Många indianstammar stred för endera sidan i kriget, däribland Delaware, Catawba, Cherokee, Chickasaw, Choctaw, Creek, Huron, Irokesiska konfederationen, Kickapoo, Lumbee, Odawa, Ojibwe (Chippewa), Osage, Pamunkey, Pequot, Powhatan, Potawatomi, Seminole och Shawnee. Liksom andra amerikanska samhällen hade vissa stammar medlemmar som stred på båda sidor av kriget.
Under november 1861 utkämpade Creek-, Black Creek- och White Creek-indianerna i sin stam, ledda av Creekhövdingen Opothleyahola, tre slag (slaget vid Round Mountain) och slaget vid Chusto-Talasah och slaget vid Chustenahlah mot konfedererade trupper och andra infödda amerikaner som anslöt sig till de konfedererade för att nå unionens linjer i Kansas och erbjuda sina tjänster.
Vissa slag under inbördeskriget ägde rum i Indian Territory. Det första slaget vid Cabin Creek ägde rum 1-2 juli 1863 längs Grand River i dagens Mayes County, Oklahoma som involverade 1st Kansas Colored Infantry. Den konfedererade styrkan leddes av general Stand Watie. Ett andra slag utkämpades nära samma plats den 19 september 1864. Den här gången besegrades unionsstyrkorna under major Henry M. Hopkins av en konfedererad styrka under brigadgeneraler Richard Gano och Stand Watie. Detta var inbördeskrigets sista större slag i Indian Territory.
Delaware visade sin ”lojalitet, djärvhet och modighet” under attacken mot Wichita Agency, eller Tonkawa-massakern i oktober 1862. Vid en mindre skärmytsling attackerade unionens infödda amerikaner konfedererade infödda amerikaner och dödade även fem konfedererade agenter, tog rebellflaggan och 1 200 dollar i konfedererad valuta, 100 ponnyer och brände korrespondens tillsammans med Agency-byggnaderna.
Cherokee-nationen hade ett internt inbördeskrig. Nationen splittrades och den ena sidan leddes av huvudhövdingen John Ross och den andra av avfällingen Stand Watie. Chief John Ross ville förbli neutral under hela kriget, men konfedererade segrar vid First Manassas och Wilson’s Creek tvingade cherokeserna att omvärdera sin ståndpunkt.
Stand Watie, tillsammans med många cherokeser, ställde sig på den konfedererade arméns sida, i vilken han blev överste och kommenderade en bataljon av cherokeser. Motvilligt, den 7 oktober 1861, undertecknade hövding Ross ett fördrag som överförde alla förpliktelser som Cherokee var skyldiga från den amerikanska regeringen till konfedererade stater. I fördraget garanterades cherokeeerna skydd, ransoner av mat, boskap, verktyg och andra varor samt en delegat till den konfedererade kongressen i Richmond. I utbyte skulle cherokeerna tillhandahålla tio kompanier med beridna män och tillåta byggandet av militärposter och vägar inom cherokee-nationen. Inget indianregemente fick dock kallas till strid utanför Indian Territory. Som ett resultat av fördraget bildades 2nd Cherokee Mounted Rifles, som leddes av överste John Drew. Efter slaget vid Pea Ridge i Arkansas den 7-8 mars 1862 hoppade Drews Mounted Rifles av till unionsstyrkorna i Kansas, där de anslöt sig till det indianska hemvärnet. Sommaren 1862 tillfångatog federala trupper hövding Ross, som släpptes på fri fot och tillbringade resten av kriget i Washington och Philadelphia med att förkunna cherokesisk lojalitet till unionsarmén.
