多くのネイティブ・アメリカン部族は、デラウェア、カタウバ、チェロキー、チカソー、チョクトー、クリーク、ヒューロン、イロコイ連合、キッカプー、ランビー、オダワ、オジブ（チペワ）、オセージ、パマンキー、ペコ、ポタワトミ、セミノール、ショーニーを含む戦争でどちら側の側でも戦いました。 他のアメリカのコミュニティと同様に、いくつかの部族は戦争の両側で戦うメンバーを擁していた。
1861年11月、クリーク族、ブラッククリークインディアン、ホワイトクリークインディアンは、クリーク族長オパスリアホラに率いられて、3つの激戦（ラウンドマウンテンの戦い）、そしてチュストタラサの戦いとチュステナハラの戦いで南軍部隊やカンザスの北軍ラインに到達して南軍に加わった他のネイティブアメリカンと戦い、彼らのサービスを提供しました。
いくつかの南北戦争の戦いはインディアンテリトリーで起こりました。 第1次キャビンクリークの戦いは1863年7月1日～2日に現在のオクラホマ州メイズ郡のグランド川沿いで起こり、第1カンザス有色歩兵が参加していた。 南軍はスタンド・ウェイティ将軍が率いていた。 1864年9月19日、同じ場所で2回目の戦闘が行われた。 この時はヘンリー・M・ホプキンス少佐率いる北軍が、リチャード・ガノとスタンド・ウェイティ准将率いる南軍に敗れた。
デラウェア族は1862年10月のウィチタエージェンシーの攻撃、またはトンカワの大虐殺で「忠誠、大胆、剛健さ」を示しました。 小さな小競り合いであったが、北軍のネイティブ・アメリカンは南軍のネイティブ・アメリカンを攻撃し、5人の南軍のエージェントを殺し、南軍の旗と1200ドルの南軍の通貨、100頭のポニーを奪い、エージェンシーの建物とともに通信を燃やした
チェロキー・ネーションは内部の内戦をした。 国家は分裂し、一方は主席酋長ジョン・ロスが、もう一方は反逆者スタンド・ウェイティが率いることになった。 しかし、ファースト・マナサスとウィルソン・クリークでの南軍の勝利で、チェロキー族は自分たちの立場を見直さなければならなくなった。 年10月7日、しぶしぶロス酋長は、アメリカ政府から南軍に、チェロキーインディアンの義務を移す条約にサインした。 この条約で、チェロキー族は、保護、食料、家畜、道具などの配給、そしてリッチモンドの南軍会議への代表を保証された。 そのかわり、チェロキーインディアンは、10個中隊の騎兵隊を提供し、チェロキーインディアンの中に軍事基地と道路を建設することを許可することになっていた。 しかし、インディアンの連隊は、インディアン準州の外では、戦わないことになっていた。 この条約の結果、ジョン・ドリュー大佐が率いる第2チェロキー騎兵隊が結成された。 1862年3月7日から8日にかけてのアーカンソー州ピーリッジの戦いの後、ドリューの騎兵隊はカンザス州の北軍に亡命し、そこでインディアンホームガードに参加した。 1862年の夏、連邦軍は酋長ロスを捕らえたが、彼は仮釈放され、ワシントンやフィラデルフィアで戦争の残りを過ごし、チェロキー族の北軍への忠誠を宣言した。
彼の不在の間、スタンド・ウェイティ大佐がチェロキー族の主席酋長に選ばれた。 彼は、すぐに18歳から50歳までのすべてのチェロキーの男性を南軍の兵隊に徴兵した。 ワティは、大胆な騎兵で、ヒット・アンド・ラン戦術に長けていた。 彼はゲリラ戦の天才とみなされ、ミシシッピ川西岸で最も成功した野戦司令官であった。 1864年5月に准将に昇進したワティは、第1、第2チェロキー騎兵隊とクリーク、オーセージ、セミノールの大隊からなるインディアン騎兵旅団の責任者になった。 1864年6月10日、現在のオクラホマ州タマハの町に近いアーカンソー川のプレザントブラフで、フォートギブソンに向かっていた蒸気船J・R・ウィリアムズを待ち伏せ、12万ドル相当の蒸気船とその補給品を捕獲したのは、彼の最も重要な襲撃の一つであった。 第2次キャビン・クリークの戦い（インディアンテリトリー）では、ワティの騎兵旅団は129台の補給貨車と740頭のラバを捕らえ、120人を捕虜にし、200人の死傷者を出した。
移住させられなかったチェロキー族も南北戦争に巻き込まれることになった。 南部の州にいたので、南軍に味方することを選んだ者もいた。 ウィリアム・ホーランド・トーマス大佐が率いる南軍チェロキーの東部バンドであるトーマス軍団は、テネシーとノースカロライナの山で戦った。 また200人のチェロキー族は、ジュナルスカ・ズーヴェスを結成した。 カタウバの成人男性のほぼ全員が、バージニア州北部の陸軍の第5、12、17番目のサウスカロライナ義勇歩兵隊に参加し、南軍に貢献した。 彼らは半島作戦、セカンド・マナサス、アンティータム、そしてペテルスバーグの塹壕で活躍した。 サウスカロライナ州コロンビアには、南北戦争でのカタウバ族の活躍を称える記念碑がある。
バージニアとノースカロライナでは、パマンキーとランビーが北軍に加わることを選んだ。 パマンキー族は北軍の軍艦や輸送船の民間人や海軍のパイロットとして活躍し、ランビー族はゲリラとして活動した。 イロコイ族はペンシルバニア第5歩兵中隊Kに入り、パウハタン族はポトマック陸軍の陸上ガイド、水先案内人、スパイとして働きました。
