Muchas tribus de nativos americanos lucharon por cualquiera de los dos bandos en la guerra, incluyendo: los Delaware, Catawba, Cherokee, Chickasaw, Choctaw, Creek, Huron, Confederación Iroquesa, Kickapoo, Lumbee, Odawa, Ojibwe (Chippewa), Osage, Pamunkey, Pequot, Powhatan, Potawatomi, Seminole y Shawnee. Al igual que otras comunidades americanas, algunas tribus tenían miembros que luchaban en ambos bandos de la guerra.
Durante noviembre de 1861, los indios Creek, Black Creek y White Creek de su tribu, liderados por el jefe Creek Opothleyahola, libraron tres batallas campales (Batalla de Round Mountain), y la Batalla de Chusto-Talasah y la Batalla de Chustenahlah contra las tropas confederadas y otros nativos americanos que se unieron a los confederados para llegar a las líneas de la Unión en Kansas, y ofrecer sus servicios.
Algunas batallas de la Guerra Civil ocurrieron en el Territorio Indio. La Primera Batalla de Cabin Creek ocurrió el 1 y 2 de julio de 1863, a lo largo del río Grand en el actual condado de Mayes, Oklahoma, en la que participó la 1ª Infantería de Color de Kansas. La fuerza confederada estaba dirigida por el general Stand Watie. Una segunda batalla se libró cerca del mismo lugar el 19 de septiembre de 1864. Esta vez las fuerzas de la Unión bajo el mando del comandante Henry M. Hopkins fueron derrotadas por una fuerza confederada al mando de los generales de brigada Richard Gano y Stand Watie. Esta fue la última batalla importante de la Guerra Civil en el Territorio Indio.
Los Delaware demostraron su «lealtad, audacia y dureza» durante el ataque a la Agencia Wichita, o la Masacre de Tonkawa en octubre de 1862. En una escaramuza menor, los nativos americanos de la Unión atacaron a los nativos americanos confederados, y también mataron a cinco agentes confederados, se llevaron la bandera rebelde y 1200 dólares en moneda confederada, 100 ponis, y quemaron la correspondencia junto con los edificios de la Agencia.
La Nación Cherokee tuvo una guerra civil interna. La Nación se dividió, con un bando liderado por el Jefe Principal John Ross y el otro por el renegado Stand Watie. El jefe John Ross quería permanecer neutral durante toda la guerra, pero las victorias confederadas en First Manassas y Wilson’s Creek obligaron a los cherokees a reconsiderar su posición.
Stand Watie, junto con muchos cherokees, se puso del lado del ejército confederado, en el que fue nombrado coronel y comandó un batallón de cherokees. A regañadientes, el 7 de octubre de 1861, el jefe Ross firmó un tratado por el que se transferían todas las obligaciones debidas a los cheroquis del Gobierno de los Estados Unidos a los Estados Confederados. En el tratado, se garantizaba a los cheroquis la protección, raciones de alimentos, ganado, herramientas y otros bienes, así como un delegado en el Congreso Confederado de Richmond. A cambio, los cherokees proporcionarían diez compañías de hombres a caballo y permitirían la construcción de puestos militares y carreteras dentro de la Nación Cherokee. Sin embargo, ningún regimiento indio sería llamado a luchar fuera del Territorio Indio. Como resultado del Tratado, se formó el 2º Rifle Montado Cherokee, dirigido por el coronel John Drew. Tras la batalla de Pea Ridge, Arkansas, el 7 y 8 de marzo de 1862, los Rifles Montados de Drew desertaron a las fuerzas de la Unión en Kansas, donde se unieron a la Guardia Nacional India. En el verano de 1862, las tropas federales capturaron al jefe Ross, que fue puesto en libertad condicional y pasó el resto de la guerra en Washington y Filadelfia proclamando la lealtad de los cherokees al ejército de la Unión.
