Monet alkuperäisamerikkalaiset heimot taistelivat sodassa jommallakummalla puolella, muun muassa seuraavat: Delaware, Catawba, Cherokee, Chickasaw, Choctaw, Creek, Huron, Irokeesien konfederaatio, Kickapoo, Lumbee, Odawa, Ojibwe (Chippewa), Osage, Pamunkey, Pequot, Powhatan, Potawatomi, Seminole ja Shawnee. Kuten muissakin amerikkalaisissa yhteisöissä, joidenkin heimojen jäseniä taisteli sodan molemmilla puolilla.
Marraskuun 1861 aikana Creek-, Black Creek-intiaanit ja White Creek -heimonsa intiaanit kävivät Creek-päällikkö Opothleyaholan johdolla kolme varikolla käytyä taistelua (Round Mountainin taistelu) ja Chusto-Talasahin taistelu sekä Chustenahlahin taistelu konfederaation joukkoja ja muita intiaaneja vastaan, jotka liittyivät konfederaation joukkoihin päästäkseen Kansasissa oleville unionin linjoille ja tarjotakseen palveluksiaan.
Joitakin sisällissodan taisteluita käytiin intiaanialueella. Ensimmäinen Cabin Creekin taistelu käytiin 1.-2. heinäkuuta 1863 Grand-joen varrella nykyisessä Mayesin piirikunnassa Oklahomassa, johon osallistui Kansasin 1. värillinen jalkaväki. Konfederaation joukkoja johti kenraali Stand Watie. Toinen taistelu käytiin saman paikan lähellä 19. syyskuuta 1864. Tällä kertaa majuri Henry M. Hopkinsin johtamat unionin joukot hävisivät prikaatikenraalien Richard Ganon ja Stand Watien johtamille konfederaation joukoille. Tämä oli sisällissodan viimeinen suuri taistelu intiaanialueella.
Delawaret osoittivat ”uskollisuutensa, rohkeutensa ja sitkeytensä” Wichita Agencyn hyökkäyksessä eli Tonkawan verilöylyssä lokakuussa 1862. Vähäisessä kahakassa unionin intiaanit hyökkäsivät konfederaation intiaanien kimppuun ja tappoivat myös viisi konfederaation agenttia, veivät kapinallisten lipun ja 1200 dollarin edestä konfederaation valuuttaa, 100 ponia ja polttivat kirjeenvaihdon sekä agentuurin rakennukset.
Cherokee-kansakunnassa käytiin sisäistä sisällissotaa. Kansakunta jakautui, ja toista puolta johti pääpäällikkö John Ross ja toista luopio Stand Watie. Päällikkö John Ross halusi pysyä puolueettomana koko sodan ajan, mutta konfederaation voitot First Manassasissa ja Wilson’s Creekissä pakottivat cherokee-joukot arvioimaan kantaansa uudelleen.
Stand Watie asettui monien cherokee-joukkojen ohella konfederaation armeijan puolelle, jossa hänestä tehtiin eversti ja hän komensi cherokee-joukkojen pataljoonaa. Vastahakoisesti päällikkö Ross allekirjoitti 7. lokakuuta 1861 sopimuksen, jolla kaikki cherokeille kuuluvat velvoitteet siirrettiin Yhdysvaltain hallitukselta Konfederaatiolle. Sopimuksessa cherokeille taattiin suojelu, ruoka-annokset, karja, työkalut ja muut tavarat sekä edustaja Richmondin konfederaatiokongressiin. Vastineeksi cherokee-heimo toimittaisi kymmenen ratsumieskomppaniaa ja sallisi sotilasasemien ja teiden rakentamisen cherokee-kansakunnan alueelle. Yhtään intiaanirykmenttiä ei kuitenkaan saisi kutsua taistelemaan intiaanialueen ulkopuolella. Sopimuksen seurauksena perustettiin eversti John Drewin johtama 2. Cherokee Mounted Rifles -rykmentti. Maaliskuun 7.-8. päivänä 1862 Arkansasissa käydyn Pea Ridgen taistelun jälkeen Drew’n ratsuväkijoukot loikkasivat Kansasissa oleviin unionin joukkoihin, jossa ne liittyivät intiaanien kotikaartiin. Kesällä 1862 liittovaltion joukot vangitsivat päällikkö Rossin, joka pääsi ehdonalaiseen vapauteen ja vietti loppusodan Washingtonissa ja Philadelphiassa julistamalla cherokee-uskollisuutta unionin armeijalle.
