Wiele plemion rdzennych Amerykanów walczyło po obu stronach w wojnie, w tym: Delaware, Catawba, Cherokee, Chickasaw, Choctaw, Creek, Huron, Konfederacja Irokezów, Kickapoo, Lumbee, Odawa, Ojibwe (Chippewa), Osage, Pamunkey, Pequot, Powhatan, Potawatomi, Seminole i Shawnee. Podobnie jak inne społeczności amerykańskie, niektóre plemiona miały członków walczących po obu stronach wojny.
W listopadzie 1861, Creek, Black Creek Indianie, i White Creek Indianie ich plemienia były prowadzone przez Creek Chief Opothleyahola, walczył trzy bitwy pitched (Bitwa Round Mountain), i Bitwa Chusto-Talasah i Bitwa Chustenahlah przeciwko wojskom Konfederacji i innych rdzennych Amerykanów, którzy dołączyli do Konfederatów, aby dotrzeć do linii Unii w Kansas, i zaoferować swoje usługi.
Niektóre bitwy wojny secesyjnej miały miejsce na Terytorium Indiańskim. Pierwsza bitwa pod Cabin Creek miała miejsce 1-2 lipca 1863 r. wzdłuż rzeki Grand w dzisiejszym hrabstwie Mayes w Oklahomie, w której brała udział 1 Kansas Colored Infantry. Siłami Konfederatów dowodził generał Stand Watie. Druga bitwa została stoczona w tym samym miejscu 19 września 1864 roku. Tym razem siły Unii pod dowództwem majora Henry’ego M. Hopkinsa zostały pokonane przez siły Konfederatów pod dowództwem generałów brygady Richarda Gano i Standa Watie. Była to ostatnia duża bitwa wojny secesyjnej na Terytorium Indiańskim.
Delaware zademonstrowali swoją „lojalność, odwagę i hart ducha” podczas ataku na Agencję Wichita, czyli masakry w Tonkawa w październiku 1862 roku. Niewielka potyczka, rdzenni Amerykanie Unii zaatakowali rdzennych Amerykanów Konfederacji, a także zabili pięciu konfederackich agentów, zabrali flagę Rebelii i $1200 w konfederackiej walucie, 100 kucyków i spalili korespondencję wraz z budynkami Agencji.
Naród Cherokee miał wewnętrzną wojnę domową. Naród podzielił się, z jedną stroną prowadzoną przez głównego wodza Johna Rossa, a drugą przez renegata Stana Watie. Wódz John Ross chciał pozostać neutralny przez całą wojnę, ale zwycięstwa Konfederatów pod First Manassas i Wilson’s Creek zmusiły Czirokezów do ponownej oceny ich stanowiska.
Stand Watie, wraz z wieloma Czirokezami, stanął po stronie Armii Konfederackiej, w której został pułkownikiem i dowodził batalionem Czirokezów. Niechętnie, 7 października 1861 roku, wódz Ross podpisał traktat przenoszący wszystkie zobowiązania wobec Czirokezów z rządu USA na Stany Konfederacji. W traktacie zagwarantowano Czirokezom ochronę, racje żywnościowe, żywy inwentarz, narzędzia i inne dobra, a także delegata do Kongresu Konfederacji w Richmond. W zamian Czirokezi mieli dostarczyć dziesięć kompanii konnych oraz pozwolić na budowę posterunków wojskowych i dróg na terenie Narodu Czirokezów. Jednakże żaden indiański regiment nie miał być powołany do walki poza Terytorium Indiańskim. W wyniku traktatu powstał 2 Pułk Strzelców Konnych Czirokezów, dowodzony przez pułkownika Johna Drew. Po bitwie pod Pea Ridge, Arkansas, w dniach 7-8 marca 1862 r., strzelcy Drew przeszli do sił Unii w Kansas, gdzie dołączyli do Indiańskiej Gwardii Domowej. Latem 1862 roku wojska federalne pojmały wodza Rossa, który został zwolniony warunkowo i spędził resztę wojny w Waszyngtonie i Filadelfii, głosząc lojalność Czirokezów wobec armii Unii.