I hans frånvaro valdes överste Stand Watie till Cherokee-nationens främsta hövding. Han inkallade omedelbart alla cherokeeiska män i åldern 18-50 år till konfedererad militärtjänst. Watie var en djärv kavalleriryttare som var duktig på att slå till och springa taktik. Han ansågs vara ett geni i gerillakrigföring och den mest framgångsrika fältbefälhavaren i västra Trans-Mississippi. Watie befordrades till brigadgeneral i maj 1864 och fick ansvaret för den indiska kavalleribrigaden, som bestod av 1:a och 2:a Cherokee-kavalleriet och bataljoner av Creek-, Osage- och Seminole-bataljoner. Han genomförde en av sina mer anmärkningsvärda räder i ett bakhåll mot ångbåten J.R. Williams, som var på väg till Fort Gibson. vid Pleasant Bluff på Arkansasfloden, nära den nuvarande staden Tamaha, Oklahoma, den 10 juni 1864, och erövrade ångbåten och dess förnödenheter, värderade till 120 000 dollar. Vid det andra slaget vid Cabin Creek (Indian Territory) erövrade Waties kavalleribrigad 129 förnödenhetsvagnar och 740 mulor, tog 120 fångar och lämnade 200 skadade.
De cherokeser som inte hade förflyttats hamnade också mitt i inbördeskriget. En del valde att ställa sig på den konfedererade arméns sida eftersom de befann sig i sydstaterna. Thomaslegionen, ett östra band av konfedererade cherokeser som leddes av överste William Holland Thomas, stred i bergen i Tennessee och North Carolina. Ytterligare 200 cherokeser bildade Junaluska Zouaves. Nästan alla vuxna män från Catawba tjänstgjorde i södern i 5:e, 12:e och 17:e South Carolina Volunteer Infantry, Army of Northern Virginia. De utmärkte sig under kampanjen på halvön, vid Second Manassas och Antietam samt i skyttegravarna vid Petersburg. Ett monument i Columbia, South Carolina, hedrar Catawbas tjänstgöring i inbördeskriget. Till följd av regementenas höga andel döda och sårade var Catawba-folkets fortsatta existens hotad.
I Virginia och North Carolina valde Pamunkey- och Lumbee-folken att tjäna unionen. Pamunkey tjänade som civila piloter och flottpiloter för unionens krigsfartyg och transporter, medan Lumbee agerade som gerillasoldater. Medlemmar av den irokesiska konfederationen anslöt sig till kompani K, 5th Pennsylvania Volunteer Infantry, medan Powhatan tjänade som landguider, flodpiloter och spioner för Army of the Potomac.
Under inbördeskriget gjordes ingen skillnad när en indian anslöt sig till de amerikanska färgade trupperna. Långt in på 1900-talet omfattade ordet ”färgad” inte bara afroamerikaner utan även indianer. Enskilda redogörelser avslöjade att många pequot från New England tjänstgjorde i 31st U.S. Colored Infantry of the Army of the Potomac, liksom i andra U.S.C.T.-regementen.
Den mest kända indianska enheten i unionsarmén i öst var kompani K i 1st Michigan Sharpshooters. Huvuddelen av detta förband bestod av Ottawa, Delaware, Huron, Oneida, Potawami och Ojibwe. De tilldelades Potomac-armén precis när general Ulysses S. Grant tog över befälet. Kompani K deltog i slaget vid Wilderness och Spotsylvania och tillfångatog 600 konfedererade trupper vid Shand House öster om Petersburg. I sin sista militära insats i slaget vid kratern, Petersburg, Virginia, den 30 juli 1864, fann sig Sharpshooters omringade med lite ammunition. En löjtnant från 13th United States Colored Infantry citerade deras insatser som:
utmärkt arbete. Några av dem blev dödligt sårade, och när de drog sina blusar över ansiktet sjöng de en dödssång och dog – fyra av dem i grupp.
General Ely S. Parker, som tillhörde Seneca-stammen, skapade de kapitulationsartiklar som general Robert E. Lee undertecknade vid Appomattox Court House den 9 april 1865. General Parker, som tjänstgjorde som general Ulysses S. Grants militära sekreterare och var utbildad advokat, hade en gång i tiden avvisats från unionens militärtjänstgöring på grund av sin ras. Vid Appomattox sägs Lee ha anmärkt till Parker: ”Jag är glad att se en riktig amerikan här”, varpå Parker svarade: ”Vi är alla amerikaner.”
