Multe triburi de nativi americani au luptat pentru ambele tabere în război, printre care: Delaware, Catawba, Cherokee, Chickasaw, Choctaw, Creek, Huron, Confederația Iroquois, Kickapoo, Lumbee, Odawa, Ojibwe (Chippewa), Osage, Pamunkey, Pequot, Powhatan, Potawatomi, Seminole și Shawnee. Ca și alte comunități americane, unele triburi au avut membri care au luptat de ambele părți ale războiului.
În noiembrie 1861, indienii Creek, Black Creek și White Creek din tribul lor, conduși de șeful Creek Opothleyahola, au luptat în trei bătălii crâncene (Bătălia de la Round Mountain) și Bătălia de la Chusto-Talasah și Bătălia de la Chustenahlah împotriva trupelor confederate și a altor nativi americani care s-au alăturat confederaților pentru a ajunge la liniile Uniunii din Kansas și a-și oferi serviciile.
Câteva bătălii din Războiul Civil au avut loc în Teritoriul Indian. Prima bătălie de la Cabin Creek a avut loc la 1-2 iulie 1863, de-a lungul râului Grand în actualul Mayes County, Oklahoma, care a implicat 1st Kansas Colored Infantry. Forța confederată a fost condusă de generalul Stand Watie. O a doua bătălie a avut loc în apropierea aceleiași locații la 19 septembrie 1864. De data aceasta, forțele Uniunii conduse de maiorul Henry M. Hopkins au fost înfrânte de o forță confederată condusă de generalii de brigadă Richard Gano și Stand Watie. Aceasta a fost ultima bătălie majoră a Războiului Civil în Teritoriul Indian.
Delaware și-au demonstrat „loialitatea, îndrăzneala și hărnicia” în timpul atacului de la Agenția Wichita, sau Masacrul Tonkawa din octombrie 1862. O încăierare minoră, nativii americani din Uniune au atacat nativii americani confederați și, de asemenea, au ucis cinci agenți confederați, au luat steagul rebel și 1.200 de dolari în valută confederată, 100 de ponei și au ars corespondența împreună cu clădirile agenției.
Națiunea Cherokee a avut un război civil intern. Națiunea s-a divizat, cu o parte condusă de șeful principal John Ross și cealaltă de renegatul Stand Watie. Șeful John Ross a vrut să rămână neutru pe tot parcursul războiului, dar victoriile confederate de la First Manassas și Wilson’s Creek i-au forțat pe Cherokee să își reevalueze poziția.
Stand Watie, împreună cu mulți Cherokee, a trecut de partea armatei confederate, în care a fost numit colonel și a comandat un batalion de Cherokee. Cu reticență, la 7 octombrie 1861, șeful Ross a semnat un tratat prin care a transferat toate obligațiile datorate Cherokee de la guvernul american către statele confederate. În cadrul tratatului, Cherokee au primit garanția protecției, rații de hrană, animale, unelte și alte bunuri, precum și un delegat la Congresul Confederației de la Richmond. În schimb, cherokee urmau să furnizeze zece companii de călăreți și să permită construirea de posturi militare și drumuri în cadrul națiunii Cherokee. Cu toate acestea, niciun regiment indian nu urma să fie chemat să lupte în afara Teritoriului Indian. Ca urmare a tratatului, a fost înființat al doilea detașament de pușcași călare Cherokee, condus de colonelul John Drew. În urma bătăliei de la Pea Ridge, Arkansas, 7-8 martie 1862, Pușcașii călare ai lui Drew au dezertat la forțele Uniunii din Kansas, unde s-au alăturat Gărzii Naționale Indiene. În vara anului 1862, trupele federale l-au capturat pe șeful Ross, care a fost eliberat condiționat și și-a petrecut restul războiului la Washington și Philadelphia proclamând loialitatea Cherokee față de armata Uniunii.
