Administration af direktoratet
Statens finanser var i total uorden. Regeringen kunne kun dække sine udgifter ved hjælp af plyndringer og tribut fra fremmede lande. Direktoratet var konstant i krig med udenlandske koalitioner, som på forskellige tidspunkter omfattede Storbritannien, Østrig, Preussen, Kongeriget Napoli, Rusland og Det Osmanniske Rige. Det annekterede Belgien og venstre side af Rhinen, mens Napoleon Bonaparte erobrede en stor del af Italien. Direktoratet oprettede seks kortvarige søsterrepublikker efter fransk forbillede i Italien, Schweiz og Nederlandene. De erobrede byer og stater blev forpligtet til at sende store pengesummer samt kunstskatte til Frankrig, som blev brugt til at fylde det nye Louvre-museum i Paris. En hær under ledelse af Bonaparte erobrede Egypten og marcherede så langt som til Saint-Jean-d’Acre i Syrien. Direktoratet besejrede en genopblussen af krigen i Vendée, den royalistisk ledede borgerkrig i Vendée-området, men mislykkedes i sit forehavende om at støtte det irske oprør i 1798 og skabe en irsk republik. Krigene udtømte statsbudgettet, men hvis der blev sluttet fred, ville hærene vende hjem, og direktorerne ville blive konfronteret med den almindelige menighed, der havde mistet sit levebrød, og ambitionerne hos generaler, der når som helst kunne feje dem til side.
Direktoratet fordømte de vilkårlige henrettelser under rædselsregimet, men engagerede sig også i omfattende ulovlige undertrykkelser og endda massakrer på civile (Krigen i Vendée). Den svigtende økonomi og de høje fødevarepriser ramte især de fattige. Selv om direktoratet gik ind for republikanisme, nærede det mistillid til det eksisterende, om end begrænsede, demokrati. Da oppositionen vandt valgene i 1798 og 1799, brugte det hæren til at fængsle og landsforvise oppositionsledere og lukke oppositionsaviser. Det var også i stigende grad afhængig af hæren i udenrigs- og indenrigsanliggender, herunder finanser. Barras og Rewbell var notorisk korrupte og skærmede korruptionen hos andre. Direktørernes protektionisme var dårligt givet, og den generelle dårlig forvaltning øgede deres upopularitet.
Offentlig uenighed
Med oprettelsen af Direktoratet kunne samtidige iagttagere have antaget, at revolutionen var slut. Borgerne i den krigstrætte nation ønskede stabilitet, fred og en afslutning på forhold, der til tider grænsede til kaos. De højreorienterede, der ønskede at genoprette monarkiet ved at sætte Louis XVIII på tronen, og de venstreorienterede, der ville have fornyet rædselsregimet, forsøgte uden held at vælte direktoratet. De tidligere grusomheder havde gjort tillid eller velvilje mellem parterne umulig.
Det nye regime mødte modstand fra jakobinerne til venstre og royalisterne (hemmeligt subsidieret af den britiske regering) til højre. Hæren undertrykte optøjer og kontrarevolutionære aktiviteter, men oprørerne og især Napoleon fik massiv magt. Ved valget i 1797 om en tredjedel af pladserne vandt royalisterne det store flertal og var klar til at overtage kontrollen med direktoratet ved det næste valg. Direktoratet reagerede ved at udrense alle vinderne i kuppet den 18. Fructidor, forvise 57 ledere til den visse død i Guyana og lukke 42 aviser. På samme måde afviste det demokratiske valg og beholdt sine gamle ledere ved magten.
Sendt af Napoleon fra Italien stormer Pierre Augereau og hans tropper Tuilerierne og tager generalerne Charles Pichegru og Willot til fange. Statskup af 18 Fructidor, år V (4. september 1797). Gravering af Berthault, baseret på en tegning af Girardet.
Den 4. september 1797, med hæren på plads, blev statskuppet af 18 Fructidor, år V, sat i gang. General Augereaus soldater arresterede Pichegru, Barthélemy og de ledende royalistiske deputerede i rådene. Den næste dag annullerede direktoratet valget af omkring to hundrede deputerede i 53 departementer. 65 deputerede blev deporteret til Guyana, 42 royalistiske aviser blev lukket, og 65 journalister og redaktører blev deporteret.
Den 9. november 1799 (18. brumaire i år VIII) gennemførte Napoleon Bonaparte kuppet i 18 brumaire, som indsatte konsulatet. Dette førte i praksis til Bonapartes diktatur og i 1804 til hans udråbelse som kejser. Dette afsluttede den specifikt republikanske fase af den franske revolution.
Historikere har vurderet Direktoratet som en regering, der snarere var præget af egeninteresse end af dyd, og som mistede ethvert krav på idealisme. Den havde aldrig et stærkt grundlag af folkelig støtte. Når der blev afholdt valg, blev de fleste af dens kandidater slået. Dens resultater var ubetydelige, og dens fremgangsmåde afspejlede en ny drejning mod diktatur og det liberale demokratis fiasko. Vold, vilkårlige og tvivlsomme former for retfærdighed og grov undertrykkelse var metoder, der ofte blev anvendt af Direktoratet.