En su ausencia, el coronel Stand Watie fue elegido jefe principal de la Nación Cherokee. Inmediatamente reclutó a todos los hombres cherokees de entre 18 y 50 años para el servicio militar confederado. Watie era un audaz jinete de caballería que era experto en tácticas de ataque y huida. Se le consideraba un genio de la guerra de guerrillas y el comandante de campo más exitoso del oeste del Trans-Mississippi. Ascendido a general de brigada en mayo de 1864, Watie fue puesto al mando de la Brigada de Caballería India, compuesta por el 1º y 2º de Caballería Cherokee y batallones de Creek, Osage y Seminole. Una de sus incursiones más notables fue la emboscada al barco de vapor J.R. Williams, que se dirigía a Fort Gibson. en Pleasant Bluff, en el río Arkansas, cerca de la actual ciudad de Tamaha, Oklahoma, el 10 de junio de 1864, capturando el barco de vapor y sus suministros, valorados en 120.000 dólares. En la Segunda Batalla de Cabin Creek (Territorio Indio), la brigada de caballería de Watie capturó 129 carros de suministros y 740 mulas, tomó 120 prisioneros y dejó 200 bajas.
Los cherokees que no habían sido trasladados también se vieron atrapados en medio de la Guerra Civil. Algunos optaron por ponerse del lado del ejército confederado, ya que se encontraban en los estados del sur. La Legión Thomas, una banda oriental de cherokees confederados, dirigida por el coronel William Holland Thomas, luchó en las montañas de Tennessee y Carolina del Norte. Otros 200 cherokees formaron los Zouaves de Junaluska. Casi todos los hombres adultos de Catawba sirvieron al Sur en la 5ª, 12ª y 17ª Infantería Voluntaria de Carolina del Sur, del Ejército del Norte de Virginia. Se distinguieron en la Campaña de la Península, en Segunda Manassas y Antietam, y en las trincheras de Petersburg. Un monumento en Columbia, Carolina del Sur, honra el servicio de los Catawbas en la Guerra Civil. Como consecuencia del alto índice de muertos y heridos de los regimientos, la existencia continuada del pueblo Catawba estuvo en peligro.
En Virginia y Carolina del Norte, los Pamunkey y los Lumbee eligieron servir a la Unión. Los Pamunkey sirvieron como pilotos civiles y navales para los buques de guerra y transportes de la Unión, mientras que los Lumbee actuaron como guerrilleros. Los miembros de la Confederación Iroquesa se unieron a la Compañía K, 5ª Infantería Voluntaria de Pensilvania, mientras que los Powhatan sirvieron como guías terrestres, pilotos fluviales y espías para el Ejército del Potomac.
Durante la Guerra Civil, no se hizo ninguna distinción cuando un nativo americano se unió a las Tropas de Color de Estados Unidos. Hasta bien entrado el siglo XX, la palabra «de color» incluía no sólo a los afroamericanos, sino también a los nativos americanos. Los relatos individuales revelaron que muchos pequot de Nueva Inglaterra sirvieron en la 31ª Infantería de Color del Ejército del Potomac, así como en otros regimientos de la U.S.C.T.
La unidad nativa americana más famosa del ejército de la Unión en el este fue la Compañía K de la 1ª Tropa de Color de Michigan. El grueso de esta unidad estaba formado por Ottawa, Delaware, Huron, Oneida, Potawami y Ojibwe. Fueron asignados al Ejército del Potomac justo cuando el general Ulysses S. Grant asumió el mando. La Compañía K participó en la batalla de Wilderness y Spotsylvania, y capturó a 600 soldados confederados en Shand House, al este de Petersburg. En su último compromiso militar en la Batalla del Cráter, en Petersburg, Virginia, el 30 de julio de 1864, los Sharpshooters se encontraron rodeados con poca munición. Un teniente de la 13ª Infantería de Color de los Estados Unidos citó sus acciones como:
un trabajo espléndido. Algunos de ellos fueron heridos mortalmente, y tapándose la cara con sus blusas, entonaron una canción de muerte y murieron, cuatro de ellos en grupo.
El general Ely S. Parker, miembro de la tribu Séneca, creó los artículos de rendición que el general Robert E. Lee firmó en Appomattox Court House el 9 de abril de 1865. El Gral. Parker, que sirvió como secretario militar del Gral. Ulysses S. Grant y era un abogado capacitado, fue rechazado una vez para el servicio militar de la Unión debido a su raza. En Appomattox, se dice que Lee le comentó a Parker: «Me alegra ver a un verdadero estadounidense aquí», a lo que Parker respondió: «Todos somos estadounidenses».