Pod jego nieobecność pułkownik Stand Watie został wybrany głównym wodzem Narodu Czirokezów. Natychmiast powołał wszystkich mężczyzn Cherokee w wieku 18-50 lat do konfederackiej służby wojskowej. Watie był odważnym jeźdźcem kawalerii, biegłym w taktyce „uderz i uciekaj”. Uznano go za geniusza wojny partyzanckiej i najskuteczniejszego dowódcę polowego na Zachodzie Trans-Missippi. Awansowany na generała brygady w maju 1864 roku, Watie stanął na czele Indiańskiej Brygady Kawalerii, która składała się z 1 i 2 Kawalerii Czirokezów oraz batalionów Creek, Osage i Seminole. Jednym z jego bardziej znaczących najazdów była zasadzka na parowiec J.R. Williams, który zmierzał do Fort Gibson. 10 czerwca 1864 roku w Pleasant Bluff na rzece Arkansas, w pobliżu dzisiejszego miasta Tamaha w Oklahomie, zdobył parowiec i jego zapasy o wartości 120 000 dolarów. W drugiej bitwie pod Cabin Creek (Terytorium Indiańskie), brygada kawalerii Watiego zdobyła 129 wozów z zaopatrzeniem i 740 mułów, wzięła 120 jeńców i pozostawiła 200 ofiar.
Czerokezi, którzy nie zostali usunięci, również znaleźli się w samym środku wojny secesyjnej. Niektórzy z nich zdecydowali się stanąć po stronie Armii Konfederatów, ponieważ znajdowali się w południowych stanach. Legion Thomasa, Wschodnia Banda Skonfederowanych Czirokezów, dowodzona przez płk. Williama Hollanda Thomasa, walczyła w górach Tennessee i Karoliny Północnej. Kolejnych 200 Czirokezów utworzyło Junaluska Zouaves. Prawie wszyscy dorośli mężczyźni Catawba służyli na Południu w 5, 12 i 17 Ochotniczej Piechocie Karoliny Południowej w Armii Północnej Wirginii. Wyróżnili się w Kampanii Półwyspu, pod Second Manassas i Antietam, a także w okopach pod Petersburgiem. Pomnik w Columbii, w Południowej Karolinie, honoruje służbę Catawbasów w wojnie secesyjnej. W konsekwencji wysokiej liczby zabitych i rannych w pułkach dalsze istnienie ludu Catawba było zagrożone.
W Wirginii i Karolinie Północnej Pamunkey i Lumbee wybrali służbę dla Unii. Pamunkey służyli jako piloci cywilni i morscy dla unijnych okrętów wojennych i transportów, podczas gdy Lumbee działali jako partyzanci. Członkowie Konfederacji Irokezów dołączyli do Kompanii K, 5. Pensylwańskiej Piechoty Ochotniczej, podczas gdy Powhatanowie służyli jako przewodnicy lądowi, piloci rzeczni i szpiedzy dla Armii Potomaku.
Podczas wojny secesyjnej nie było rozróżnienia, kiedy rdzenny Amerykanin dołączał do amerykańskich oddziałów kolorowych. Aż do XX wieku, słowo „kolorowy” obejmowało nie tylko Afroamerykanów, ale także rdzennych Amerykanów. Pojedyncze relacje ujawniły, że wielu Pequotów z Nowej Anglii służyło w 31. Pułku Piechoty Kolorowej Armii Potomaku, jak również w innych pułkach U.S.C.T.
Najsłynniejszą jednostką rdzennych Amerykanów w armii Unii na wschodzie była Kompania K 1. Pułku Strzelców Konnych Michigan. Większość tej jednostki stanowili Ottawa, Delaware, Huron, Oneida, Potawami i Ojibwe. Zostali oni przydzieleni do Armii Potomaku tuż po objęciu dowództwa przez gen. Ulyssesa S. Granta. Kompania K brała udział w bitwach pod Wilderness i Spotsylvanią, a także zdobyła 600 konfederackich żołnierzy w Shand House na wschód od Petersburga. W swoim ostatnim starciu w bitwie pod Kraterem, Petersburg, Wirginia, 30 lipca 1864 roku, Sharpshooters zostali otoczeni i mieli mało amunicji. Porucznik z 13. Kolorowej Piechoty Stanów Zjednoczonych opisał ich działania jako:
świetna robota. Niektórzy z nich zostali śmiertelnie ranni, a wciągając bluzki na twarze, intonowali pieśń śmierci i umarli – czterech z nich w grupie.
Generał Ely S. Parker, członek plemienia Seneca, stworzył artykuły kapitulacji, które generał Robert E. Lee podpisał w Appomattox Court House 9 kwietnia 1865 roku. Gen. Parker, który służył jako sekretarz wojskowy gen. Ulyssesa S. Granta i był z wykształcenia prawnikiem, został kiedyś odrzucony do służby wojskowej Unii ze względu na swoją rasę. W Appomattox Lee powiedział do Parkera: „Cieszę się, że widzę tu prawdziwego Amerykanina”, na co Parker odpowiedział: „Wszyscy jesteśmy Amerykanami.”
