Délvidéket szolgálta az Észak-Virginiai Hadsereg 5., 12. és 17. dél-karolinai önkéntes gyalogezredében. Kitüntették magukat a félszigeti hadjáratban, a második Manassasnál és Antietamnál, valamint a pétervári lövészárkokban. A dél-karolinai Columbiában emlékmű tiszteleg a Catawbasok polgárháborús szolgálata előtt. Az ezredek nagyszámú halottja és sebesültje miatt a catawba nép fennmaradása veszélybe került.
Virginiában és Észak-Karolinában a pamunkey és a lumbee az Unió szolgálatát választotta. A Pamunkey-k civil és haditengerészeti pilótaként szolgáltak az Unió hadihajóin és szállítóhajóin, míg a Lumbee-k gerillaként tevékenykedtek. Az irokéz szövetség tagjai csatlakoztak az 5. pennsylvaniai önkéntes gyalogság K századához, míg a powhatanok szárazföldi vezetőként, folyami révkalauzként és kémként szolgáltak a Potomac hadseregnél.
A polgárháború alatt nem tettek különbséget, amikor egy indián csatlakozott az amerikai színesbőrű csapatokhoz. Jóval a huszadik században a “színesbőrű” szó nemcsak az afroamerikaiakat, hanem az amerikai őslakosokat is magában foglalta. Egyéni beszámolókból kiderült, hogy sok új-angliai pequot szolgált a 31. U.S. Colored Infantry of the Army of the Potomac, valamint más U.S.C.T. ezredekben.
A leghíresebb indián egység az Unió keleti hadseregében az 1. Michigan Sharpshooters K század volt. Ennek az egységnek a zöme ottawai, delaware, huron, oneida, potawami és ojibwe volt. A Potomac hadsereghez osztották be őket, éppen akkor, amikor Ulysses S. Grant tábornok átvette a parancsnokságot. A K. század részt vett a wildernessi és a spotsylvani csatában, és 600 konföderációs katonát foglyul ejtett a Petersburgtól keletre fekvő Shand House-nál. Az 1864. július 30-án a virginiai Petersburgban, a Kráter-csatában vívott utolsó katonai összecsapásukban a mesterlövészek kevés lőszerrel körülvéve találták magukat. Az Egyesült Államok 13. színesbőrű gyalogezredének egyik hadnagya így idézte tetteiket:
pompás munka. Néhányan közülük halálosan megsebesültek, és blúzukat az arcukra húzva haláldalt énekeltek és meghaltak – négyen közülük egy csoportban.”
Ely S. Parker tábornok, a szeneca törzs tagja alkotta meg a kapitulációs cikkelyt, amelyet Robert E. Lee tábornok 1865. április 9-én Appomattox Court House-ban aláírt. Parker tábornokot, aki Ulysses S. Grant tábornok katonai titkáraként szolgált, és képzett ügyvéd volt, egykor faji hovatartozása miatt elutasították az uniós katonai szolgálatra. Appomattoxban Lee állítólag megjegyezte Parkerhez: “Örülök, hogy egy igazi amerikait látok itt”, mire Parker azt válaszolta: “Mi mindannyian amerikaiak vagyunk.”
A Cherokee nemzetet érintette a legrosszabbul az összes indián törzs közül a polgárháború, lakossága 21 000-ről 15 000-re csökkent 1865-re. Annak ellenére, hogy a szövetségi kormány megígérte, hogy megkegyelmez minden, a Konföderációval kapcsolatban álló cherokee-nak, az egész nemzetet hűtlennek tekintették, és visszavonták a jogaikat. A háború végén Stand Watie tábornok volt az utolsó konföderációs tábornok, aki megadta magát, két hónappal Robert E. Lee tábornok után, és egy hónappal E. Kirby Smith tábornok, a Mississippitől nyugatra lévő összes csapat parancsnoka után letette a fegyvert.
Problémák a középnyugaton és nyugatonSzerkesztés
A háború alatt nyugaton többnyire békés volt a helyzet az amerikai megszálló csapatok hiánya miatt. A szövetségi kormány még mindig átvette az ellenőrzést az őslakosok földjei felett, és folyamatos harcok folytak. 1863 januárjától májusáig szinte folyamatos harcok folytak Új-Mexikó területén, a szövetségi kormánynak az apacsok megfékezésére és ellenőrzésére irányuló összehangolt erőfeszítésének részeként; mindezek közepette Abraham Lincoln elnök találkozott több nagyobb törzs képviselőivel, és közölte velük, hogy aggódik amiatt, hogy soha nem érik el a fehér faj jólétét, hacsak nem térnek át a földművelésre mint életmódra. A harcok a Sand Creek-i mészárláshoz vezettek, amelyet J. M. Chivington ezredes, a coloradói területi milícia tagja okozott, akit a telepesek kértek fel, hogy álljon bosszút az őslakosokon. Chivington 900 önkéntes milicistával megtámadta a mintegy 500 vagy annál is több arapaho és cheyenne őslakosból álló békés falut, és a harcosok mellett nőket és gyermekeket is megölt. A mészárlást csak kevesen élték túl.
1862 júliusában Minnesotában telepesek harcoltak a santee sziúk ellen. Mivel a háború sok kormányzati forrást emésztett fel, a minnesotai santee sziúknak járó járadékokat 1862 nyarán nem fizették ki időben. Ráadásul Long Trader Sibley megtagadta a santee sziúktól az élelmiszerekhez való hozzáférést, amíg a pénzösszegeket meg nem kapták. Csalódottságukban a Santee sziúk Little Crow (Ta-oya-te-duta) vezetésével telepeseket támadtak meg az ellátmány megszerzése érdekében. A sziúk 450-800 civilt öltek meg. Miután a sziúk vesztettek, bíróság elé állították őket (védőügyvédek nélkül), és sokukat halálra ítélték.
Amikor Lincoln elnök tudomást szerzett az esetről, azonnal teljes körű tájékoztatást kért az elítéltekről. Két ügyvédet bízott meg azzal, hogy vizsgálják meg az ügyeket, és tegyenek különbséget a gyilkosságban bűnösök és azok között, akik egyszerűen csak harcba keveredtek. Pope tábornokot, valamint Sibley hosszúkereskedőt, akinek a sziúk élelemhez való hozzáférésének megtagadása nagyban hozzájárult a háború kirobbanásához, feldühítette, hogy Lincoln nem engedélyezte azonnal a kivégzéseket. Azzal fenyegetőztek, hogy a helyi telepesek fellépnek a sziúk ellen, ha az elnök nem engedélyezi a kivégzéseket, és gyorsan megpróbálták azokat keresztülvinni. Emellett letartóztatták a szantée sziúk maradékát, 1700 embert, akik közül a legtöbb nő és gyermek volt, bár őket nem vádolták semmiféle bűncselekménnyel. 1861. december 6-án Lincoln a neki adott információk alapján engedélyezte 39 sziú kivégzését, és elrendelte, hogy a többieket további utasításig tartsák fogva, “ügyelve arra, hogy ne szökjenek meg, és ne legyenek kitéve semmilyen törvénytelen erőszaknak”. December 26-án 39 embert vittek el. Az utolsó pillanatban egy ember kegyelmet kapott. Csak évekkel később került nyilvánosságra az az információ, hogy két olyan férfit is kivégeztek, akiket Lincoln elnök nem engedélyezett büntetésre. A két férfi közül az egyik ugyanis megmentette egy fehér nő életét a harcok során. Little Crow-t ezután 1863 júliusában gyilkolták meg, abban az évben, amikor a santeeseket a Dakota Területre, egy rezervátumba szállították.