În absența sa, colonelul Stand Watie a fost ales șef principal al națiunii Cherokee. El i-a înrolat imediat pe toți bărbații Cherokee cu vârste cuprinse între 18 și 50 de ani în serviciul militar confederat. Watie era un călăreț îndrăzneț al cavaleriei care se pricepea la tactici de lovire și fugă. A fost considerat un geniu în războiul de gherilă și cel mai de succes comandant de teren din vestul Trans-Mississippi. Promovat la gradul de general de brigadă în mai 1864, Watie a fost pus la conducerea Brigăzii de cavalerie indiană, care era compusă din Cavaleria 1 și 2 Cherokee și din batalioane de Creek, Osage și Seminole. A realizat unul dintre cele mai notabile raiduri ale sale în ambuscada de pe vasul cu aburi J.R. Williams, care se îndrepta spre Fort Gibson. la Pleasant Bluff, pe râul Arkansas, în apropiere de actualul oraș Tamaha, Oklahoma, la 10 iunie 1864, capturând vasul cu aburi și proviziile sale, evaluate la 120.000 de dolari. În cea de-a doua bătălie de la Cabin Creek (Teritoriul Indian), brigada de cavalerie a lui Watie a capturat 129 de căruțe de aprovizionare și 740 de catâri, a luat 120 de prizonieri și a făcut 200 de răniți.
Cherokee care nu fuseseră mutați au fost, de asemenea, prinși în mijlocul Războiului Civil. Unii au ales să fie de partea armatei confederate, deoarece se aflau în statele din sud. Legiunea Thomas, o bandă estică a Confederației Cherokee, condusă de colonelul William Holland Thomas, a luptat în munții din Tennessee și Carolina de Nord. Alți 200 de cherokee au format Junaluska Zouaves. Aproape toți bărbații adulți din tribul Catawba au servit Sudul în Infanteria voluntară a 5-a, a 12-a și a 17-a din Carolina de Sud, Armata Virginiei de Nord. S-au distins în campania din Peninsula, la Second Manassas și Antietam, precum și în tranșeele de la Petersburg. Un monument din Columbia, Carolina de Sud, onorează serviciul militar al familiei Catawbas în Războiul Civil. Ca o consecință a ratei ridicate de morți și răniți a regimentelor, existența continuă a poporului Catawba a fost pusă în pericol.
În Virginia și Carolina de Nord, Pamunkey și Lumbee au ales să servească Uniunea. Pamunkey au servit ca piloți civili și navale pentru navele de război și transport ale Uniunii, în timp ce Lumbee au acționat ca gherile. Membrii Confederației Iroquois s-au alăturat Companiei K, 5th Pennsylvania Volunteer Infantry, în timp ce Powhatan au servit ca ghizi terestre, piloți fluviali și spioni pentru Armata Potomac.
În timpul Războiului Civil, nu s-a făcut nicio distincție atunci când un nativ american s-a alăturat trupelor de culoare ale SUA. Până în secolul al XX-lea, cuvântul „de culoare” includea nu numai afro-americanii, ci și nativii americani. Relatările individuale au dezvăluit că mulți Pequot din Noua Anglie au servit în cea de-a 31-a Infanterie de Culoare a SUA din Armata Potomac, precum și în alte regimente U.S.C.T..
Cea mai faimoasă unitate de nativi americani din armata Uniunii din est a fost Compania K din 1st Michigan Sharpshooters. Cea mai mare parte a acestei unități era formată din Ottawa, Delaware, Huron, Oneida, Potawami și Ojibwe. Aceștia au fost repartizați la Armata Potomac chiar în momentul în care generalul Ulysses S. Grant a preluat comanda. Compania K a participat la Bătălia de la Wilderness și Spotsylvania și a capturat 600 de soldați confederați la Shand House, la est de Petersburg. În ultima lor confruntare militară, în Bătălia de la Crater, Petersburg, Virginia, la 30 iulie 1864, Sharpshooters s-au trezit înconjurați și cu puține muniții. Un locotenent din al 13-lea al Infanteriei de Culoare a Statelor Unite a citat acțiunile lor ca fiind:
o lucrare splendidă. Unii dintre ei au fost răniți mortal și, trăgându-și bluzele peste față, au intonat un cântec de moarte și au murit – patru dintre ei în grup.
Generalul Ely S. Parker, membru al tribului Seneca, a creat articolele de capitulare pe care generalul Robert E. Lee le-a semnat la Appomattox Court House la 9 aprilie 1865. Generalul Parker, care a servit ca secretar militar al generalului Ulysses S. Grant și era avocat de formație, a fost odată respins pentru serviciul militar al Uniunii din cauza rasei sale. La Appomattox, se spune că Lee i-ar fi comentat lui Parker: „Mă bucur să văd un american adevărat aici”, la care Parker a răspuns: „Suntem cu toții americani.”