内戦中、ネイティブアメリカンがアメリカ有色人種部隊に入る際、区別はありませんでした。 20世紀に入ってからも、「有色人種」という言葉はアフリカ系アメリカ人だけでなく、ネイティブ・アメリカンも含んでいました。
東部の北軍で最も有名なネイティブ・アメリカン部隊は、第1ミシガン・シャープシューターズのK中隊であった。 この部隊の大部分はオタワ、デラウェア、ヒューロン、オナイダ、ポタワミ、オジブエであった。 彼らは、ユリシーズ・S・グラント将軍が指揮を執るポトマック陸軍に配属されたばかりであった。 K中隊は荒野の戦いとスポティルバニアの戦いに参加し、ピーターズバーグの東にあるシャンドハウスで600人の南軍を捕虜にしました。 1864年7月30日、バージニア州ピーターズバーグのクレーターの戦いでの最後の戦いで、シャープシューターズは弾薬がほとんどない状態で包囲されることになった。 第13合衆国有色歩兵部隊の中尉は、彼らの行動を次のように引用している：
plendid work. そのうちの何人かは致命傷を負い、ブラウスを顔に被り、死の歌を唱えて死んだ-4人が集団で。
セネカ族の一員であるエリ・S・パーカー将軍は、1865年4月9日にアポマトックス・コートハウスでロバート・E・リー将軍が署名した降伏勧告を作成した。 パーカー将軍はユリシーズ・S・グラント将軍の軍事秘書を務め、弁護士としての訓練も受けていたが、人種を理由に北軍の軍務を拒否されたこともあった。 アポマトックスで、リーはパーカーに「ここに一人の本物のアメリカ人に会えてうれしい」と言ったと言われ、パーカーは「我々は皆アメリカ人だ」と答えた。
チェロキー族は南北戦争中、アメリカ先住民族の中で最も悪影響を受け、その人口は1865年までに21000人から15000人へと減少している。 連邦政府は、南部連合に関わったすべてのチェロキーの恩赦を約束したにもかかわらず、民族全体が不忠実とみなされ、彼らの権利は剥奪された。 戦争が終わった時、スタンド・ウェイティ将軍は、ロバート・E・リー将軍の2ヶ月後、ミシシッピー以西の全軍の司令官だったE・カービー・スミス将軍の1ヶ月後に武器を捨て、南軍の将軍の中で最後に降伏した人物だった。
中西部と西部の問題Edit
戦争中、西部は米国の占領軍がいないためほとんど平穏であった。 しかし、連邦政府による先住民の土地の支配はまだ続いており、戦いが絶えなかった。 1863年1月から5月にかけて、アパッチ族を封じ込めようとする連邦政府の努力の一環として、ニューメキシコ領でほとんど絶え間なく戦いが続いた。そんな中、リンカーン大統領はいくつかの主要部族の代表者と会談し、農業を生活の手段としなければ白人のような繁栄は望めないという危機感を伝えたという。 この争いは、入植者が先住民への報復を依頼したコロラド準州民兵のJ・M・チヴィントン大佐によるサンドクリークの大虐殺につながった。 チヴィントンは900人の志願民兵とともに、500人以上のアラパホ族とシャイアン族の平和な村を襲い、戦士だけでなく女性や子供も殺しました。 この虐殺の生存者はほとんどいませんでした。
1862年7月、ミネソタで入植者たちがサンティ・スー（Santee Sioux）と戦いました。 戦争が多くの政府資源を吸収したため、ミネソタのサンティ・スーに支払うべき年金は、1862年の夏には予定通りには支払われなかった。 さらに、ロング・トレーダー・シブリーは、年金が支払われるまでサンティ・スー族に食糧を提供することを拒否しました。 苛立ったサンティ・スー族は、リトル・クロウ（Ta-oya-te-duta）に率いられて、物資を手に入れるために入植者を攻撃しました。 スー族は450〜800人の民間人を殺害した。 スー族が負けた後、彼らは裁判にかけられ（弁護人なし）、多くが死刑を宣告された。
この事件を知ったリンカーン大統領は、直ちに有罪判決に関する完全な情報を要求した。 そして、2人の弁護士を任命し、事件を調査させ、殺人罪の者と単に戦闘に従事した者とを区別させた。 ポープ将軍とロングトレーダーのシブリーは、スー族の食糧確保を拒否したことが戦争の大きな原因となったため、リンカーンが直ちに処刑を許可しなかったことに激怒しました。 彼らは、大統領が処刑を許可しなければ、地元の入植者がスー族に対して行動を起こすと脅迫し、すぐに処刑を進めようとした。 さらに、彼らは残りのサンティ・スー族、1700人を逮捕したが、そのほとんどは罪には問われなかった。
1861年12月6日、リンカーンは与えられた情報に基づいて、39人のスー族の処刑を許可し、他の人々は「彼らが逃げたり不法な暴力を受けたりしないように注意しながら、さらなる命令があるまで拘束する」ことを命じた。 12月26日、39人が捕らえられた。 最後の最後で、1人が猶予を与えられました。 リンカーン大統領に処刑を許可されていない2人の男が処刑されたという情報が公になったのは、それから何年も経ってからのことだった。 実は、この2人のうちの1人が、戦闘中に白人女性の命を救ったのだ。 そしてリトル・クロウは、サンティーズがダコタ準州の保留地に移送された年である1863年7月に殺害されたのである
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