Muitas tribos indígenas americanas lutaram por ambos os lados na guerra, incluindo: Delaware, Catawba, Cherokee, Chickasaw, Choctaw, Creek, Huron, Iroquois Confederacy, Kickapoo, Lumbee, Odawa, Ojibwe (Chippewa), Osage, Pamunkey, Pequot, Powhatan, Potawatomi, Seminole e Shawnee. Como outras comunidades americanas, algumas tribos tinham membros lutando em ambos os lados da guerra.
Durante novembro de 1861, os índios Creek, Black Creek e White Creek da sua tribo foram liderados pelo chefe do Creek Opothleyahola, lutaram três batalhas (Batalha de Round Mountain), e a Batalha de Chusto-Talasah e a Batalha de Chustenahlah contra as tropas Confederadas e outros índios americanos nativos que se juntaram aos Confederados para alcançar as linhas da União no Kansas, e oferecer seus serviços.
algumas batalhas da Guerra Civil ocorreram em Território Indiano. A Primeira Batalha de Cabin Creek ocorreu em 1-2 de julho de 1863, ao longo do Grand River, no moderno Condado de Mayes, Oklahoma, que envolveu a 1ª Infantaria de Cor do Kansas. A força confederada foi liderada pelo General Stand Watie. Uma segunda batalha foi travada perto do mesmo local, em 19 de setembro de 1864. Desta vez, as forças da União sob o Major Henry M. Hopkins foram derrotadas por uma força Confederada sob o Brigadeiro-General Richard Gano e Stand Watie. Esta foi a última grande batalha da Guerra Civil em Território Indiano.
O Delaware demonstrou sua “lealdade, ousadia e dureza” durante o ataque da Agência Wichita, ou o Massacre de Tonkawa em outubro de 1862. Uma pequena escaramuça, Union Native Americans atacou os nativos americanos confederados, e também matou cinco agentes confederados, levou a bandeira rebelde e $1200 em moeda confederada, 100 póneis, e queimou correspondência junto com os edifícios da Agência.
A Nação Cherokee teve uma guerra civil interna. A Nação dividiu-se, com um lado liderado pelo Chefe Principal John Ross e o outro pelo renegado Stand Watie. O Chefe John Ross quis permanecer neutro durante a guerra, mas as vitórias dos Confederados em First Manassas e Wilson’s Creek forçaram os Cherokee a reavaliar a sua posição.
Stand Watie, juntamente com muitos Cherokee, ao lado do Exército Confederado, no qual foi nomeado Coronel e comandou um batalhão de Cherokee. Relutantemente, em 7 de outubro de 1861, o Chefe Ross assinou um tratado transferindo todas as obrigações devidas aos Cherokee do Governo dos Estados Unidos para os Estados Confederados. No tratado, era garantida aos Cherokee proteção, rações de alimentos, gado, ferramentas e outros bens, bem como um delegado ao Congresso Confederado em Richmond. Em troca, os Cherokee forneceriam dez empresas de homens montados e permitiriam a construção de postos militares e estradas dentro da Nação Cherokee. No entanto, nenhum regimento indiano seria chamado para lutar fora do território indiano. Como resultado do Tratado, foi formado o 2º Regimento de Espingardas Montadas Cherokee, liderado pelo coronel John Drew. Após a Batalha de Pea Ridge, Arkansas, 7-8 de março de 1862, os Espingardas Montados de Drew desertaram para as forças da União no Kansas, onde se juntaram à Guarda Doméstica Indígena. No verão de 1862, as tropas federais capturaram o chefe Ross, que saiu em liberdade condicional e passou o restante da guerra em Washington e Filadélfia, proclamando a lealdade dos Cherokee ao exército da União.
