Vele indianenstammen vochten in de oorlog aan beide kanten, waaronder: de Delaware, Catawba, Cherokee, Chickasaw, Choctaw, Creek, Huron, Iroquois Confederatie, Kickapoo, Lumbee, Odawa, Ojibwe (Chippewa), Osage, Pamunkey, Pequot, Powhatan, Potawatomi, Seminole en Shawnee. Net als andere Amerikaanse gemeenschappen, hadden sommige stammen leden die aan beide zijden van de oorlog vochten.
In november 1861 vochten de Creek, Black Creek Indianen, en White Creek Indianen van hun stam onder leiding van Creek Chief Opothleyahola, drie veldslagen (Slag bij Round Mountain), en de Slag bij Chusto-Talasah en de Slag bij Chustenahlah tegen Geconfedereerde troepen en andere Indianen die zich bij de Geconfedereerden aansloten om de linies van de Unie in Kansas te bereiken, en hun diensten aan te bieden.
Een aantal veldslagen uit de Burgeroorlog vond plaats in Indian Territory. De Eerste Slag bij Cabin Creek vond plaats op 1 en 2 juli 1863, langs de Grand River in het hedendaagse Mayes County, Oklahoma, waarbij de 1ste Kansas Colored Infantry betrokken was. De Geconfedereerde strijdmacht werd geleid door Generaal Stand Watie. Op 19 september 1864 werd op dezelfde plaats een tweede slag geleverd. Ditmaal werden de strijdkrachten van de Unie onder leiding van majoor Henry M. Hopkins verslagen door een strijdmacht van de Geconfedereerden onder leiding van brigadegeneraals Richard Gano en Stand Watie. Dit was de laatste grote veldslag van de Burgeroorlog in Indian Territory.
De Delaware toonden hun “loyaliteit, durf en hardheid” tijdens de aanval op het Wichita Agency, of het Tonkawa Bloedbad in oktober 1862. Bij een kleine schermutseling vielen de inheemse Amerikanen van de Unie de geconfedereerde inheemse Amerikanen aan en doodden ook vijf geconfedereerde agenten, namen de vlag van de rebellen en $1200 aan geconfedereerde valuta, 100 pony’s mee en verbrandden correspondentie samen met de gebouwen van de Agency.
De Cherokee Nation had een interne burgeroorlog. De natie verdeelde zich, met aan de ene kant opperhoofd John Ross en aan de andere kant de afvallige Stand Watie. Chief John Ross wilde neutraal blijven gedurende de oorlog, maar overwinningen van de geconfedereerden bij First Manassas en Wilson’s Creek dwongen de Cherokee om hun positie te heroverwegen.
Stand Watie koos, samen met veel Cherokee, de kant van het geconfedereerde leger, waarin hij kolonel werd en het bevel voerde over een bataljon Cherokee. Met tegenzin ondertekende Chief Ross op 7 oktober 1861 een verdrag waarbij alle verplichtingen die de Cherokee hadden over te dragen van de regering van de V.S. naar de Geconfedereerde Staten. In het verdrag werd de Cherokee bescherming, rantsoenen van voedsel, vee, gereedschap en andere goederen gegarandeerd, evenals een afgevaardigde naar het congres van de confederatie in Richmond. In ruil daarvoor zouden de Cherokee tien compagnieën bereden manschappen leveren, en de bouw van militaire posten en wegen binnen de Cherokee Natie toestaan. Er zou echter geen Indiaans regiment worden opgeroepen om buiten het Indian Territory te vechten. Als gevolg van het verdrag werd het 2e Cherokee Bereden Geweer, geleid door kolonel John Drew, opgericht. Na de Slag bij Pea Ridge, Arkansas, 7-8 maart 1862, liep Drew’s Mounted Rifles over naar de strijdkrachten van de Unie in Kansas, waar ze zich aansloten bij de Indian Home Guard. In de zomer van 1862 namen federale troepen opperhoofd Ross gevangen, die voorwaardelijk werd vrijgelaten en de rest van de oorlog in Washington en Philadelphia Cherokee-loyaliteit aan het leger van de Unie verkondigde.
