diventare reggente di Scozia
Dopo la morte di Giacomo, Maria di Guisa credeva che sarebbe stata fatta reggente, ma il ruolo fu dato a James Hamilton, conte di Arran. Arran era un sostenitore dell’Inghilterra protestante. Egli fece un accordo affinché la giovane Maria sposasse il principe Edoardo d’Inghilterra quando avesse raggiunto i 10 anni, accordo che Maria di Guisa rifiutò. Enrico VIII d’Inghilterra si imbarcò in una serie di attacchi selvaggi alla Scozia, spesso indicati come il corteggiamento rude, progettato per forzare gli scozzesi a permettere il matrimonio. In risposta, nel 1548 Maria di Guisa fece in modo che la giovane regina Maria si recasse in Francia per essere preparata a sposare il Delfino Francesco, rafforzando ulteriormente i legami con la Francia. I francesi, in cambio, fornirono supporto militare agli scozzesi.
Non fu che il 12 aprile 1554, dopo diversi anni di disordini con l’Inghilterra, che Maria di Guisa fu finalmente in grado di strappare il controllo a Lord Arran e fu nominata regina reggente di Scozia. Durante il suo periodo come reggente di Scozia, Maria di Guisa dovette affrontare continui conflitti. Il suo obiettivo era quello di modernizzare la Scozia mantenendola cattolica e libera dalle interferenze inglesi, ma c’erano molti scozzesi sostenitori dell’Inghilterra e del movimento protestante che resistevano ai suoi sforzi.
La riforma protestante era forte a quel tempo. Uno di questi riformatori era John Knox, che predicava contro la reggenza di Maria e voleva rovesciarla per stabilire la chiesa protestante in Scozia. Guidati da un gruppo di nobili chiamati i Signori della Congregazione, i sostenitori pro-Inghilterra continuarono a ribellarsi contro Maria di Guisa. Erano sospettosi dei suoi continui legami con la Francia cattolica, resi più forti dal matrimonio di sua figlia con Francois nel 1558.
I protestanti continuarono a guadagnare forza e condussero rivolte contro Maria di Guisa.