Na sua ausência, o coronel Watie foi escolhido chefe principal da Nação Cherokee. Ele imediatamente recrutou todos os machos Cherokee de 18-50 anos para o serviço militar da Confederação. Watie era um ousado cavaleiro de cavalaria que era hábil em táticas de atropelamento e fuga. Ele era considerado um gênio na guerra de guerrilha e o comandante de campo mais bem sucedido do Oeste Trans-Mississippi. Promovido a general brigadeiro em Maio de 1864, Watie foi colocado no comando da Brigada de Cavalaria Indiana, que era composta pela 1ª e 2ª Cavalaria Cherokee e batalhões de Creek, Osage e Seminole. Ele conseguiu um de seus ataques mais notáveis na emboscada do barco a vapor J.R. Williams, que tinha como destino o Forte Gibson. em Pleasant Bluff, no Rio Arkansas, perto da atual cidade de Tamaha, Oklahoma, em 10 de junho de 1864, capturando o barco a vapor e seus suprimentos, avaliados em 120.000 dólares. Na Segunda Batalha de Cabin Creek (Território Indígena), a brigada de cavalaria de Watie capturou 129 vagões de abastecimento e 740 mulas, fez 120 prisioneiros e deixou 200 feridos.
Os Cherokee que não tinham sido removidos também foram capturados no meio da Guerra Civil. Alguns escolheram ficar ao lado do Exército Confederado, uma vez que estavam localizados nos estados do sul. A Legião Thomas, uma Banda Oriental de Cherokee Confederados, liderada pelo Coronel William Holland Thomas, lutou nas montanhas do Tennessee e da Carolina do Norte. Outros 200 Cherokee formaram os Junaluska Zouaves. Quase todos os machos adultos Catawba serviram o Sul na 5ª, 12ª e 17ª Infantaria Voluntária da Carolina do Sul, Exército da Virgínia do Norte. Eles se distinguiram na Campanha da Península, na Segunda Manassas e Antietam, e nas trincheiras de Petersburg. Um monumento em Columbia, na Carolina do Sul, honra o serviço das Catawbas na Guerra Civil. Como consequência da alta taxa de mortos e feridos dos regimentos, a existência do povo Catawba foi comprometida.
Na Virgínia e Carolina do Norte, os Pamunkey e Lumbee escolheram servir a União. Os Pamunkey serviram como pilotos civis e navais para os navios de guerra e transportes da União, enquanto os Lumbee atuaram como guerrilheiros. Membros da Confederação Iroquesa juntaram-se à Companhia K, 5ª Infantaria Voluntária da Pensilvânia, enquanto o Powhatan serviu como guias terrestres, pilotos fluviais e espiões para o Exército do Potomac.
Durante a Guerra Civil, não houve distinção quando um nativo americano se juntou às Tropas de Cor dos Estados Unidos. Bem no século XX, a palavra “colorido” incluía não só os afro-americanos, mas também os nativos americanos. Relatos individuais revelaram que muitos Pequot da Nova Inglaterra serviram na 31ª Infantaria de Cor dos EUA do Exército do Potomac, assim como outros regimentos da U.S.C.T..
A unidade indígena americana mais famosa do exército da União no leste foi a Companhia K dos 1° atiradores Sharpshooters de Michigan. O grosso desta unidade era Ottawa, Delaware, Huron, Oneida, Potawami e Ojibwe. Eles foram designados para o Exército do Potomac, assim como o General Ulysses S. Grant assumiu o comando. A Companhia K participou da Batalha da Selva e Spotsylvania, e capturou 600 tropas confederadas em Shand House, a leste de Petersburg. Em seu último engajamento militar na Batalha da Cratera, Petersburg, Virgínia, em 30 de julho de 1864, os Sharpshooters se viram cercados de pouca munição. Um tenente da 13ª Infantaria de Cor dos Estados Unidos citou suas ações como:
plêndido trabalho. Alguns deles foram mortalmente feridos, e desenhando suas blusas sobre seus rostos, cantaram uma canção de morte e morreram – quatro deles em um grupo.