La Nación Cherokee fue la más afectada de todas las tribus nativas americanas durante la Guerra Civil, su población disminuyó de 21.000 a 15.000 para 1865. A pesar de la promesa del gobierno federal de perdonar a todos los cherokees implicados en la Confederación, toda la nación fue considerada desleal y se les revocaron sus derechos. Al final de la guerra, el general Stand Watie fue el último general confederado en rendirse, abandonando las armas dos meses después del general Robert E. Lee, y un mes después del general E. Kirby Smith, comandante de todas las tropas al oeste del Misisipi.
Problemas en el Medio Oeste y el OesteEditar
El oeste fue mayormente pacífico durante la guerra debido a la falta de tropas de ocupación estadounidenses. El gobierno federal seguía tomando el control de las tierras de los nativos, y había continuas peleas. De enero a mayo de 1863, hubo combates casi continuos en el territorio de Nuevo México, como parte de un esfuerzo concertado del gobierno federal para contener y controlar a los apaches; en medio de todo esto, el presidente Abraham Lincoln se reunió con representantes de varias tribus importantes, y les informó que se sentía preocupado porque nunca alcanzarían la prosperidad de la raza blanca a menos que se dedicaran a la agricultura como forma de vida. La lucha condujo a la masacre de Sand Creek, provocada por el coronel J. M. Chivington, de la Milicia Territorial de Colorado, a quien los colonos pidieron que tomara represalias contra los nativos. Con 900 milicianos voluntarios, Chivington atacó una pacífica aldea de unos 500 o más nativos Arapaho y Cheyenne, matando a mujeres y niños, así como a guerreros. Hubo pocos supervivientes de la masacre.
En julio de 1862, los colonos lucharon contra los sioux santee en Minnesota. Debido a que la guerra absorbió muchos recursos del gobierno, las anualidades que se debían a los Santee Sioux en Minnesota no se pagaron a tiempo en el verano de 1862. Además, Long Trader Sibley negó a los Santee Sioux el acceso a los alimentos hasta que los fondos fueran entregados. En señal de frustración, los sioux santeanos, dirigidos por Little Crow (Ta-oya-te-duta), atacaron a los colonos para conseguir suministros. Los sioux mataron a entre 450 y 800 civiles. Después de que los sioux perdieran, fueron juzgados (sin abogados defensores) y muchos fueron condenados a muerte.
Cuando el presidente Lincoln se enteró del incidente, pidió inmediatamente información completa sobre las condenas. Asignó a dos abogados para que examinaran los casos y diferenciaran entre los culpables de asesinato y los que simplemente participaron en la batalla. El general Pope, así como Long Trader Sibley, cuya negativa a permitir el acceso de los sioux a los alimentos había sido en gran parte responsable de la guerra, se enfadaron porque Lincoln no autorizó inmediatamente las ejecuciones. Amenazaron con que los colonos locales tomarían medidas contra los sioux a menos que el presidente permitiera las ejecuciones, y rápidamente intentaron llevarlas a cabo. Además, arrestaron al resto de los sioux de Santee, 1.700 personas, de las cuales la mayoría eran mujeres y niños, aunque no estaban acusados de ningún crimen.
El 6 de diciembre de 1861, basándose en la información que le dieron, Lincoln autorizó la ejecución de 39 sioux, y ordenó que los demás fueran retenidos a la espera de nuevas órdenes, «teniendo cuidado de que no escapen ni sean sometidos a ninguna violencia ilegal.» El 26 de diciembre, 39 hombres fueron capturados. En el último momento, a uno se le concedió un indulto. No fue hasta años después que se hizo pública la información de que se ejecutó a dos hombres que no habían sido autorizados para el castigo por el presidente Lincoln. De hecho, uno de estos dos hombres había salvado la vida de una mujer blanca durante los combates. Little Crow fue entonces asesinado en julio de 1863, el año en que los santees fueron transportados a una reserva en el territorio de Dakota.