Naród Cherokee był najbardziej poszkodowany ze wszystkich plemion rdzennych Amerykanów podczas wojny secesyjnej, jego populacja zmniejszyła się z 21 000 do 15 000 do roku 1865. Pomimo obietnicy rządu federalnego o ułaskawieniu wszystkich Czirokezów związanych z Konfederacją, cały naród został uznany za nielojalny, a ich prawa zostały odebrane. Pod koniec wojny gen. Stand Watie był ostatnim konfederackim generałem, który się poddał, składając broń dwa miesiące po gen. Robercie E. Lee i miesiąc po gen. E. Kirby Smithie, dowódcy wszystkich wojsk na zachód od Missisipi.
Problemy na Środkowym Zachodzie i ZachodzieEdit
Zachód był w czasie wojny w większości spokojny ze względu na brak amerykańskich wojsk okupacyjnych. Rząd federalny wciąż przejmował kontrolę nad ziemiami tubylców i toczyły się tam ciągłe walki. Od stycznia do maja 1863 roku na terytorium Nowego Meksyku toczyły się niemal nieustanne walki, będące częścią wspólnych wysiłków rządu federalnego, mających na celu powstrzymanie i kontrolowanie Apaczów. W samym środku tego wszystkiego prezydent Abraham Lincoln spotkał się z przedstawicielami kilku głównych plemion i poinformował ich, że obawia się, iż nigdy nie osiągną dobrobytu białej rasy, chyba że zwrócą się ku rolnictwu jako sposobowi na życie. Walki doprowadziły do masakry w Sand Creek, spowodowanej przez pułkownika J. M. Chivingtona z milicji terytorialnej Kolorado, którego osadnicy poprosili o odwet na tubylcach. Z 900 ochotnikami Chivington zaatakował spokojną wioskę, w której mieszkało około 500 lub więcej tubylców Arapaho i Cheyenne, zabijając kobiety i dzieci oraz wojowników. Niewielu ocalało z masakry.
W lipcu 1862 roku osadnicy walczyli przeciwko Santee Sioux w Minnesocie. Ponieważ wojna pochłonęła tak wiele zasobów rządowych, renty należne Santee Sioux w Minnesocie nie zostały wypłacone na czas latem 1862 roku. Ponadto Long Trader Sibley odmówił Santee Sioux dostępu do żywności, dopóki fundusze nie zostały dostarczone. W wyniku frustracji Siuksowie Santee, pod wodzą Małej Wrony (Ta-oya-te-duta), zaatakowali osadników, aby zdobyć zapasy. Siuksowie zabili 450-800 cywilów. Po przegranej Siuksowie zostali osądzeni (bez obrońców) i wielu z nich skazano na śmierć.
Kiedy prezydent Lincoln dowiedział się o tym incydencie, natychmiast zażądał pełnej informacji o wyrokach. Wyznaczył dwóch adwokatów do zbadania spraw i rozróżnienia między winnymi morderstwa a tymi, którzy po prostu zaangażowali się w walkę. Generał Pope, jak również Long Trader Sibley, którego odmowa dostępu Siuksów do żywności w dużej mierze przyczyniła się do wybuchu wojny, byli rozwścieczeni brakiem natychmiastowej zgody Lincolna na egzekucje. Zagrozili, że lokalni osadnicy podejmą działania przeciwko Siuksom, jeśli prezydent nie zezwoli na egzekucje, i szybko próbowali je przeprowadzić. Ponadto aresztowali resztę Siuksów Santee, 1700 osób, z których większość stanowiły kobiety i dzieci, choć nie byli oskarżeni o żadne przestępstwo.
6 grudnia 1861 roku, na podstawie przekazanych mu informacji, Lincoln zezwolił na egzekucję 39 Siuksów, a pozostałych nakazał przetrzymywać w oczekiwaniu na dalsze rozkazy, „dbając o to, by nie uciekli ani nie byli poddani żadnej bezprawnej przemocy.” 26 grudnia zabrano 39 mężczyzn. W ostatniej chwili jeden z nich otrzymał ułaskawienie. Dopiero po latach upubliczniono informację, że stracono dwóch mężczyzn, którzy nie zostali dopuszczeni do kary przez prezydenta Lincolna. W rzeczywistości jeden z tych dwóch mężczyzn uratował życie białej kobiecie podczas walk. Little Crow został zamordowany w lipcu 1863 roku, w tym samym roku, w którym Santees zostali przetransportowani do rezerwatu na Terytorium Dakoty.