Hänen poissa ollessaan eversti Stand Watie valittiin cherokee-kansakunnan pääpäälliköksi. Hän kutsui välittömästi kaikki 18-50-vuotiaat cherokee-urokset konfederaation asepalvelukseen. Watie oli rohkea ratsuväen ratsastaja, joka oli taitava osuma- ja juoksutaktiikassa. Häntä pidettiin sissisodankäynnin nerona ja menestyneimpänä kenttäkomentajana Trans-Mississippin länsiosissa. Toukokuussa 1864 prikaatikenraaliksi ylennetty Watie sai vastuulleen intiaanien ratsuväkiprikaatin, joka koostui 1. ja 2. cherokee-ratsuväestä sekä Creek-, Osage- ja Seminole-pataljoonista. Yksi merkittävimmistä ryöstöretkistään oli Fort Gibsoniin matkalla olleen höyrylaiva J.R. Williamsin väijytys Pleasant Bluffissa Arkansas-joen varrella, lähellä nykyistä Tamahan kaupunkia Oklahomassa, 10. kesäkuuta 1864, jolloin hän kaappasi höyrylaivan ja sen tarvikkeet, joiden arvo oli 120 000 dollaria. Toisessa Cabin Creekin taistelussa (Indian Territory) Watien ratsuväkiprikaati kaappasi 129 huoltovaunua ja 740 muulia, otti 120 vankia ja jätti 200 haavoittunutta.
Sisällissodan keskelle joutuivat myös ne cherokee-heimon jäsenet, joita ei ollut siirretty. Jotkut päättivät asettua Konfederaation armeijan puolelle, koska he sijaitsivat eteläisissä osavaltioissa. Eversti William Holland Thomasin johtama Thomasin legioona, Konfederaation itäinen cherokee-joukko, taisteli Tennesseen ja Pohjois-Carolinan vuoristossa. Toiset 200 cherokeejoukkoa muodostivat Junaluska Zouaves -joukon. Lähes kaikki Catawban aikuiset miehet palvelivat etelää Pohjois-Virginian armeijan 5., 12. ja 17. Etelä-Carolinan vapaaehtoisessa jalkaväkiosastossa. He kunnostautuivat Peninsula-kampanjassa, toisessa Manassasissa ja Antietamissa sekä juoksuhaudoissa Pietarissa. Etelä-Carolinan Columbiassa sijaitseva muistomerkki kunnioittaa Catawbasien palvelusta sisällissodassa. Rykmenttien suuren kuolleiden ja haavoittuneiden määrän seurauksena Catawban kansan olemassaolon jatkuminen vaarantui.
Virginiassa ja Pohjois-Carolinassa Pamunkey- ja Lumbee-heimot päättivät palvella unionia. Pamunkeyt toimivat unionin sota- ja kuljetusalusten siviili- ja meriluotseina, kun taas Lumbeet toimivat sissinä. Irokeesien konfederaation jäsenet liittyivät Pennsylvanian 5. vapaaehtoisen jalkaväkikomppanian K-komppaniaan, kun taas Powhatanit palvelivat Potomacin armeijan maaoppaina, jokiluotseina ja vakoojina.
Sisällissodan aikana alkuperäisamerikkalaisten liittyessä Yhdysvaltain värillisiin joukkoihin ei tehty eroa. Vielä pitkälle 1900-luvulle saakka sana ”värillinen” käsitti afroamerikkalaisten lisäksi myös intiaanit. Yksittäisistä kertomuksista kävi ilmi, että monet Uudesta Englannista kotoisin olevat pequotit palvelivat Potomacin armeijan 31. Yhdysvaltain värillisten jalkaväkirykmentissä sekä muissa U.S.C.T.:n rykmenteissä.
Tunnetuin alkuperäisamerikkalainen yksikkö unionin armeijassa idässä oli 1. Michiganin tarkka-ampujien komppania K. Pääosa tästä yksiköstä oli Ottawoja, Delawareja, Huroneja, Oneidoja, Potawameja ja Ojibweja. Heidät määrättiin Potomacin armeijaan juuri kun kenraali Ulysses S. Grant otti komennon. K-komppania osallistui Wildernessin ja Spotsylvanian taisteluihin ja vangitsi 600 konfederaation sotilasta Shand Housessa Pietarin itäpuolella. Viimeisessä taistelussaan Craterin taistelussa Pietarissa, Virginiassa, 30. heinäkuuta 1864 Sharpshooters joutui saarroksiin, ja heillä oli vain vähän ammuksia. Yhdysvaltain 13. värillisen jalkaväen luutnantti siteerasi heidän toimintaansa seuraavasti:
erinomaista työtä. Jotkut heistä haavoittuivat kuolettavasti, ja vetäessään puseronsa kasvoilleen he lauloivat kuolemanlaulun ja kuolivat – neljä heistä ryhmässä.
Kenraali Ely S. Parker, joka kuului seneca-heimoon, laati antautumissopimusasiakirjat, jotka kenraali Robert E. Lee allekirjoitti Appomattoxin hovitalossa 9. huhtikuuta 1865. Kenraali Parker, joka toimi kenraali Ulysses S. Grantin sotilassihteerinä ja oli koulutukseltaan lakimies, hylättiin aikoinaan unionin asepalvelukseen rotunsa vuoksi. Appomattoxissa Leen kerrotaan huomauttaneen Parkerille: ”Olen iloinen nähdessäni täällä yhden oikean amerikkalaisen”, johon Parker vastasi: ”Me kaikki olemme amerikkalaisia.”