Cherokee nationen drabbades mest negativt av alla indianstammar under inbördeskriget, dess befolkning minskade från 21 000 till 15 000 år 1865. Trots den federala regeringens löfte att benåda alla Cherokee som var inblandade i konfederationen ansågs hela nationen vara illojal och deras rättigheter drogs in. I slutet av kriget var general Stand Watie den sista konfedererade generalen som kapitulerade. Han lade ner vapnen två månader efter general Robert E. Lee och en månad efter general E. Kirby Smith, befälhavare för alla trupper väster om Mississippi.
Problem i mellanvästern och västEdit
Västern var mestadels fredlig under kriget på grund av bristen på amerikanska ockupationstrupper. Den federala regeringen tog fortfarande kontroll över ursprungsbefolkningens mark, och det förekom ständiga strider. Från januari till maj 1863 var det nästan oavbrutna strider i territoriet New Mexico, som en del av den federala regeringens samordnade försök att begränsa och kontrollera apacherna. mitt i allt detta träffade president Abraham Lincoln företrädare för flera större stammar och informerade dem om att han kände sig orolig för att de aldrig skulle nå den vita rasens välstånd om de inte övergick till jordbruk som levnadssätt. Striderna ledde till Sand Creek-massakern som orsakades av överste J. M. Chivington från Colorados territoriella milis, som bosättarna bad att hämnas på infödingarna. Med 900 frivilliga milismän attackerade Chivington en fredlig by med omkring 500 eller fler arapaho- och cheyenneinvånare och dödade kvinnor och barn samt krigare. Det fanns få överlevande från massakern.
I juli 1862 kämpade bosättare mot Santee Sioux i Minnesota. Eftersom kriget upptog så många statliga resurser betalades inte de annuiteter som var skyldiga Santee Sioux i Minnesota i tid sommaren 1862. Dessutom vägrade Long Trader Sibley Santee Sioux tillgång till mat tills pengarna levererades. I frustration angrep Santee siouxerna, ledda av Little Crow (Ta-oya-te-duta), bosättare för att få tag på förnödenheter. Siouxerna dödade 450-800 civila. Efter att siouxerna förlorat ställdes de inför rätta (utan försvarsadvokater) och många dömdes till döden.
När president Lincoln fick reda på händelsen begärde han omedelbart fullständig information om domarna. Han gav två advokater i uppdrag att granska fallen och skilja mellan dem som var skyldiga till mord och dem som bara deltog i strid. General Pope, liksom Long Trader Sibley, vars vägran att låta siouxerna få tillgång till mat hade varit till stor del ansvarig för kriget, blev upprörda över Lincolns underlåtenhet att omedelbart godkänna avrättningarna. De hotade med att de lokala bosättarna skulle vidta åtgärder mot siouxerna om inte presidenten tillät avrättningarna, och de försökte snabbt driva igenom dem. Dessutom arresterade de resten av Santee siouxerna, 1 700 personer, varav de flesta var kvinnor och barn, trots att de inte anklagades för något brott.
Den 6 december 1861 godkände Lincoln, på grundval av den information han fått, avrättningen av 39 siouxer och beordrade att de övriga skulle hållas kvar i väntan på ytterligare order, ”taking care that they neither escape nor are subjected to any unlawful violence”. Den 26 december togs 39 män till fånga. I sista minuten fick en av dem uppskov. Det var inte förrän flera år senare som information blev offentlig om att två män avrättades som inte hade godkänts för bestraffning av president Lincoln. I själva verket hade en av dessa två män räddat en vit kvinnas liv under striderna. Little Crow mördades sedan i juli 1863, det år då Santees transporterades till ett reservat i Dakota Territory.