In zijn afwezigheid werd kolonel Stand Watie tot opperhoofd van de Cherokee Natie gekozen. Hij nam onmiddellijk alle Cherokee mannen in de leeftijd van 18-50 jaar dienst in het leger van de Confederatie. Watie was een gedurfde cavalerier die bedreven was in hit-and-run tactieken. Hij werd beschouwd als een genie in guerrillaoorlogvoering en de meest succesvolle veldcommandant in het Trans-Missippi Westen. Watie werd in mei 1864 bevorderd tot brigadegeneraal en kreeg de leiding over de Indiaanse Cavalerie Brigade, die bestond uit de 1ste en 2de Cherokee Cavalerie en bataljons van Creek, Osage en Seminole. Een van zijn opmerkelijkste invallen was de overval op de stoomboot J.R. Williams, die op weg was naar Fort Gibson, bij Pleasant Bluff aan de Arkansas River, nabij de huidige stad Tamaha, Oklahoma, op 10 juni 1864, waarbij de stoomboot en de voorraden, ter waarde van $ 120.000, werden buitgemaakt. Bij de tweede slag om Cabin Creek (Indian Territory) veroverde Watie’s cavaleriebrigade 129 voorraadwagens en 740 muilezels, nam 120 gevangenen en liet 200 gewonden achter.
De Cherokee die niet waren afgevoerd, kwamen ook midden in de Burgeroorlog terecht. Sommigen kozen de kant van het Confederale Leger omdat ze zich in de zuidelijke staten bevonden. Het Thomas Legioen, een oostelijke groep van geconfedereerde Cherokee, geleid door kolonel William Holland Thomas, vocht in de bergen van Tennessee en Noord-Carolina. Nog eens 200 Cherokee vormden de Junaluska zoeaven. Bijna alle volwassen Catawba-mannen dienden in het zuiden in de 5de, 12de en 17de South Carolina Volunteer Infantry, leger van Noord Virginia. Zij onderscheidden zich in de Peninsula Campaign, bij Second Manassas, en Antietam, en in de loopgraven bij Petersburg. Een monument in Columbia, Zuid-Carolina, eert de dienst van de Catawbas in de Burgeroorlog. Als gevolg van het hoge aantal doden en gewonden in de regimenten kwam het voortbestaan van het Catawba-volk in gevaar.
In Virginia en North Carolina kozen de Pamunkey en Lumbee ervoor om de Unie te dienen. De Pamunkey dienden als burger- en marinepiloten voor oorlogsschepen en transporten van de Unie, terwijl de Lumbee als guerrillastrijders optraden. Leden van de Iroquois Confederatie sloten zich aan bij Company K, 5th Pennsylvania Volunteer Infantry, terwijl de Powhatan dienden als landgidsen, rivierpiloten en spionnen voor het leger van de Potomac.
Tijdens de Burgeroorlog werd er geen onderscheid gemaakt wanneer een inheemse Amerikaan zich aansloot bij de U.S. Colored Troops. Tot ver in de twintigste eeuw omvatte het woord “gekleurd” niet alleen Afrikaanse Amerikanen, maar ook inheemse Amerikanen. Uit individuele verslagen blijkt dat veel Pequot uit New England dienden in de 31ste U.S. Colored Infantry van het leger van de Potomac, evenals in andere U.S.C.T. regimenten.
De beroemdste Indiaanse eenheid in het leger van de Unie in het oosten was Company K van de 1st Michigan Sharpshooters. Het grootste deel van deze eenheid bestond uit Ottawa, Delaware, Huron, Oneida, Potawami en Ojibwe. Ze werden ingedeeld bij het leger van de Potomac, net toen generaal Ulysses S. Grant het bevel overnam. Company K nam deel aan de Slag om de Wilderness en Spotsylvania, en veroverde 600 geconfedereerde troepen bij Shand House ten oosten van Petersburg. In hun laatste militaire gevecht in de Slag om de Krater, Petersburg, Virginia, op 30 juli 1864, werden de scherpschutters omsingeld met weinig munitie. Een luitenant van de 13de United States Colored Infantry citeerde hun acties als:
plendid work. Sommigen van hen raakten dodelijk gewond en terwijl ze hun bloezen over hun gezichten trokken, zongen ze een dodenlied en stierven – vier van hen in een groep.
Generaal Ely S. Parker, een lid van de Seneca-stam, stelde de artikelen van overgave op die generaal Robert E. Lee op 9 april 1865 te Appomattox Court House ondertekende. Generaal Parker, die diende als militair secretaris van Generaal Ulysses S. Grant en een opgeleide advocaat was, was ooit afgewezen voor militaire dienst in de Unie vanwege zijn ras. Bij Appomattox zou Lee tegen Parker hebben gezegd: “Ik ben blij hier een echte Amerikaan te zien”, waarop Parker antwoordde: “Wij zijn allemaal Amerikanen.”