Cherokee-kansa kärsi sisällissodan aikana kaikista intiaaniheimoista eniten, sillä sen väkiluku väheni 21 000:sta 15 000:een vuoteen 1865 mennessä. Huolimatta liittovaltion hallituksen lupauksesta armahtaa kaikki Konfederaation kanssa tekemisissä olleet cherokee-heimon jäsenet, koko kansaa pidettiin epälojaalina, ja heidän oikeutensa peruutettiin. Sodan lopussa kenraali Stand Watie oli viimeinen konfederaation kenraali, joka antautui. Hän luovutti aseensa kaksi kuukautta kenraali Robert E. Leen jälkeen ja kuukausi kaikkien Mississippin länsipuolella olevien joukkojen komentajan, kenraali E. Kirby Smithin jälkeen.
Keskilännen ja lännen ongelmatEdit
Lännessä oli sodan aikana enimmäkseen rauhallista Yhdysvaltain miehitysjoukkojen puuttumisen vuoksi. Liittovaltion hallitus otti edelleen haltuunsa alkuperäiskansojen maita, ja taisteluita käytiin jatkuvasti. Tammikuusta toukokuuhun 1863 Uuden Meksikon alueella käytiin lähes yhtäjaksoisesti taisteluita osana liittovaltion hallituksen yhteisiä ponnisteluja apassien hillitsemiseksi ja valvomiseksi; kaiken tämän keskellä presidentti Abraham Lincoln tapasi useiden suurten heimojen edustajia ja ilmoitti heille olevansa huolissaan siitä, etteivät he koskaan saavuttaisi valkoisen rodun vaurautta, elleivät he siirtyisi maanviljelyyn elämäntapana. Taistelut johtivat Sand Creekin verilöylyyn, jonka aiheutti Coloradon territoriaalisen miliisin eversti J. M. Chivington, jota uudisasukkaat pyysivät kostamaan alkuasukkaille. Chivington hyökkäsi 900 vapaaehtoisen miliisimiehen kanssa rauhanomaiseen kylään, jossa asui noin 500 tai enemmän arapaho- ja cheyenne-alkuperäisasukkaita, ja tappoi naisia ja lapsia sekä sotureita. Verilöylystä selvisi vain harvat eloonjääneet.
Heinäkuussa 1862 uudisasukkaat taistelivat Minnesotassa santee-siouxeja vastaan. Koska sota vei niin paljon valtion resursseja, Minnesotan santee-siouxeille kuuluvia annuiteetteja ei maksettu ajoissa kesällä 1862. Lisäksi Long Trader Sibley kielsi santee-siouxeilta ruoan saannin, kunnes varat oli toimitettu. Turhautuneina santee-siouxit hyökkäsivät Little Crow’n (Ta-oya-te-duta) johdolla uudisasukkaiden kimppuun saadakseen tarvikkeita. Siouxit tappoivat 450-800 siviiliä. Kun siouxit olivat hävinneet, heidät asetettiin syytteeseen (ilman puolustusasianajajia) ja monet tuomittiin kuolemaan.
Kun presidentti Lincoln sai tietää tapauksesta, hän pyysi välittömästi täydelliset tiedot tuomioista. Hän määräsi kaksi asianajajaa tutkimaan tapaukset ja tekemään eron murhaan syyllistyneiden ja vain taisteluun osallistuneiden välillä. Kenraali Pope sekä Long Trader Sibley, jonka kieltäytyminen antamasta siouxeille ruokaa oli ollut suurelta osin vastuussa sodan syttymisestä, olivat suuttuneita siitä, että Lincoln ei antanut välittömästi lupaa teloituksiin. He uhkasivat, että paikalliset uudisasukkaat ryhtyisivät toimiin siouxeja vastaan, ellei presidentti sallisi teloituksia, ja yrittivät nopeasti viedä niitä eteenpäin. Lisäksi he pidättivät loputkin santee-siouxit, 1 700 ihmistä, joista suurin osa oli naisia ja lapsia, vaikka heitä ei syytetty mistään rikoksesta.
Joulukuun 6. päivänä 1861 Lincoln antoi saamiensa tietojen perusteella luvan 39 siouxin teloittamiseen ja määräsi, että muut pidettiin vangittuina odottamaan lisämääräyksiä, ”huolehtien siitä, etteivät he pääse pakenemaan eivätkä joudu laittoman väkivallan kohteeksi”. Joulukuun 26. päivänä 39 miestä otettiin kiinni. Viime hetkellä yksi sai armahduksen. Vasta vuosia myöhemmin tuli julkisuuteen tieto, että teloitettiin kaksi miestä, jotka eivät olleet saaneet presidentti Lincolnin lupaa rangaistukseen. Itse asiassa toinen näistä kahdesta miehestä oli pelastanut valkoisen naisen hengen taistelujen aikana. Little Crow murhattiin sitten heinäkuussa 1863, vuonna 1863, jolloin santeesit kuljetettiin reservaattiin Dakota Territoryyn.