Devenind regentă a Scoției
După moartea lui James, Maria de Guise a crezut că va fi numită regentă, dar rolul i-a fost încredințat lui James Hamilton, conte de Arran. Arran a fost un susținător al Angliei protestante. El a făcut un acord pentru ca tânăra Maria să se căsătorească cu Prințul Edward al Angliei când va împlini 10 ani, acord pe care Maria de Guise l-a respins. Henric al VIII-lea al Angliei s-a angajat într-o serie de atacuri sălbatice asupra Scoției, deseori denumite „curtarea dură”, menite să îi forțeze pe scoțieni să permită căsătoria. Ca răspuns, în 1548, Maria de Guise a aranjat ca tânăra regină Maria să călătorească în Franța și să fie pregătită pentru a se căsători cu Delfinul Francois, consolidând și mai mult legăturile cu Franța. Francezii, în schimb, au oferit sprijin militar scoțienilor.
Nu înainte de 12 aprilie 1554, după mai mulți ani de neliniște cu Anglia, Maria de Guise a reușit în cele din urmă să smulgă controlul de la Lordul Arran și să fie numită regină regentă a Scoției. În timpul cât a fost regentă a Scoției, Maria de Guise s-a confruntat cu conflicte constante. Scopul ei a fost de a moderniza Scoția, păstrând-o în același timp catolică și liberă de interferențele englezești, dar au existat mulți susținători scoțieni ai Angliei și ai mișcării protestante care s-au împotrivit eforturilor ei.
Reforma protestantă era puternică în acel moment. Un astfel de reformator a fost John Knox, care a predicat împotriva regenței Mariei și a vrut să o răstoarne pentru a stabili biserica protestantă în Scoția. Conduși de un grup de nobili numiți Lorzii Congregației, susținătorii pro-Anglia au continuat să se răzvrătească împotriva Mariei de Guise. Ei erau suspicioși față de legăturile ei continue cu Franța catolică, întărite de căsătoria fiicei sale cu Francois în 1558.
Protestanții au continuat să câștige putere și au condus revolte împotriva Mariei de Guise. Maria i-a înfruntat pe Lorzii protestanți ai Congregației la Perth la 22 mai 1559, dar a trebuit să se retragă la Edinburgh unde, cu ajutorul trupelor franceze, a recucerit orașul, după ce Knox și reformatorii protestanți au cerut ca ea să fie destituită.
Pentru a înrăutăți situația, Anglia, condusă acum de regina Elisabeta I, a continuat să trimită întăriri pentru a îndepărta soldații francezi din Scoția și luptele sporadice au continuat.
.