スコットランドの摂政になる
ジェームズの死後、ギーズ朝のメアリーは摂政になると信じていたが、その役割はアラン伯のジェームズ・ハミルトンに委ねられた。 アランはプロテスタント・イングランドの支持者であった。 彼は、幼いメアリーが10歳になったらイングランドのエドワード王子と結婚することを取り決めたが、ギーズ公のメアリーはこれを拒否した。 イングランドのヘンリー8世は、スコットランドに結婚を認めさせるために、しばしば荒々しい求婚と呼ばれる一連の野蛮な攻撃に乗り出した。 これに対し、1548年、ギーズ公メアリーは、若いメアリー王妃がフランスに渡り、王太子フランソワと結婚するよう仕向け、フランスとの関係をさらに強固なものにした。
ギーズ女王がアラン公から支配権を奪い、スコットランドの摂政女王に任命されたのは、イングランドとの数年にわたる不和の後、1554年4月12日になってからであった。 スコットランド摂政時代、メアリー・オブ・ギーズは絶え間ない葛藤に直面した。 彼女の目標は、スコットランドの近代化を図りながら、イングランドの干渉を受けずにカトリックを維持することだったが、スコットランドにはイングランドとプロテスタントの支持者が多く、彼女の努力に抵抗した。 そのような改革者の一人がジョン・ノックスで、彼はメアリーの摂政に反対し、彼女を倒してスコットランドにプロテスタントの教会を設立しようと説いた。 信徒公卿と呼ばれる貴族たちを中心に、親英国派はギーズ朝のメアリーに反抗し続けた。 彼らは、1558年に彼女の娘がフランソワと結婚したことで強化された、彼女がカトリックのフランスと関係を持ち続けていることに疑念を抱いていた。 1559年5月22日、メアリーはパースでプロテスタントの修道院長と対峙したが、ノックスとプロテスタントの改革派が彼女の退位を求めた後、エディンバラまで後退し、フランス軍の助けでエディンバラを奪還した。