Națiunea Cherokee a fost cea mai afectată negativ dintre toate triburile de nativi americani în timpul Războiului Civil, populația sa scăzând de la 21.000 la 15.000 până în 1865. În ciuda promisiunii guvernului federal de a-i grația pe toți Cherokee implicați cu Confederația, întreaga națiune a fost considerată neloială, iar drepturile lor au fost revocate. La sfârșitul războiului, generalul Stand Watie a fost ultimul general confederat care s-a predat, depunând armele la două luni după generalul Robert E. Lee și la o lună după generalul E. Kirby Smith, comandantul tuturor trupelor de la vest de Mississippi.
Probleme în Midwest și VestEdit
Vestul a fost în mare parte pașnic în timpul războiului datorită lipsei trupelor de ocupație americane. Guvernul federal continua să preia controlul asupra terenurilor nativilor și existau lupte continue. Din ianuarie până în mai 1863, au avut loc lupte aproape neîntrerupte pe teritoriul New Mexico, ca parte a unui efort concertat al guvernului federal de a-i stăpâni și controla pe apași; în mijlocul acestor lupte, președintele Abraham Lincoln s-a întâlnit cu reprezentanții mai multor triburi importante și i-a informat că se simțea îngrijorat că nu vor ajunge niciodată la prosperitatea rasei albe dacă nu se vor îndrepta spre agricultură ca mod de viață. Luptele au dus la masacrul de la Sand Creek, cauzat de colonelul J. M. Chivington, din Miliția teritorială din Colorado, căruia coloniștii i-au cerut să se răzbune pe băștinași. Împreună cu 900 de milițieni voluntari, Chivington a atacat un sat pașnic de aproximativ 500 sau mai mulți băștinași arapaho și cheyenne, ucigând femei și copii, precum și războinici. Au existat puțini supraviețuitori ai masacrului.
În iulie 1862, coloniștii au luptat împotriva Siouxilor Santee în Minnesota. Deoarece războiul a absorbit atât de multe resurse guvernamentale, anuitățile datorate Santee Sioux din Minnesota nu au fost plătite la timp în vara anului 1862. În plus, Long Trader Sibley a refuzat accesul Santee Sioux la alimente până când fondurile au fost livrate. În semn de frustrare, Santee Sioux, conduși de Little Crow (Ta-oya-te-duta), au atacat coloniștii pentru a obține provizii. Siouxii au ucis 450-800 de civili. După ce siouxii au pierdut, au fost judecați (fără avocați ai apărării) și mulți dintre ei au fost condamnați la moarte.
Când președintele Lincoln a aflat despre acest incident, a cerut imediat informații complete despre condamnări. El a desemnat doi avocați care să examineze cazurile și să facă diferența între cei vinovați de crimă și cei care pur și simplu s-au angajat în luptă. Generalul Pope, precum și Long Trader Sibley, al cărui refuz de a permite accesul Siouxilor la hrană fusese în mare parte responsabil pentru război, au fost înfuriați de faptul că Lincoln nu a autorizat imediat execuțiile. Aceștia au amenințat că coloniștii locali vor lua măsuri împotriva siouxilor dacă președintele nu va permite execuțiile și au încercat rapid să le ducă mai departe. În plus, i-au arestat pe restul Siouxilor Santee, 1.700 de persoane, dintre care majoritatea erau femei și copii, deși nu erau acuzați de nicio infracțiune.
La 6 decembrie 1861, pe baza informațiilor care i-au fost furnizate, Lincoln a autorizat executarea a 39 de Sioux și a ordonat ca ceilalți să fie reținuți până la noi ordine, „având grijă ca aceștia să nu scape și să nu fie supuși la nicio violență ilegală”. Pe 26 decembrie, 39 de oameni au fost capturați. În ultima clipă, unul a primit o amânare. Abia câțiva ani mai târziu a devenit publică informația că au fost executați doi bărbați care nu fuseseră autorizați pentru pedeapsă de către președintele Lincoln. De fapt, unul dintre acești doi bărbați salvase viața unei femei albe în timpul luptelor. Little Crow a fost apoi ucis în iulie 1863, anul în care Santees au fost transportați într-o rezervație din Teritoriul Dakota.
.