Regentes van Schotland
Na de dood van Jacobus dacht Maria van Guise dat zij regentes zou worden, maar de rol werd toebedeeld aan James Hamilton, graaf van Arran. Arran was een aanhanger van het protestantse Engeland. Hij sprak af dat de jonge Mary op 10-jarige leeftijd met de Engelse prins Edward zou trouwen, wat Mary of Guise afwees. Hendrik VIII van Engeland begon aan een reeks wrede aanvallen op Schotland, vaak aangeduid als de rough wooing, bedoeld om de Schotten te dwingen het huwelijk toe te staan. In reactie hierop zorgde Mary of Guise er in 1548 voor dat de jonge koningin Mary naar Frankrijk reisde en daar klaargestoomd werd om met de kroonprins François te trouwen, waardoor de banden met Frankrijk verder aangehaald werden. De Fransen verleenden op hun beurt militaire steun aan de Schotten.
Pas op 12 april 1554, na verscheidene jaren van onrust met Engeland, kon Mary of Guise eindelijk Lord Arran de macht ontnemen en tot Koningin-Regentes van Schotland worden benoemd. Gedurende haar tijd als Regentes van Schotland, werd Mary of Guise geconfronteerd met voortdurende conflicten. Haar doel was Schotland te moderniseren en het katholiek te houden en vrij van Engelse inmenging, maar er waren veel Schotse aanhangers van Engeland en de protestantse beweging die zich verzetten tegen haar inspanningen.
De protestantse hervorming was sterk in die tijd. Een van die hervormers was John Knox, die tegen Mary’s regentschap predikte en haar ten val wilde brengen om de protestantse kerk in Schotland te vestigen. Onder leiding van een groep edelen, de Heren van de Congregatie genaamd, bleven de voorstanders van Engeland in opstand komen tegen Maria van Guise. Zij wantrouwden haar voortdurende banden met het katholieke Frankrijk, nog versterkt door het huwelijk van haar dochter met Francois in 1558.
De protestanten bleven aan kracht winnen en leidden opstanden tegen Mary of Guise. Mary stond op 22 mei 1559 bij Perth tegenover de protestantse Heren van de Congregatie, maar moest zich terugtrekken naar Edinburgh, waar ze met hulp van Franse troepen de stad heroverde, nadat Knox en de protestantse hervormers hadden opgeroepen tot haar afzetting.
Tot overmaat van ramp bleef Engeland, nu geregeerd door koningin Elizabeth I, versterkingen sturen om de Franse soldaten uit Schotland te verwijderen en de sporadische gevechten gingen door.