General Ely S. Parker, um membro da tribo Sêneca, criou os artigos de rendição que o General Robert E. Lee assinou na Appomattox Court House em 9 de abril de 1865. O General Parker, que serviu como secretário militar do General Ulysses S. Grant e foi um advogado treinado, foi uma vez rejeitado para o serviço militar da União por causa de sua raça. Em Appomattox, diz-se que Lee comentou com Parker: “Estou feliz de ver um verdadeiro americano aqui”, ao que Parker respondeu: “Somos todos americanos”
A Nação Cherokee foi a mais negativamente afetada de todas as tribos nativas americanas durante a Guerra Civil, sua população diminuiu de 21.000 para 15.000 em 1865. Apesar da promessa do governo federal de perdoar todos os Cherokee envolvidos com a Confederação, a Nação inteira foi considerada desleal, e seus direitos foram revogados. No final da guerra, o General Stand Watie foi o último general confederado a se render, depondo armas dois meses depois do General Robert E. Lee, e um mês depois do General E. Kirby Smith, comandante de todas as tropas a oeste do Mississippi.
Problemas no Midwest e WestEdit
O oeste foi principalmente pacífico durante a guerra, devido à falta de tropas de ocupação dos EUA. O governo federal ainda estava assumindo o controle da terra nativa, e havia lutas contínuas. De janeiro a maio de 1863, houve lutas quase contínuas no território do Novo México, como parte de um esforço concertado do governo federal para conter e controlar os Apaches; no meio de tudo isso, o presidente Abraham Lincoln reuniu-se com representantes de várias tribos importantes, e informou-lhes que se sentia preocupado que nunca alcançariam a prosperidade da raça branca, a menos que se voltassem para a agricultura como um modo de vida. Os combates levaram ao Massacre de Sand Creek, causado pelo coronel J. M. Chivington, da Milícia Territorial do Colorado, a quem os colonos pediram para retaliar contra os nativos. Com 900 milicianos voluntários, Chivington atacou uma aldeia pacífica de cerca de 500 ou mais nativos de Arapaho e Cheyenne, matando mulheres e crianças, assim como guerreiros. Houve poucos sobreviventes do massacre.
Em julho de 1862, colonos lutaram contra Santee Sioux em Minnesota. Porque a guerra absorveu tantos recursos governamentais, as anuidades devidas aos Santee Sioux em Minnesota não foram pagas a tempo no verão de 1862. Além disso, a Long Trader Sibley recusou ao Santee Sioux o acesso a alimentos até que os fundos fossem entregues. Em frustração, a Santee Sioux, liderada por Little Crow (Ta-oya-te-duta), atacou os colonos a fim de obter mantimentos. Os Sioux mataram 450-800 civis. Após a perda dos Sioux, eles foram julgados (sem advogados de defesa) e muitos foram condenados à morte.
Quando o Presidente Lincoln soube do incidente, ele imediatamente pediu informações completas sobre as condenações. Ele designou dois advogados para examinar os casos e diferenciar entre os culpados de assassinato e aqueles que simplesmente se envolveram na batalha. O General Pope, assim como Long Trader Sibley, cuja recusa em permitir o acesso dos Sioux à comida tinha sido em grande parte responsável pela guerra, ficaram indignados com o fracasso de Lincoln em autorizar imediatamente as execuções. Eles ameaçaram que os colonos locais tomariam medidas contra os Sioux a menos que o Presidente permitisse as execuções, e rapidamente tentaram avançar com eles. Além disso, eles prenderam o resto dos Sioux Santee, 1.700 pessoas, das quais a maioria eram mulheres e crianças, embora não fossem acusados de nenhum crime.
Em 6 de dezembro de 1861, com base em informações que lhe foram dadas, Lincoln autorizou a execução de 39 Sioux, e ordenou que os outros fossem detidos até que fossem dadas novas ordens, “tomando cuidado para que eles não escapassem nem fossem submetidos a qualquer violência ilegal”. Em 26 de dezembro, 39 homens foram levados. No último minuto, foi concedida a um deles uma indulto. Foi só anos depois que a informação se tornou pública que dois homens foram executados que não tinham sido autorizados para punição pelo Presidente Lincoln. Na verdade, um destes dois homens tinha salvo a vida de uma mulher branca durante a luta. Little Crow foi então assassinado em julho de 1863, ano em que os Santees foram transportados para uma reserva no Território de Dakota.