De Cherokee Nation werd het zwaarst getroffen van alle inheemse Amerikaanse stammen tijdens de Burgeroorlog: de bevolking was in 1865 teruggelopen van 21.000 tot 15.000. Ondanks de belofte van de federale regering om gratie te verlenen aan alle Cherokee die betrokken waren bij de Confederatie, werd de gehele Natie als ontrouw beschouwd en werden hun rechten ingetrokken. Aan het einde van de oorlog was Generaal Stand Watie de laatste generaal van de Geconfedereerden die zich overgaf. Hij legde de wapens neer twee maanden na Generaal Robert E. Lee, en een maand na Generaal E. Kirby Smith, bevelhebber van alle troepen ten westen van de Mississippi.
Problemen in het Midwesten en WestenEdit
Het westen was tijdens de oorlog overwegend vredig door het ontbreken van Amerikaanse bezettingstroepen. De federale regering nam nog steeds controle over inheems land, en er waren voortdurend gevechten. Van januari tot mei 1863 werd er bijna onophoudelijk gevochten op het grondgebied van New Mexico, als onderdeel van een gezamenlijke poging van de federale regering om de Apache in bedwang te houden en onder controle te houden; te midden van dit alles had President Abraham Lincoln een ontmoeting met vertegenwoordigers van verschillende grote stammen, en deelde hun mee dat hij bezorgd was dat zij nooit de welvaart van het blanke ras zouden bereiken, tenzij zij zich zouden toeleggen op de landbouw als levenswijze. De gevechten leidden tot het Sand Creek Bloedbad dat werd aangericht door Kolonel J. M. Chivington, van de Colorado Territorial Militia, die door kolonisten was gevraagd om wraak te nemen op de inboorlingen. Met 900 vrijwillige militieleden viel Chivington een vredig dorp aan van ongeveer 500 of meer Arapaho en Cheyenne inboorlingen, waarbij zowel vrouwen en kinderen als krijgers werden gedood. Er waren weinig overlevenden van het bloedbad.
In juli 1862 vochten kolonisten tegen Santee Sioux in Minnesota. Omdat de oorlog zoveel overheidsmiddelen opslokte, werden de renten die verschuldigd waren aan de Santee Sioux in Minnesota in de zomer van 1862 niet op tijd betaald. Bovendien weigerde Long Trader Sibley de Santee Sioux de toegang tot voedsel totdat de gelden waren geleverd. Uit frustratie vielen de Santee Sioux, geleid door Little Crow (Ta-oya-te-duta), kolonisten aan om aan voorraden te komen. De Sioux doodden 450-800 burgers. Nadat de Sioux verloren hadden, werden zij berecht (zonder advocaten) en velen ter dood veroordeeld.
Toen President Lincoln van het incident hoorde, vroeg hij onmiddellijk om volledige informatie over de veroordelingen. Hij wees twee advocaten aan om de zaken te onderzoeken en onderscheid te maken tussen degenen die schuldig waren aan moord en degenen die alleen maar in gevecht waren. Generaal Pope, en ook Long Trader Sibley, wiens weigering om de Sioux toegang tot voedsel te geven grotendeels verantwoordelijk was geweest voor de oorlog, waren woedend omdat Lincoln niet onmiddellijk toestemming gaf voor de executies. Zij dreigden dat de plaatselijke kolonisten actie zouden ondernemen tegen de Sioux tenzij de President de executies zou toestaan, en zij probeerden deze snel door te drukken. Bovendien arresteerden zij de rest van de Santee Sioux, 1.700 mensen, van wie de meesten vrouwen en kinderen waren, hoewel zij van geen enkele misdaad werden beschuldigd.
Op 6 december 1861 gaf Lincoln, op basis van informatie die hij had gekregen, toestemming voor de executie van 39 Sioux, en beval dat de anderen werden vastgehouden in afwachting van verdere orders, “ervoor zorgend dat zij niet ontsnappen of aan enig onwettig geweld worden onderworpen.” Op 26 december werden 39 mannen opgepakt. Op het laatste moment kreeg er één gratie. Pas jaren later werd bekend dat twee mannen werden geëxecuteerd die geen toestemming van President Lincoln hadden gekregen om te worden gestraft. In feite had een van deze twee mannen het leven van een blanke vrouw gered tijdens de gevechten. Little Crow werd vervolgens vermoord in juli 1863, het jaar waarin de Santees werden overgebracht naar een reservaat in Dakota Territory.